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万見
- EMDB-3073: Novel inter-subunit contacts in Barley Stripe Mosaic Virus reveal... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3073
タイトルNovel inter-subunit contacts in Barley Stripe Mosaic Virus revealed by cryo-EM
マップデータReconstruction of the wide Capsid of BSMV
試料
  • 試料: chimeric Barley Stripe Mosaic Virus wide virion
  • ウイルス: Barley stripe mosaic virus (ウイルス)
  • RNA: RNA
キーワードBSMV / virus / helical / cryo-EM / image processing / MSA
機能・相同性Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Tobacco mosaic virus (ウイルス) / Barley stripe mosaic virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Clare DK / Pechnikova E / Skurat E / Makarov V / Sokolova OS / Solovyev AG / Orlova EV
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Novel Inter-Subunit Contacts in Barley Stripe Mosaic Virus Revealed by Cryo-Electron Microscopy.
著者: Daniel Kofi Clare / Eugenia V Pechnikova / Eugene V Skurat / Valentin V Makarov / Olga S Sokolova / Andrey G Solovyev / Elena V Orlova /
要旨: Barley stripe mosaic virus (BSMV, genus Hordeivirus) is a rod-shaped single-stranded RNA virus similar to viruses of the structurally characterized and well-studied genus Tobamovirus. Here we report ...Barley stripe mosaic virus (BSMV, genus Hordeivirus) is a rod-shaped single-stranded RNA virus similar to viruses of the structurally characterized and well-studied genus Tobamovirus. Here we report the first high-resolution structure of BSMV at 4.1 Å obtained by cryo-electron microscopy. We discovered that BSMV forms two types of virion that differ in the number of coat protein (CP) subunits per turn and interactions between the CP subunits. While BSMV and tobacco mosaic virus CP subunits have a similar fold and interact with RNA using conserved residues, the axial contacts between the CP of these two viral groups are considerably different. BSMV CP subunits lack substantial axial contacts and are held together by a previously unobserved lateral contact formed at the virion surface via an interacting loop, which protrudes from the CP hydrophobic core to the adjacent CP subunit. These data provide an insight into diversity in structural organization of helical viruses.
履歴
登録2015年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月12日-
マップ公開2015年9月2日-
更新2015年10月14日-
現状2015年10月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5a79
  • 表面レベル: 25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5a79
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3073.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3073.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the wide Capsid of BSMV
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 300 pix.
= 300. Å		1 Å/pix.
x 300 pix.
= 300. Å		1 Å/pix.
x 300 pix.
= 300. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 17.0 / ムービー #1: 25
最小 - 最大-96.17765808 - 152.871994019999988
平均 (標準偏差)0.24495529 (±16.710205080000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 300.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z300.000300.000300.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-96.178152.8720.245

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : chimeric Barley Stripe Mosaic Virus wide virion

全体名称: chimeric Barley Stripe Mosaic Virus wide virion
要素
  • 試料: chimeric Barley Stripe Mosaic Virus wide virion
  • ウイルス: Barley stripe mosaic virus (ウイルス)
  • RNA: RNA

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超分子 #1000: chimeric Barley Stripe Mosaic Virus wide virion

超分子名称: chimeric Barley Stripe Mosaic Virus wide virion / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample is a helical virus with 111 copies of the capsid protein per helical repeat
集合状態: Helical, with 111 copies of the capsid protein per helical repeat
Number unique components: 2
分子量実験値: 22.5 KDa / 理論値: 22.5 KDa

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超分子 #1: Barley stripe mosaic virus

超分子名称: Barley stripe mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: BSMV / 詳細: Has RNA bound / NCBI-ID: 12327 / 生物種: Barley stripe mosaic virus / Sci species strain: ND18 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: BSMV
宿主生物種: Hordeum vulgare (オオムギ) / 別称: PLANTAE(HIGHER PLANTS)
Host system生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
分子量実験値: 22.5 KDa / 理論値: 22.5 KDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: wide virion / 直径: 224 Å

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分子 #1: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: RNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Tobacco mosaic virus (ウイルス)
配列文字列:
GAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50mM Tris-HCL, 50mM KCl, 10mM MgCl2
グリッド詳細: c-flats r2/2 or home made continuous carbon grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 40 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
手法: 3.5ul of sample was added to continuous carbon coated or c-flat grids, blotted for 2 seconds and then plunged in liquid ethane

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 80 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification
日付2012年6月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 297 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / 詳細: each image was a 1 second low dose exposure / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 150000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細BPRP was used for reconstruction. The particles were selected using the helical option in boxer. Helical symmetry was imposed, with 111 subunits in the 5 turns forming the helical repeat.
CTF補正詳細: phase flipped each particle
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 1.182 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 16.218 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: eman, Imagic, spider / 詳細: Final maps calculated with BPRP / 使用した粒子像数: 2077
最終 角度割当詳細: 1 degree steps from 80-100 degrees in beta and from 0-16.216 degrees in gamma
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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