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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30624 | |||||||||
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タイトル | Mouse Toll-like receptor 3 ectodomain in complex with lncRNA Rmrp in elongated form | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / response to dsRNA / regulation of dendritic cell cytokine production / inflammatory response to wounding / toll-like receptor 3 signaling pathway / necroptotic signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage cytokine production / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Li B / Cao X | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Endosomal lncRNA Rmrp is required for TLR3 innate sensing by engaging TLR3 dimerization 著者: Zhang S / Li B / Cao X | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 204.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 27.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of mouse Toll-like receptor 3 ectodomain with C...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of mouse Toll-like receptor 3 ectodomain with C-domain of lncRNA Rmrp |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of mouse Toll-like receptor 3 ectodomain with C...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of mouse Toll-like receptor 3 ectodomain with C-domain of lncRNA Rmrp タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 230 KDa |
-分子 #1: Toll-like receptor 3
分子 | 名称: Toll-like receptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 78.101648 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: HHHHHHENLY FQSQCTVRYN VADCSHLKLT HIPDDLPSNI TVLNLTHNQL RRLPPTNFTR YSQLAILDAG FNSISKLEPE LCQILPLLK VLNLQHNELS QISDQTFVFC TNLTELDLMS NSIHKIKSNP FKNQKNLIKL DLSHNGLSST KLGTGVQLEN L QELLLAKN ...文字列: HHHHHHENLY FQSQCTVRYN VADCSHLKLT HIPDDLPSNI TVLNLTHNQL RRLPPTNFTR YSQLAILDAG FNSISKLEPE LCQILPLLK VLNLQHNELS QISDQTFVFC TNLTELDLMS NSIHKIKSNP FKNQKNLIKL DLSHNGLSST KLGTGVQLEN L QELLLAKN KILALRSEEL EFLGNSSLRK LDLSSNPLKE FSPGCFQTIG KLFALLLNNA QLNPHLTEKL CWELSNTSIQ NL SLANNQL LATSESTFSG LKWTNLTQLD LSYNNLHDVG NGSFSYLPSL RYLSLEYNNI QRLSPRSFYG LSNLRYLSLK RAF TKQSVS LASHPNIDDF SFQWLKYLEY LNMDDNNIPS TKSNTFTGLV SLKYLSLSKT FTSLQTLTNE TFVSLAHSPL LTLN LTKNH ISKIANGTFS WLGQLRILDL GLNEIEQKLS GQEWRGLRNI FEIYLSYNKY LQLSTSSFAL VPSLQRLMLR RVALK NVDI SPSPFRPLRN LTILDLSNNN IANINEDLLE GLENLEILDF QHNNLARLWK RANPGGPVNF LKGLSHLHIL NLESNG LDE IPVGVFKNLF ELKSINLGLN NLNKLEPFIF DDQTSLRSLN LQKNLITSVE KDVFGPPFQN LNSLDMRFNP FDCTCES IS WFVNWINQTH TNISELSTHY LCNTPHHYYG FPLKLFDTSS CK |
-分子 #2: RNA component of mitochondrial RNAase P (Rmrp), RNase MRP RNA
分子 | 名称: RNA component of mitochondrial RNAase P (Rmrp), RNase MRP RNA タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 48.12452 KDa |
配列 | 文字列: GCUCGCUCUG AAGGCCUGUU UCCUAGGCUA CAUACGAGGG ACAUGUUCCU UAUCCUUUCG CCUAGGGGAA AGUCCCCGGA AGCUCACAU AGUGACGCAG GCAGUGCGAC CUGGCUCGCA CCAACCACAC GGGGCUCAUU CUCAGCGCGG C |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | This sample was mono disperse. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 40 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 78.5 K / 最高: 78.5 K |
詳細 | Preliminary grid screening was preformed manually. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 10617 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 2545278 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.1) / 詳細: CTF correction was done by patch CTF correction. |
初期モデル | モデルのタイプ: NONE / 詳細: The startup models were generated automatically. |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.1) 詳細: The initial angle assignment was generated by Ab-initio reconstruction. |
最終 3次元分類 | クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.1) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.1) / 使用した粒子像数: 108128 |
詳細 | The selected images were normalized. |