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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30382 | |||||||||
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タイトル | Protein translocase of mitochondria | |||||||||
マップデータ | dimeric human TOM complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / Mitochondria / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / protein import into mitochondrial matrix / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane ...TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / protein import into mitochondrial matrix / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / regulation of protein stability / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang M / Wang W / Zhang L | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020 タイトル: Atomic structure of human TOM core complex. 著者: Wenhe Wang / Xudong Chen / Laixing Zhang / Jingbo Yi / Qingxi Ma / Jian Yin / Wei Zhuo / Jinke Gu / Maojun Yang / 要旨: The translocase of the outer mitochondrial membrane (TOM) complex is the main entry gate for mitochondrial precursor proteins synthesized on cytosolic ribosomes. Here we report the single-particle ...The translocase of the outer mitochondrial membrane (TOM) complex is the main entry gate for mitochondrial precursor proteins synthesized on cytosolic ribosomes. Here we report the single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the dimeric human TOM core complex (TOM-CC). Two Tom40 β-barrel proteins, connected by two Tom22 receptor subunits and one phospholipid, form the protein-conducting channels. The small Tom proteins Tom5, Tom6, and Tom7 surround the channel and have notable configurations. The distinct electrostatic features of the complex, including the pronounced negative interior and the positive regions at the periphery and center of the dimer on the intermembrane space (IMS) side, provide insight into the preprotein translocation mechanism. Further, two dimeric TOM complexes may associate to form tetramer in the shape of a parallelogram, offering a potential explanation into the unusual structural features of Tom subunits and a new perspective of viewing the import of mitochondrial proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30382.map.gz | 9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30382-v30.xml emd-30382.xml | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30382.png | 32.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30382.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_30382_additional_1.map.gz | 117.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30382 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30382 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30382_validation.pdf.gz | 396.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30382_full_validation.pdf.gz | 396.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30382_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30382_validation.cif.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30382 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30382 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30382.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | dimeric human TOM complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: tetrameric human TOM complex
ファイル | emd_30382_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | tetrameric human TOM complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The translocase of the outer mitochondrial membrane (TOM) complex
全体 | 名称: The translocase of the outer mitochondrial membrane (TOM) complex |
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要素 |
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-超分子 #1: The translocase of the outer mitochondrial membrane (TOM) complex
超分子 | 名称: The translocase of the outer mitochondrial membrane (TOM) complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.926926 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGNVLAASSP PAGPPPPPAP ALVGLPPPPP SPPGFTLPPL GGSLGAGTST SRSSERTPGA ATASASGAAE DGACGCLPNP GTFEECHRK CKELFPIQME GVKLTVNKGL SNHFQVNHTV ALSTIGESNY HFGVTYVGTK QLSPTEAFPV LVGDMDNSGS L NAQVIHQL ...文字列: MGNVLAASSP PAGPPPPPAP ALVGLPPPPP SPPGFTLPPL GGSLGAGTST SRSSERTPGA ATASASGAAE DGACGCLPNP GTFEECHRK CKELFPIQME GVKLTVNKGL SNHFQVNHTV ALSTIGESNY HFGVTYVGTK QLSPTEAFPV LVGDMDNSGS L NAQVIHQL GPGLRSKMAI QTQQSKFVNW QVDGEYRGSD FTAAVTLGNP DVLVGSGILV AHYLQSITPC LALGGELVYH RR PGEEGTV MSLAGKYTLN NWLATVTLGQ AGMHATYYHK ASDQLQVGVE FEASTRMQDT SVSFGYQLDL PKANLLFKGS VDS NWIVGA TLEKKLPPLP LTLALGAFLN HRKNKFQCGF GLTIG UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog |
-分子 #2: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 15.532528 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAAAVAAAGA GEPQSPDELL PKGDAEKPEE ELEEDDDEEL DETLSERLWG LTEMFPERVR SAAGATFDLS LFVAQKMYRF SRAALWIGT TSFMILVLPV VFETEKLQME QQQQLQQRQI LLGPNTGLSG GMPGALPSLP GKI UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog |
-分子 #3: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 8.007988 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASSTVPVSA AGSANETPEI PDNVGDWLRG VYRFATDRND FRRNLILNLG LFAAGVWLAR NLSDIDLMAP QPGV UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog |
-分子 #4: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 6.256473 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MVKLSKEAKQ RLQQLFKGSQ FAIRWGFIPL VIYLGFKRGA DPGMPEPTVL SLLWG UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog |
-分子 #5: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 6.045318 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFRIEGLAPK LDPEEMKRKM REDVISSIRN FLIYVALLRV TPFILKKLDS I UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog |
-分子 #6: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: PC1 |
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分子量 | 理論値: 790.145 Da |
Chemical component information | ChemComp-PC1: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 159369 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |