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万見
- EMDB-30368: cryo_EM map of SLC26A9 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30368
タイトルcryo_EM map of SLC26A9
マップデータcryo_EM map of SLC26A9
試料
  • 複合体: SLC26A9
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 26 member 9
  • リガンド: CHLORIDE ION塩化物
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム
  • リガンド: water水
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Multifunctional anion exchangers / sulfate transmembrane transporter activity / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / monoatomic anion transport / chloride transport / chloride transmembrane transporter activity ...: / Multifunctional anion exchangers / sulfate transmembrane transporter activity / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / monoatomic anion transport / chloride transport / chloride transmembrane transporter activity / chloride channel activity / plasma membrane => GO:0005886 / monoatomic ion transport / ATPase binding / apical plasma membrane / positive regulation of gene expression / 細胞膜 / extracellular exosome / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Solute carrier family 26 member 9 / SLC26A/SulP transporter / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 26 member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chi XM / Chen Y
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800628 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971123 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the gating mechanism of human SLC26A9 mediated by its C-terminal sequence.
著者: Ximin Chi / Xueqin Jin / Yun Chen / Xiaoli Lu / Xinyu Tu / Xiaorong Li / Yuanyuan Zhang / Jianlin Lei / Jing Huang / Zhuo Huang / Qiang Zhou / Xiaojing Pan /
要旨: The human SLC26 transporter family exhibits various transport characteristics, and family member SLC26A9 performs multiple roles, including acting as Cl/HCO exchangers, Cl channels, and Na ...The human SLC26 transporter family exhibits various transport characteristics, and family member SLC26A9 performs multiple roles, including acting as Cl/HCO exchangers, Cl channels, and Na transporters. Some mutations of SLC26A9 are correlated with abnormalities in respiration and digestion systems. As a potential target colocalizing with CFTR in cystic fibrosis patients, SLC26A9 is of great value in drug development. Here, we present a cryo-EM structure of the human SLC26A9 dimer at 2.6 Å resolution. A segment at the C-terminal end is bound to the entry of the intracellular vestibule of the putative transport pathway, which has been proven by electrophysiological experiments to be a gating modulator. Multiple chloride and sodium ions are resolved in the high-resolution structure, identifying novel ion-binding pockets for the first time. Together, our structure takes important steps in elucidating the structural features and regulatory mechanism of SLC26A9, with potential significance in the treatment of cystic fibrosis.
履歴
登録2020年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月26日-
マップ公開2020年8月26日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ch1
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30368.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30368.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo_EM map of SLC26A9
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.091 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.076386064 - 0.18091722
平均 (標準偏差)0.00007194531 (±0.0034861367)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 349.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0911.0911.091
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z349.120349.120349.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ480480480
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0760.1810.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SLC26A9

全体名称: SLC26A9
要素
  • 複合体: SLC26A9
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 26 member 9
  • リガンド: CHLORIDE ION塩化物
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム
  • リガンド: water水

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超分子 #1: SLC26A9

超分子名称: SLC26A9 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 26 member 9

分子名称: Solute carrier family 26 member 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 87.066945 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSQPRPRYVV DRAAYSLTLF DDEFEKKDRT YPVGEKLRNA FRCSSAKIKA VVFGLLPVLS WLPKYKIKDY IIPDLLGGLS GGSIQVPQG MAFALLANLP AVNGLYSSFF PLLTYFFLGG VHQMVPGTFA VISILVGNIC LQLAPESKFQ VFNNATNESY V DTAAMEAE ...文字列:
MSQPRPRYVV DRAAYSLTLF DDEFEKKDRT YPVGEKLRNA FRCSSAKIKA VVFGLLPVLS WLPKYKIKDY IIPDLLGGLS GGSIQVPQG MAFALLANLP AVNGLYSSFF PLLTYFFLGG VHQMVPGTFA VISILVGNIC LQLAPESKFQ VFNNATNESY V DTAAMEAE RLHVSATLAC LTAIIQMGLG FMQFGFVAIY LSESFIRGFM TAAGLQILIS VLKYIFGLTI PSYTGPGSIV FT FIDICKN LPHTNIASLI FALISGAFLV LVKELNARYM HKIRFPIPTE MIVVVVATAI SGGCKMPKKY HMQIVGEIQR GFP TPVSPV VSQWKDMIGT AFSLAIVSYV INLAMGRTLA NKHGYDVDSN QEMIALGCSN FFGSFFKIHV ICCALSVTLA VDGA GGKSQ VASLCVSLVV MITMLVLGIY LYPLPKSVLG ALIAVNLKNS LKQLTDPYYL WRKSKLDCCI WVVSFLSSFF LSLPY GVAV GVAFSVLVVV FQTQFRNGYA LAQVMDTDIY VNPKTYNRAQ DIQGIKIITY CSPLYFANSE IFRQKVIAKT GMDPQK VLL AKQKYLKKQE KRRMRPTQQR RSLFMKTKTV SLQELQQDFE NAPPTDPNNN QTPANGTSVS YITFSPDSSS PAQSEPP AS AEAPGEPSDM LASVPPFVTF HTLILDMSGV SFVDLMGIKA LAKLSSTYGK IGVKVFLVNI HAQVYNDISH GGVFEDGS L ECKHVFPSIH DAVLFAQANA RDVTPGHNFQ GAPGDAELSL YDSEEDIRSY WDLEQEMFGS MFHAETLTAL

UniProtKB: Solute carrier family 26 member 9

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分子 #2: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 76 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 624027

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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