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- EMDB-30467: HsORC2-5 with the local density of ORC2-WHD improved -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30467
タイトルHsORC2-5 with the local density of ORC2-WHD improved
マップデータHsORC2-5 Orc2-WHD density enhanced
試料
  • 複合体: Human Origin Recognition Complex 2-5
    • タンパク質・ペプチド: Human Origin Recognition Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / nuclear origin of replication recognition complex / inner kinetochore / nuclear pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex / neural precursor cell proliferation / regulation of DNA replication ...polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / nuclear origin of replication recognition complex / inner kinetochore / nuclear pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex / neural precursor cell proliferation / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / protein polymerization / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / glial cell proliferation / heterochromatin / Activation of ATR in response to replication stress / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / chromosome, telomeric region / DNA replication / nuclear body / nucleotide binding / centrosome / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / : / : / ORC2 WHD / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal ...Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / : / : / ORC2 WHD / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 RecA-like domain / AAA ATPase domain / Origin recognition complex, subunit 2 / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Cheng J / Li N / Wang X / Hu J / Zhai Y / Gao N
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508904 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020
タイトル: Structural insight into the assembly and conformational activation of human origin recognition complex.
著者: Jiaxuan Cheng / Ningning Li / Xiaohan Wang / Jiazhi Hu / Yuanliang Zhai / Ning Gao /
要旨: The function of the origin recognition complex (ORC) in DNA replication is highly conserved in recognizing and marking the initiation sites. The detailed molecular mechanisms by which human ORC is ...The function of the origin recognition complex (ORC) in DNA replication is highly conserved in recognizing and marking the initiation sites. The detailed molecular mechanisms by which human ORC is reconfigured into a state competent for origin association remain largely unknown. Here, we present structural characterizations of human ORC1-5 and ORC2-5 assemblies. ORC2-5 exhibits a tightly autoinhibited conformation with the winged-helix domain of ORC2 completely blocking the central DNA-binding channel. The binding of ORC1 partially relieves the autoinhibitory effect of ORC2-5 through remodeling ORC2-WHD, which makes ORC2-WHD away from the central channel creating a still autoinhibited but more dynamic structure. In particular, the AAA+ domain of ORC1 is highly flexible to sample a variety of conformations from inactive to potentially active states. These results provide insights into the detailed mechanisms regulating the autoinhibition of human ORC and its subsequent activation for DNA binding.
履歴
登録2020年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2021年3月31日-
現状2021年3月31日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30467.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30467.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HsORC2-5 Orc2-WHD density enhanced
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.58 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.58 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.58 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8286 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3 / ムービー #1: 0.3
最小 - 最大-1.3745054 - 2.4662082
平均 (標準偏差)0.006335459 (±0.070105225)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 248.58 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.82860.82860.8286
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z248.580248.580248.580
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-1.3752.4660.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human Origin Recognition Complex 2-5

全体名称: Human Origin Recognition Complex 2-5
要素
  • 複合体: Human Origin Recognition Complex 2-5
    • タンパク質・ペプチド: Human Origin Recognition Complex

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超分子 #1: Human Origin Recognition Complex 2-5

超分子名称: Human Origin Recognition Complex 2-5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: Human Origin Recognition Complex

分子名称: Human Origin Recognition Complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAHYPTRLKT RKTYSWVGRP LLDRKLHYQT YREMCVKTEG CSTEIHIQIG QFVLIEGDDD ENPYVAKLL ELFEDDSDPP PKKRARVQWF VRFCEVPACK RHLLGRKPGA QEIFWYDYPA C DSNINAET IIGLVRVIPL APKDVVPTNL KNEKTLFVKL SWNEKKFRPL ...文字列:
MAHYPTRLKT RKTYSWVGRP LLDRKLHYQT YREMCVKTEG CSTEIHIQIG QFVLIEGDDD ENPYVAKLL ELFEDDSDPP PKKRARVQWF VRFCEVPACK RHLLGRKPGA QEIFWYDYPA C DSNINAET IIGLVRVIPL APKDVVPTNL KNEKTLFVKL SWNEKKFRPL SSELFAELNK PQ ESAAKCQ KPVRAKSKSA ESPSWTPAEH VAKRIESRHS ASKSRQTPTH PLTPRARKRL ELG NLGNPQ MSQQTSCASL DSPGRIKRKV AFSEITSPSK RSQPDKLQTL SPALKAPEKT RETG LSYTE DDKKASPEHR IILRTRIAAS KTIDIREERT LTPISGGQRS SVVPSVILKP ENIKK RDAK EAKAQNEATS TPHRIRRKSS VLTMNRIRQQ LRFLGNSKSD QEEKEILPAA EISDSS SDE EEASTPPLPR RAPRTVSRNL RSSLKSSLHT LTKVPKKSLK PRTPRCAAPQ IRSRSLA AQ EPASVLEEAR LRLHVSAVPE SLPCREQEFQ DIYNFVESKL LDHTGGCMYI SGVPGTGK T ATVHEVIRCL QQAAQANDVP PFQYIEVNGM KLTEPHQVYV QILQKLTGQK ATANHAAEL LAKQFCTRGS PQETTVLLVD ELDLLWTHKQ DIMYNLFDWP THKEARLVVL AIANTMDLPE RIMMNRVSS RLGLTRMCFQ PYTYSQLQQI LRSRLKHLKA FEDDAIQLVA RKVAALSGDA R RCLDICRR ATEICEFSQQ KPDSPGLVTI AHSMEAVDEM FSSSYITAIK NSSVLEQSFL RA ILAEFRR SGLEEATFQQ IYSQHVALCR MEGLPYPTMS ETMAVCSHLG SCRLLLVEPS RND LLLRVR LNVSQDDVLY ALKDEMSKPE LKEDKMLEVH FVGDDDVLNH ILDREGGAKL KKERAQLLVN PKKIIKKPEY DLEED DQEV LKDQNYVEIM GRDVQESLKN GSATGGGNKV YSFQNRKHSE KMAKLASELA KTPQKS VSF SLKNDPEITI NVPQSSKGHS ASDKVQPKNN DKSEFLSTAP RSLRKRLIVP RSHSDSE SE YSASNSEDDE GVAQEHEEDT NAVIFSQKIQ AQNRVVSAPV GKETPSKRMK RDKTSDLV E EYFEAHSSSK VLTSDRTLQK LKRAKLDQQT LRNLLSKVSP SFSAELKQLN QQYEKLFHK WMLQLHLGFN IVLYGLGSKR DLLERFRTTM LQDSIHVVIN GFFPGISVKS VLNSITEEVL DHMGTFRSI LDQLDWIVNK FKEDSSLELF LLIHNLDSQM LRGEKSQQII GQLSSLHNIY L IASIDHLN APLMWDHAKQ SLFNWLWYET TTYSPYTEET SYENSLLVKQ SGSLPLSSLT HV LRSLTPN ARGIFRLLIK YQLDNQDNPS YIGLSFQDFY QQCREAFLVN SDLTLRAQLT EFR DHKLIR TKKGTDGVEY LLIPVDNGTL TDFLEKEEEE AMATSSMSKG CFVFKPNSKK RKISLPIEDY FNKGKNEPED SKLRFETYQL IWQQMKSENE R LQEELNKN LFDNLIEFLQ KSHSGFQKNS RDLGGQIKLR EIPTAALVLG VNVTDHDLTF GS LTEALQN NVTPYVVSLQ AKDCPDMKHF LQKLISQLMD CCVDIKSKEE ESVHVTQRKT HYS MDSLSS WYMTVTQKTD PKMLSKKRTT SSQWQSPPVV VILKDMESFA TKVLQDFIII SSQH LHEFP LILIFGIATS PIIIHRLLPH AVSSLLCIEL FQSLSCKEHL TTVLDKLLLT TQFPF KINE KVLQVLTNIF LYHDFSVQNF IKGLQLSLLE HFYSQPLSVL CCNLPEAKRR INFLSN NQC ENIRRLPSFR RYVEKQASEK QVALLTNERY LKEETQLLLE NLHVYHMNYF LVLRCLH KF TSSLPKYPLG RQIRELYCTC LEKNIWDSEE YASVLQLLRM LAKDELMTIL EKCFKVFK S YCENHLGSTA KRIEEFLAQF QSLDETKEEE DASGSQPKGL QKTDLYHLQK SLLEMKELR RSKKQTKFEV LRENVVNFID CLVREYLLPP ETQPLHEVVY FSAAHALREH LNAAPRIALH TALNNPYYY LKNEALKSEE GCIPNIAPDI CIAYKLHLEC SRLINLVDWS EAFATVVTAA E KMDANSAT SEEMNEIIHA RFIRAVSELE LLGFIKPTKQ KTDHVARLTW GGCMSSRKSK SNSLIHTECL SQVQRILRER FCRQSPHSNL FGVQVQYKHL SELLKRTALH GES NSVLII GPRGSGKTML INHALKELME IEEVSENVLQ VHLNGLLQIN DKIALKEITR QLNL ENVVG DKVFGSFAEN LSFLLEALKK GDRTSSCPVI FILDEFDLFA HHKNQTLLYN LFDIS QSAQ TPIAVIGLTC RLDILELLEK RVKSRFSHRQ IHLMNSFGFP QYVKIFKEQL SLPAEF PDK VFAEKWNENV QYLSEDRSVQ EVLQKHFNIS KNLRSLHMLL MLALNRVTAS HPFMTAV DL MEASQLCSMD SKANIVHGLS VLEICLIIAM KHLNDIYEEE PFNFQMVYNE FQKFVQRK A HSVYNFEKPV VMKAFEHLQQ LELIKPMERT SGNSQREYQL MKLLLDNTQI MNALQKYPN CPTDVRQWAT SSLSWLMPHL ENVVLCRESQ VSILQSLFGE RHHFSFPSIF IYGHTASGKT YVTQTLLKTL ELPHVF VNC VECFTLRLLL EQILNKLNHL SSSEDGCSTE ITCETFNDFV RLFKQVTTAE NLKDQTV YI VLDKAEYLRD MEANLLPGFL RLQELADRNV TVLFLSEIVW EKFRPNTGCF EPFVLYFP D YSIGNLQKIL SHDHPPEYSA DFYAAYINIL LGVFYTVCRD LKELRHLAVL NFPKYCEPV VKGEASERDT RKLWRNIEPH LKKAMQTVYL REISSSQWEK LQKDDTDPGQ LKGLSAHTHV ELPYYSKFI LIAAYLASYN PARTDKRFFL KHHGKIKKTN FLKKHEKTSN HLLGPKPFPL D RLLAILYS IVDSRVAPTA NIFSQITSLV TLQLLTLVGH DDQLDGPKYK CTVSLDFIRA IA RTVNFDI IKYLYDFL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 52000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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