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- EMDB-3036: Sinorhizobium meliloti phage Phi-M9 defines a new group of T4-sup... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3036
タイトルSinorhizobium meliloti phage Phi-M9 defines a new group of T4-superfamily phages with unusual genomic features, but a common T=16 capsid
マップデータSinorhizobium meliloti phage Phi M9 defines a new group of T4-superfamily phages with unusual genomic features, but a common T=16 capsid
試料
  • 試料: Sinorhizobium meliloti phage Phi-M9
  • ウイルス: Sinorhizobium meliloti phage phiM9 (ファージ)
キーワードPhi-M9 T4-like phage Phi-M12 Sinorhizobium meliloti / alphaproteobacteria T=16 cryo-EM rhizophage structural protein VrlC gp20
生物種Sinorhizobium meliloti phage phiM9 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.26 Å
データ登録者Johnson MC / Tatum KB / Lynn JS / Brewer TE / Washburn B / Stroupe ME / Jones KM
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2015
タイトル: Sinorhizobium meliloti Phage ΦM9 Defines a New Group of T4 Superfamily Phages with Unusual Genomic Features but a Common T=16 Capsid.
著者: Matthew C Johnson / Kelsey B Tatum / Jason S Lynn / Tess E Brewer / Stephen Lu / Brian K Washburn / M Elizabeth Stroupe / Kathryn M Jones /
要旨: Relatively little is known about the phages that infect agriculturally important nitrogen-fixing rhizobial bacteria. Here we report the genome and cryo-electron microscopy structure of the ...Relatively little is known about the phages that infect agriculturally important nitrogen-fixing rhizobial bacteria. Here we report the genome and cryo-electron microscopy structure of the Sinorhizobium meliloti-infecting T4 superfamily phage ΦM9. This phage and its close relative Rhizobium phage vB_RleM_P10VF define a new group of T4 superfamily phages. These phages are distinctly different from the recently characterized cyanophage-like S. meliloti phages of the ΦM12 group. Structurally, ΦM9 has a T=16 capsid formed from repeating units of an extended gp23-like subunit that assemble through interactions between one subunit and the adjacent E-loop insertion domain. Though genetically very distant from the cyanophages, the ΦM9 capsid closely resembles that of the T4 superfamily cyanophage Syn9. ΦM9 also has the same T=16 capsid architecture as the very distant phage SPO1 and the herpesviruses. Despite their overall lack of similarity at the genomic and structural levels, ΦM9 and S. meliloti phage ΦM12 have a small number of open reading frames in common that appear to encode structural proteins involved in interaction with the host and which may have been acquired by horizontal transfer. These proteins are predicted to encode tail baseplate proteins, tail fibers, tail fiber assembly proteins, and glycanases that cleave host exopolysaccharide.
IMPORTANCE: Despite recent advances in the phylogenetic and structural characterization of bacteriophages, only a small number of phages of plant-symbiotic nitrogen-fixing soil bacteria have been ...IMPORTANCE: Despite recent advances in the phylogenetic and structural characterization of bacteriophages, only a small number of phages of plant-symbiotic nitrogen-fixing soil bacteria have been studied at the molecular level. The effects of phage predation upon beneficial bacteria that promote plant growth remain poorly characterized. First steps in understanding these soil bacterium-phage dynamics are genetic, molecular, and structural characterizations of these groups of phages. The T4 superfamily phages are among the most complex phages; they have large genomes packaged within an icosahedral head and a long, contractile tail through which the DNA is delivered to host cells. This phylogenetic and structural study of S. meliloti-infecting T4 superfamily phage ΦM9 provides new insight into the diversity of this family. The comparison of structure-related genes in both ΦM9 and S. meliloti-infecting T4 superfamily phage ΦM12, which comes from a completely different lineage of these phages, allows the identification of host infection-related factors.
履歴
登録2015年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月12日-
マップ公開2015年9月9日-
更新2015年10月14日-
現状2015年10月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

image3036.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3036.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sinorhizobium meliloti phage Phi M9 defines a new group of T4-superfamily phages with unusual genomic features, but a common T=16 capsid
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.62 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.05172074 - 0.1567882
平均 (標準偏差)-0.00109817 (±0.01801127)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ896896896
Spacing896896896
セルA=B=C: 1451.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.621.621.62
M x/y/z896896896
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1451.5201451.5201451.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS896896896
D min/max/mean-0.0520.157-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Sinorhizobium meliloti phage Phi-M9

全体名称: Sinorhizobium meliloti phage Phi-M9
要素
  • 試料: Sinorhizobium meliloti phage Phi-M9
  • ウイルス: Sinorhizobium meliloti phage phiM9 (ファージ)

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超分子 #1000: Sinorhizobium meliloti phage Phi-M9

超分子名称: Sinorhizobium meliloti phage Phi-M9 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: T=16 Icosohedron / Number unique components: 1

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超分子 #1: Sinorhizobium meliloti phage phiM9

超分子名称: Sinorhizobium meliloti phage phiM9 / タイプ: virus / ID: 1 / 生物種: Sinorhizobium meliloti phage phiM9 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: M9 / T番号(三角分割数): 16

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

グリッド詳細: C-Flat 2/2 Holey Carbon support, 200 mesh, 2 micron holes
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2015年3月23日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: OTHER / 実像数: 2184 / 平均電子線量: 60 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.26 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: XMIPP, Relion, Frealign / 使用した粒子像数: 4410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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