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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30766 | |||||||||
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タイトル | Mouse radial spoke complex | |||||||||
マップデータ | Mouse radial spoke head complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | Cilia / Complex / Signal transducer. / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 radial spoke head 1 / radial spoke head 2 / radial spoke head 3 / radial spoke assembly / maintenance of ciliary planar beating movement pattern / outer dense fiber / axonemal central apparatus assembly / radial spoke head / radial spoke / mating ...radial spoke head 1 / radial spoke head 2 / radial spoke head 3 / radial spoke assembly / maintenance of ciliary planar beating movement pattern / outer dense fiber / axonemal central apparatus assembly / radial spoke head / radial spoke / mating / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / kinocilium / cilium movement involved in cell motility / 9+2 motile cilium / cilium movement / motile cilium assembly / axoneme assembly / flagellated sperm motility / motile cilium / meiotic spindle / axoneme / spermatid development / sperm flagellum / condensed nuclear chromosome / meiotic cell cycle / establishment of localization in cell / extracellular region / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng W / Cong Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Distinct architecture and composition of mouse axonemal radial spoke head revealed by cryo-EM. 著者: Wei Zheng / Fan Li / Zhanyu Ding / Hao Liu / Lei Zhu / Cong Xu / Jiawei Li / Qi Gao / Yanxing Wang / Zhenglin Fu / Chao Peng / Xiumin Yan / Xueliang Zhu / Yao Cong / 要旨: The radial spoke (RS) heads of motile cilia and flagella contact projections of the central pair (CP) apparatus to coordinate motility, but the morphology is distinct for protozoa and metazoa. Here ...The radial spoke (RS) heads of motile cilia and flagella contact projections of the central pair (CP) apparatus to coordinate motility, but the morphology is distinct for protozoa and metazoa. Here we show the murine RS head is compositionally distinct from that of Our reconstituted murine RS head core complex consists of Rsph1, Rsph3b, Rsph4a, and Rsph9, lacking Rsph6a and Rsph10b, whose orthologs exist in the protozoan RS head. We resolve its cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure at 3.2-Å resolution. Our atomic model further reveals a twofold symmetric brake pad-shaped structure, in which Rsph4a and Rsph9 form a compact body extended laterally with two long arms of twisted Rsph1 β-sheets and potentially connected dorsally via Rsph3b to the RS stalk. Furthermore, our modeling suggests that the core complex contacts the periodic CP projections either rigidly through its tooth-shaped Rsph4a regions or elastically through both arms for optimized RS-CP interactions and mechanosignal transduction. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30766.map.gz | 14.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30766-v30.xml emd-30766.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30766_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30766.png | 71 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30766.cif.gz | 5.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30766 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30766 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30766.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mouse radial spoke head complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.02 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mouse radial spoke head complex
全体 | 名称: Mouse radial spoke head complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Mouse radial spoke head complex
超分子 | 名称: Mouse radial spoke head complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Radial spoke head protein 4 homolog A
分子 | 名称: Radial spoke head protein 4 homolog A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 80.214102 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MENSTSLKQE KENQEPGEAE RLWQGESDVS PQEPGPPSPE YREEEQRTDT EPAPRMSPSW SHQSRVSLST GDLTAGPEVS SSPPPPPLQ FHSTPLNTET TQDPVAASPT EKTANGIADT GTPYSDPWES SSAAKQSTSH YTSHAEESTF PQSQTPQPDL C GLRDASRN ...文字列: MENSTSLKQE KENQEPGEAE RLWQGESDVS PQEPGPPSPE YREEEQRTDT EPAPRMSPSW SHQSRVSLST GDLTAGPEVS SSPPPPPLQ FHSTPLNTET TQDPVAASPT EKTANGIADT GTPYSDPWES SSAAKQSTSH YTSHAEESTF PQSQTPQPDL C GLRDASRN KSKHKGLRFD LLQEEGSDSN CDPDQPEVGA SEAAQSMLEV AIQNAKAYLL STSSKSGLNL YDHLSKVLTK IL DERPADA VDIIENISQD VKMAHFNKKL DTLHNEYEML PAYEIAETQK ALFLQGHLEG ADSELEEEMA ESSLPNVMES AYY FEQAGV GLGTDETYRV FLALKQLTDT HPIQRCRFWG KILGLEMNYI VAEVEFRDGE DEEEVEEEGI AEERDNGGSE AGEE EEEEL PKSLYKAPQV IPKEESRTGA NKYVYFVCNV PGRPWVRLPS VTPAQIVTAR KIKKFFTGRL DAAVISYPPF PGNES NYLR AQIARISAGT HVSPLGFYQF GEEEGEEEEV EGGRDSYEEN PDFEGIQVID LVESLSNWVH HVQYILPQGR CNWFNP IQK DEDEEEEEEE DEEKGEEPDY IEQEVGPPLL TPISEDLGIQ NIPSWTTQLS SNLIPQYAIA VLRSNLWPGA YAFSNGK KF ENFYIGWGHK YCVENYTPPS PPPVYQEYPS GPEITEMNDP SVEEEQAFRM TQEPVALSTE ENEGTEDEDE DDED UniProtKB: Radial spoke head protein 4 homolog A |
-分子 #2: Radial spoke head 1 homolog
分子 | 名称: Radial spoke head 1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 34.218254 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSDLGSEELE EEGENDLGEY EGERNEVGER HGHGKARLPN GDTYEGSYEF GKRHGQGTYK FKNGARYTGD YVKNKKHGQG TFIYPDGSR YEGEWADDQR HGQGVYYYVN NDTYTGEWFN HQRHGQGTYL YAETGSKYVG TWVHGQQEGA AELIHLNHRY Q GKFMNKNP ...文字列: MSDLGSEELE EEGENDLGEY EGERNEVGER HGHGKARLPN GDTYEGSYEF GKRHGQGTYK FKNGARYTGD YVKNKKHGQG TFIYPDGSR YEGEWADDQR HGQGVYYYVN NDTYTGEWFN HQRHGQGTYL YAETGSKYVG TWVHGQQEGA AELIHLNHRY Q GKFMNKNP VGPGKYVFDI GCEQHGEYRL TDTERGEEEE EEETLVNIVP KWKALNITEL ALWTPTLSEE QPPPEGQGQE EP QGLTGVG DPSEDIQAEG FEGELEPRGA DEDVDTFRQE SQENSYDIDQ GNLNFDEEPS DLQD UniProtKB: Radial spoke head 1 homolog |
-分子 #3: Radial spoke head protein 9 homolog
分子 | 名称: Radial spoke head protein 9 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 31.365902 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDADSLLLSL ELASGSGQGL SPDRRASLLT SLMLVKRDYR FARVLFWGRI LGLVADYYIA QGLSEDQLAP RKTLYSLNCT EWSLLPPAT EEMAMQISVV SGRFMGDPSH EYEHTELQKV NEGEKVFDEE VVVQIKEETR LVSIIDQIDK AVAIIPRGAL F KTPFGVTH ...文字列: MDADSLLLSL ELASGSGQGL SPDRRASLLT SLMLVKRDYR FARVLFWGRI LGLVADYYIA QGLSEDQLAP RKTLYSLNCT EWSLLPPAT EEMAMQISVV SGRFMGDPSH EYEHTELQKV NEGEKVFDEE VVVQIKEETR LVSIIDQIDK AVAIIPRGAL F KTPFGVTH VNRTFEGLPL SEVRKLSSYF HFREAIDLKN KTLLEKSDLE PSLDFLDSLE YDIPRGSWSI QMERGNALVV LR SLLWPGL TFYHAPRTKN YGYIYVGTGE KNMDLPFML UniProtKB: Radial spoke head protein 9 homolog |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |