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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3054 | |||||||||
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タイトル | Vacuolar H+-ATPase masked around V1 to account for flexibility | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the V-ATPase using data masked around the V1 domain. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Rotary ATPase / vacuolar ATPase | |||||||||
生物種 | Manduca sexta (蝶・蛾) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Rawson S / Tiburcy F / Trinick J / Wieczorek H / Harrison MA / Muench SP | |||||||||
引用 | ジャーナル: Methods / 年: 2016 タイトル: Methods to account for movement and flexibility in cryo-EM data processing. 著者: S Rawson / M G Iadanza / N A Ranson / S P Muench / 要旨: Recent advances in direct electron detectors and improved CMOS cameras have been accompanied by the development of a range of software to take advantage of the data they produce. In particular they ...Recent advances in direct electron detectors and improved CMOS cameras have been accompanied by the development of a range of software to take advantage of the data they produce. In particular they allow for the correction of two types of motion in cryo electron microscopy samples: motion correction for movements of the sample particles in the ice, and differential masking to account for heterogeneity caused by flexibility within protein complexes. Here we provide several scripts that allow users to move between RELION and standalone motion correction and centring programs. We then compare the computational cost and improvements in data quality with each program. We also describe our masking procedures to account for conformational flexibility. For the different elements of this study we have used three samples; a high symmetry virus, flexible protein complex (∼1MDa) and a relatively small protein complex (∼550kDa), to benchmark four widely available motion correction packages. Using these as test cases we demonstrate how motion correction and differential masking, as well as an additional particle re-centring protocol can improve final reconstructions when used within the RELION image-processing package. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3054.map.gz | 11.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3054-v30.xml emd-3054.xml | 8.6 KB 8.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | V1_EMDB3054_13497.tiff | 352.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3054 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3054 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3054_validation.pdf.gz | 207.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3054_full_validation.pdf.gz | 206.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3054_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3054 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3054 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3054.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the V-ATPase using data masked around the V1 domain. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Manduca sexta vacuolar ATPase complex
全体 | 名称: Manduca sexta vacuolar ATPase complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: Manduca sexta vacuolar ATPase complex
超分子 | 名称: Manduca sexta vacuolar ATPase complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: monodisperse / 集合状態: monomeric / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 900 KDa / 手法: mass spec |
-超分子 #1: Vacuolar ATPase
超分子 | 名称: Vacuolar ATPase / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: V-ATPase / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Manduca sexta (蝶・蛾) / 別称: tobacco hornworm |
分子量 | 実験値: 900 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.025 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.1 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, 9.6 mM 2-mercaptoethanol, 0.01% C12E10 |
グリッド | 詳細: 400 mesh Quantifoil R2.0/2.0 grids with thin carbon (10 nm) coating, glow discharged in air. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Grids were blotted for 7.5 seconds |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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詳細 | Collected with FEI EPU software |
日付 | 2014年2月27日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 1366 / 平均電子線量: 60 e/Å2 詳細: Each micrograph is sum of 34 frames recorded by direct detector. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 103704 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Standard procedures in RELION1.3 |
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CTF補正 | 詳細: Relion |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion 詳細: Maximum likelihood in Relion using 3D auto-refine and masked around the V1 region. The particles were handpicked in BOXER 使用した粒子像数: 13083 |