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- EMDB-30511: Structural insights into a dimeric Psb27-photosystem II complex f... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30511
タイトルStructural insights into a dimeric Psb27-photosystem II complex from a cyanobacterium Thermosynechococcus vulcanus
マップデータPSII-Psb27
試料
  • 複合体: PSII-Psb27
    • タンパク質・ペプチド: x 16種
  • リガンド: x 14種
キーワードdimeric photosystem II (PSII)-Psb27 complex from a cyanobacterium Thermosynechococcus vulcanus / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane ...oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / : / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX ...Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein L ...Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II protein D1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å
データ登録者Pi X / Huang G
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Structural insights into a dimeric Psb27-photosystem II complex from a cyanobacterium .
著者: Guoqiang Huang / Yanan Xiao / Xiong Pi / Liang Zhao / Qingjun Zhu / Wenda Wang / Tingyun Kuang / Guangye Han / Sen-Fang Sui / Jian-Ren Shen /
要旨: Photosystem II (PSII) is a multisubunit pigment-protein complex and catalyzes light-driven water oxidation, leading to the conversion of light energy into chemical energy and the release of molecular ...Photosystem II (PSII) is a multisubunit pigment-protein complex and catalyzes light-driven water oxidation, leading to the conversion of light energy into chemical energy and the release of molecular oxygen. Psb27 is a small thylakoid lumen-localized protein known to serve as an assembly factor for the biogenesis and repair of the PSII complex. The exact location and binding fashion of Psb27 in the intermediate PSII remain elusive. Here, we report the structure of a dimeric Psb27-PSII complex purified from a deletion mutant (ΔPsbV) of the cyanobacterium , solved by cryo-electron microscopy. Our structure showed that Psb27 is associated with CP43 at the luminal side, with specific interactions formed between Helix 2 and Helix 3 of Psb27 and a loop region between Helix 3 and Helix 4 of CP43 (loop C) as well as the large, lumen-exposed and hydrophilic E-loop of CP43. The binding of Psb27 imposes some conflicts with the N-terminal region of PsbO and also induces some conformational changes in CP43, CP47, and D2. This makes PsbO unable to bind in the Psb27-PSII. Conformational changes also occurred in D1, PsbE, PsbF, and PsbZ; this, together with the conformational changes occurred in CP43, CP47, and D2, may prevent the binding of PsbU and induce dissociation of PsbJ. This structural information provides important insights into the regulation mechanism of Psb27 in the biogenesis and repair of PSII.
履歴
登録2020年9月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月20日-
マップ公開2021年1月20日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.038
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.038
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7czl
  • 表面レベル: 0.038
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30511.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30511.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PSII-Psb27
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 240 pix.
= 313.57 Å		1.31 Å/pix.
x 240 pix.
= 313.57 Å		1.31 Å/pix.
x 240 pix.
= 313.57 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.30654 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.038 / ムービー #1: 0.038
最小 - 最大-0.12535547 - 0.2267318
平均 (標準偏差)0.0009973536 (±0.008977375)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 313.5696 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.30654166666671.30654166666671.3065416666667
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z313.570313.570313.570
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.1250.2270.001

-
添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PSII-Psb27

全体名称: PSII-Psb27
要素
  • 複合体: PSII-Psb27
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Ycf12
    • タンパク質・ペプチド: Psb27
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein X
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: CHLORIDE ION

+
超分子 #1: PSII-Psb27

超分子名称: PSII-Psb27 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)

+
分子 #1: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 35.894949 KDa
配列文字列: SANLWERFCN WVTSTDNRLY VGWFGVIMIP TLLAATICFV IAFIAAPPVD IDGIREPVSG SLLYGNNIIT GAVVPSSNAI GLHFYPIWE AASLDEWLYN GGPYQLIIFH FLLGASCYMG RQWELSYRLG MRPWICVAYS APLASAFAVF LIYPIGQGSF S DGMPLGIS ...文字列:
SANLWERFCN WVTSTDNRLY VGWFGVIMIP TLLAATICFV IAFIAAPPVD IDGIREPVSG SLLYGNNIIT GAVVPSSNAI GLHFYPIWE AASLDEWLYN GGPYQLIIFH FLLGASCYMG RQWELSYRLG MRPWICVAYS APLASAFAVF LIYPIGQGSF S DGMPLGIS GTFNFMIVFQ AEHNILMHPF HQLGVAGVFG GALFCAMHGS LVTSSLIRET TETESANYGY KFGQEEETYN IV AAHGYFG RLIFQYASFN NSRSLHFFLA AWPVVGVWFT ALGISTMAFN LNGFNFNHSV IDAKGNVINT WADIINRANL GME VMHE

UniProtKB: Photosystem II protein D1

+
分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 56.096758 KDa
配列文字列: GLPWYRVHTV LINDPGRLIA AHLMHTALVA GWAGSMALYE LATFDPSDPV LNPMWRQGMF VLPFMARLGV TGSWSGWSIT GETGIDPGF WSFEGVALAH IVLSGLLFLA ACWHWVYWDL ELFRDPRTGE PALDLPKMFG IHLFLAGLLC FGFGAFHLTG L FGPGMWVS ...文字列:
GLPWYRVHTV LINDPGRLIA AHLMHTALVA GWAGSMALYE LATFDPSDPV LNPMWRQGMF VLPFMARLGV TGSWSGWSIT GETGIDPGF WSFEGVALAH IVLSGLLFLA ACWHWVYWDL ELFRDPRTGE PALDLPKMFG IHLFLAGLLC FGFGAFHLTG L FGPGMWVS DPYGLTGSVQ PVAPEWGPDG FNPYNPGGVV AHHIAAGIVG IIAGLFHILV RPPQRLYKAL RMGNIETVLS SS IAAVFFA AFVVAGTMWY GSATTPIELF GPTRYQWDSS YFQQEINRRV QASLASGATL EEAWSAIPEK LAFYDYIGNN PAK GGLFRT GPMNKGDGIA QAWKGHAVFR NKEGEELFVR RMPAFFESFP VILTDKNGVV KADIPFRRAE SKYSFEQQGV TVSF YGGEL NGQTFTDPPT VKSYARKAIF GEIFEFDTET LNSDGIFRTS PRGWFTFAHA VFALLFFFGH IWHGARTLFR DVFSG IDPE LSPEQVEWGF YQKVGDVTTR R

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 48.648688 KDa
配列文字列: DQESSGFAWW AGNARLINLS GKLLGAHVAH AGLIVFWAGA MTLFELAHFI PEKPMYEQGL ILIPHIATLG WGVGPGGEVV DTFPFFVVG VVHLISSAVL GFGGVYHAIR GPETLEEYSS FFGYDWKDKN KMTTILGFHL IVLGIGALLL VAKAMFFGGL Y DTWAPGGG ...文字列:
DQESSGFAWW AGNARLINLS GKLLGAHVAH AGLIVFWAGA MTLFELAHFI PEKPMYEQGL ILIPHIATLG WGVGPGGEVV DTFPFFVVG VVHLISSAVL GFGGVYHAIR GPETLEEYSS FFGYDWKDKN KMTTILGFHL IVLGIGALLL VAKAMFFGGL Y DTWAPGGG DVRVITNPTL DPRVIFGYLL KSPFGGEGWI VSVNNLEDVV GGHIWIGLIC IAGGIWHILT TPFGWARRAF IW SGEAYLS YSLGALSMMG FIATCFVWFN NTVYPSEFYG PTGPEASQAQ AMTFLIRDQK LGANVGSAQG PTGLGKYLMR SPT GEIIFG GETMRFWDFR GPWLEPLRGP NGLDLNKIKN DIQPWQERRA AEYMTHAPLG SLNSVGGVAT EINSVNFVSP RSWL ATSHF VLAFFFLVGH LWHAGRARAA AAGFEKGIDR ESEPVLSMPS L

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #4: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 38.005484 KDa
配列文字列: GWFDILDDWL KRDRFVFVGW SGILLFPCAY LALGGWLTGT TFVTSWYTHG LASSYLEGCN FLTVAVSTPA NSMGHSLLLL WGPEAQGDF TRWCQLGGLW TFIALHGAFG LIGFMLRQFE IARLVGVRPY NAIAFSAPIA VFVSVFLIYP LGQSSWFFAP S FGVAAIFR ...文字列:
GWFDILDDWL KRDRFVFVGW SGILLFPCAY LALGGWLTGT TFVTSWYTHG LASSYLEGCN FLTVAVSTPA NSMGHSLLLL WGPEAQGDF TRWCQLGGLW TFIALHGAFG LIGFMLRQFE IARLVGVRPY NAIAFSAPIA VFVSVFLIYP LGQSSWFFAP S FGVAAIFR FLLFFQGFHN WTLNPFHMMG VAGVLGGALL CAIHGATVEN TLFQDGEGAS TFRAFNPTQA EETYSMVTAN RF WSQIFGI AFSNKRWLHF FMLFVPVTGL WMSAIGVVGL ALNLRSYDFI SQEIRAAEDP EFETFYTKNL LLNEGIRAWM APQ DQPHEN FVFPEEVLPR GNA

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 7.495497 KDa
配列文字列:
WVIHSITIPA LFIAGWLFVS TGLAYDVFGT PRPDSYYAQE QRSIPLVTDR FEAKQQVETF LEQLK

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 3.461166 KDa
配列文字列:
PIFTVRWVAV HTLAVPTIFF LGAIAAMQFI Q

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #7: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 6.986271 KDa
配列文字列:
ARRTWLGDIL RPLNSEYGKV APGWGTTPLM AVFMGLFLVF LLIILEIYNS TLILDGVNVS WK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 3.923706 KDa
配列文字列:
METLKITVYI VVTFFVLLFV FGFLSGDPAR NPKR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 4.101911 KDa
配列文字列:
KLPEAYAIFD PLVDVLPVIP VLFLALAFVW QAAVGFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 4.299044 KDa
配列文字列:
MEPNPNRQPV ELNRTSLYLG LLLILVLALL FSSYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 3.678338 KDa
配列文字列:
MEVNQLGLIA TALFVLVPSV FLIILYVQTE SQQ

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein M

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 3.620369 KDa
配列文字列:
METITYVFIF ACIIALFFFA IFFREPPRIT

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 6.766187 KDa
配列文字列:
MTILFQLALA ALVILSFVMV IGVPVAYASP QDWDRSKQLI FLGSGLWIAL VLVVGVLNFF VV

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #14: Photosystem II reaction center protein Ycf12

分子名称: Photosystem II reaction center protein Ycf12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 3.228035 KDa
配列文字列:
EVIAQLTMIA MIGIAGPMII FLLAVRRGNL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Psb30

+
分子 #15: Psb27

分子名称: Psb27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 12.234814 KDa
配列文字列:
TGLTGNFRED TLALISSLRE AIALPENDPN KKAAQAEARK KLNDFFALYR RDDSLRSLSS FMTMQTALNS LAGHYSSYPN RPLPEKLKA RLEQEFKQVE LALDREAKS

+
分子 #16: Photosystem II reaction center protein X

分子名称: Photosystem II reaction center protein X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 4.19103 KDa
配列文字列:
TITPSLKGFF IGLLSGAVVL GLTFAVLIAI SQIDKVQRSL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein X

+
分子 #17: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 70 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #18: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #19: 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA...

分子名称: 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 4 / 式: PQ9
分子量理論値: 612.967 Da
Chemical component information

ChemComp-PQ9:
5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE

+
分子 #20: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 22 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #21: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 2 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #22: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 6 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #23: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 6 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

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分子 #24: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸 / pH緩衝剤*YM

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分子 #25: (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL...

分子名称: (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE
タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 14 / 式: MGE
分子量理論値: 688.972 Da
Chemical component information

ChemComp-MGE:
(1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE

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分子 #26: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 8 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

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分子 #27: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #28: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

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分子 #29: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #30: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 2 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 87473
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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