EMDB-30713: Mechanosensitive channel MscS K180R mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-30713

タイトル

Mechanosensitive channel MscS K180R mutant

マップデータ

試料

複合体: Heptameric MscS K180R
- タンパク質・ペプチド: Mechanosensitive ion channel MscS

キーワード

Ion channel / membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

mechanosensitive monoatomic ion channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) /

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Wu J / Ke M

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanosensitive channel MscS K180R mutant
著者: Wu J / Ke M

履歴

登録	2020年11月30日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年3月2日	-
マップ公開	2022年3月2日	-
更新	2024年5月29日	-
現状	2024年5月29日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 0.7 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（円筒半径に従い着色）表面レベル: 0.7 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードあてはめたモデルとの重ね合わせ原子モデル: PDB-7dlu 表面レベル: 0.7 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_30713.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_30713.map.gz	49.7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-30713-v30.xml emd-30713.xml	11.8 KB 11.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_30713.png	107.7 KB
Filedesc metadata	emd-30713.cif.gz	4.7 KB
その他	emd_30713_half_map_1.map.gz emd_30713_half_map_2.map.gz	48.8 MB 48.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30713 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30713	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_30713_validation.pdf.gz	807.2 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_30713_full_validation.pdf.gz	806.7 KB	表示
XML形式データ	emd_30713_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	emd_30713_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30713 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30713	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dluMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vyl-d 4age-d 7a46-d 4hw9-d 21462 4qh5-d 6n27-d 20959 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (10) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_30713.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.09 Å/pix. x 240 pix. = 260.88 Å	1.09 Å/pix. x 240 pix. = 260.88 Å	1.09 Å/pix. x 240 pix. = 260.88 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.087 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.7 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大	-3.800723 - 6.6193953
平均 (標準偏差)	-0.005274393 (±0.17143877)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	240	240	240
Spacing	240	240	240

セル

A=B=C: 260.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	1.087	1.087	1.087
M x/y/z	240	240	240
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	260.880	260.880	260.880
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	53	54	55
NX/NY/NZ	134	138	134
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	240	240	240
D min/max/mean	-3.801	6.619	-0.005

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_30713_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_30713_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Heptameric MscS K180R

全体	名称: Heptameric MscS K180R
要素	複合体: Heptameric MscS K180R タンパク質・ペプチド: Mechanosensitive ion channel MscS

-
超分子 #1: Heptameric MscS K180R

超分子	名称: Heptameric MscS K180R / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)	生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

-
分子 #1: Mechanosensitive ion channel MscS

分子	名称: Mechanosensitive ion channel MscS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
分子量	理論値: 29.870738 KDa
組換発現	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列	文字列: MELNYDRLVQ QTESWLPIVL EYSGKVALAL LTLAIGWWLI NTLTGRVGGL LARRSVDRTL QGFVGSLVSI VLKILLVVSV ASMIGIQTT SFVAAIGAAG LAIGLALQGS LANFAGGVLI LLFRPFKVGD WIEAQGVAGT VDSILIFHTV LRSGDNKRII V PNGALSNG ...文字列: MELNYDRLVQ QTESWLPIVL EYSGKVALAL LTLAIGWWLI NTLTGRVGGL LARRSVDRTL QGFVGSLVSI VLKILLVVSV ASMIGIQTT SFVAAIGAAG LAIGLALQGS LANFAGGVLI LLFRPFKVGD WIEAQGVAGT VDSILIFHTV LRSGDNKRII V PNGALSNG TVTNYSAEPV RRVIFDVGID YDADLKNAQN ILLAMADDPR VLKDPAPVAV VSNLGESAIT LSLRVWVKNA DY WDVMFMF NEKARDALGK EGIGIPFPQR VVKVVQGAMA D UniProtKB: Small-conductance mechanosensitive channel

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

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試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 158968
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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超分子 #1: Heptameric MscS K180R

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分子 #1: Mechanosensitive ion channel MscS

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-全体 : Heptameric MscS K180R

-超分子 #1: Heptameric MscS K180R

-分子 #1: Mechanosensitive ion channel MscS

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