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万見
- EMDB-30766: Mouse radial spoke complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30766
タイトルMouse radial spoke complex
マップデータMouse radial spoke head complex
試料
  • 複合体: Mouse radial spoke head complex
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke head protein 4 homolog A
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke head 1 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke head protein 9 homolog
キーワードCilia / Complex / Signal transducer. / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


radial spoke assembly / maintenance of ciliary planar beating movement pattern / radial spoke head 1 / radial spoke head 2 / radial spoke head 3 / outer dense fiber / radial spoke head / mating / axonemal central apparatus assembly / radial spoke ...radial spoke assembly / maintenance of ciliary planar beating movement pattern / radial spoke head 1 / radial spoke head 2 / radial spoke head 3 / outer dense fiber / radial spoke head / mating / axonemal central apparatus assembly / radial spoke / kinocilium / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / cilium movement involved in cell motility / 9+2 motile cilium / cilium movement / axoneme assembly / flagellated sperm motility / meiotic spindle / motile cilium / spermatid development / sperm flagellum / axoneme / condensed nuclear chromosome / meiotic cell cycle / establishment of localization in cell / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Radial spokehead-like protein / : / Radial spokehead-like protein / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / MORN motif / MORN repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
Radial spoke head protein 4 homolog A / Radial spoke head 1 homolog / Radial spoke head protein 9 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zheng W / Cong Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Distinct architecture and composition of mouse axonemal radial spoke head revealed by cryo-EM.
著者: Wei Zheng / Fan Li / Zhanyu Ding / Hao Liu / Lei Zhu / Cong Xu / Jiawei Li / Qi Gao / Yanxing Wang / Zhenglin Fu / Chao Peng / Xiumin Yan / Xueliang Zhu / Yao Cong /
要旨: The radial spoke (RS) heads of motile cilia and flagella contact projections of the central pair (CP) apparatus to coordinate motility, but the morphology is distinct for protozoa and metazoa. Here ...The radial spoke (RS) heads of motile cilia and flagella contact projections of the central pair (CP) apparatus to coordinate motility, but the morphology is distinct for protozoa and metazoa. Here we show the murine RS head is compositionally distinct from that of Our reconstituted murine RS head core complex consists of Rsph1, Rsph3b, Rsph4a, and Rsph9, lacking Rsph6a and Rsph10b, whose orthologs exist in the protozoan RS head. We resolve its cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure at 3.2-Å resolution. Our atomic model further reveals a twofold symmetric brake pad-shaped structure, in which Rsph4a and Rsph9 form a compact body extended laterally with two long arms of twisted Rsph1 β-sheets and potentially connected dorsally via Rsph3b to the RS stalk. Furthermore, our modeling suggests that the core complex contacts the periodic CP projections either rigidly through its tooth-shaped Rsph4a regions or elastically through both arms for optimized RS-CP interactions and mechanosignal transduction.
履歴
登録2020年12月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月21日-
マップ公開2021年7月21日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7dmp
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7dmp
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30766.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30766.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mouse radial spoke head complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 400 pix.
= 408. Å		1.02 Å/pix.
x 400 pix.
= 408. Å		1.02 Å/pix.
x 400 pix.
= 408. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.050901692 - 0.11381518
平均 (標準偏差)0.000047719943 (±0.0012573777)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 408.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.021.021.02
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z408.000408.000408.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0510.1140.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mouse radial spoke head complex

全体名称: Mouse radial spoke head complex
要素
  • 複合体: Mouse radial spoke head complex
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke head protein 4 homolog A
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke head 1 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke head protein 9 homolog

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超分子 #1: Mouse radial spoke head complex

超分子名称: Mouse radial spoke head complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Radial spoke head protein 4 homolog A

分子名称: Radial spoke head protein 4 homolog A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 80.214102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MENSTSLKQE KENQEPGEAE RLWQGESDVS PQEPGPPSPE YREEEQRTDT EPAPRMSPSW SHQSRVSLST GDLTAGPEVS SSPPPPPLQ FHSTPLNTET TQDPVAASPT EKTANGIADT GTPYSDPWES SSAAKQSTSH YTSHAEESTF PQSQTPQPDL C GLRDASRN ...文字列:
MENSTSLKQE KENQEPGEAE RLWQGESDVS PQEPGPPSPE YREEEQRTDT EPAPRMSPSW SHQSRVSLST GDLTAGPEVS SSPPPPPLQ FHSTPLNTET TQDPVAASPT EKTANGIADT GTPYSDPWES SSAAKQSTSH YTSHAEESTF PQSQTPQPDL C GLRDASRN KSKHKGLRFD LLQEEGSDSN CDPDQPEVGA SEAAQSMLEV AIQNAKAYLL STSSKSGLNL YDHLSKVLTK IL DERPADA VDIIENISQD VKMAHFNKKL DTLHNEYEML PAYEIAETQK ALFLQGHLEG ADSELEEEMA ESSLPNVMES AYY FEQAGV GLGTDETYRV FLALKQLTDT HPIQRCRFWG KILGLEMNYI VAEVEFRDGE DEEEVEEEGI AEERDNGGSE AGEE EEEEL PKSLYKAPQV IPKEESRTGA NKYVYFVCNV PGRPWVRLPS VTPAQIVTAR KIKKFFTGRL DAAVISYPPF PGNES NYLR AQIARISAGT HVSPLGFYQF GEEEGEEEEV EGGRDSYEEN PDFEGIQVID LVESLSNWVH HVQYILPQGR CNWFNP IQK DEDEEEEEEE DEEKGEEPDY IEQEVGPPLL TPISEDLGIQ NIPSWTTQLS SNLIPQYAIA VLRSNLWPGA YAFSNGK KF ENFYIGWGHK YCVENYTPPS PPPVYQEYPS GPEITEMNDP SVEEEQAFRM TQEPVALSTE ENEGTEDEDE DDED

UniProtKB: Radial spoke head protein 4 homolog A

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分子 #2: Radial spoke head 1 homolog

分子名称: Radial spoke head 1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 34.218254 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSDLGSEELE EEGENDLGEY EGERNEVGER HGHGKARLPN GDTYEGSYEF GKRHGQGTYK FKNGARYTGD YVKNKKHGQG TFIYPDGSR YEGEWADDQR HGQGVYYYVN NDTYTGEWFN HQRHGQGTYL YAETGSKYVG TWVHGQQEGA AELIHLNHRY Q GKFMNKNP ...文字列:
MSDLGSEELE EEGENDLGEY EGERNEVGER HGHGKARLPN GDTYEGSYEF GKRHGQGTYK FKNGARYTGD YVKNKKHGQG TFIYPDGSR YEGEWADDQR HGQGVYYYVN NDTYTGEWFN HQRHGQGTYL YAETGSKYVG TWVHGQQEGA AELIHLNHRY Q GKFMNKNP VGPGKYVFDI GCEQHGEYRL TDTERGEEEE EEETLVNIVP KWKALNITEL ALWTPTLSEE QPPPEGQGQE EP QGLTGVG DPSEDIQAEG FEGELEPRGA DEDVDTFRQE SQENSYDIDQ GNLNFDEEPS DLQD

UniProtKB: Radial spoke head 1 homolog

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分子 #3: Radial spoke head protein 9 homolog

分子名称: Radial spoke head protein 9 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 31.365902 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDADSLLLSL ELASGSGQGL SPDRRASLLT SLMLVKRDYR FARVLFWGRI LGLVADYYIA QGLSEDQLAP RKTLYSLNCT EWSLLPPAT EEMAMQISVV SGRFMGDPSH EYEHTELQKV NEGEKVFDEE VVVQIKEETR LVSIIDQIDK AVAIIPRGAL F KTPFGVTH ...文字列:
MDADSLLLSL ELASGSGQGL SPDRRASLLT SLMLVKRDYR FARVLFWGRI LGLVADYYIA QGLSEDQLAP RKTLYSLNCT EWSLLPPAT EEMAMQISVV SGRFMGDPSH EYEHTELQKV NEGEKVFDEE VVVQIKEETR LVSIIDQIDK AVAIIPRGAL F KTPFGVTH VNRTFEGLPL SEVRKLSSYF HFREAIDLKN KTLLEKSDLE PSLDFLDSLE YDIPRGSWSI QMERGNALVV LR SLLWPGL TFYHAPRTKN YGYIYVGTGE KNMDLPFML

UniProtKB: Radial spoke head protein 9 homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 302573
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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