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万見
- EMDB-30337: CryoEM structure of Zika virus with Fab at 4.1 Angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30337
タイトルCryoEM structure of Zika virus with Fab at 4.1 Angstrom
マップデータ
試料
  • 複合体: Zika virus
    • 複合体: Zika virus M and E proteins
      • タンパク質・ペプチド: Small envelope protein M
      • タンパク質・ペプチド: Envelope protein E
    • 複合体: FAB
      • タンパク質・ペプチド: Fab Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab light chain
機能・相同性
機能・相同性情報


response to herbicide / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II protein D1 / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem q(B) protein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / ZIKV (ジカ熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Tyagi A / Ahmed T / Shi J / Bhushan S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (MoE, Singapore)2017-T1- 001-022 (RG34/17), MOE2017-T2-2-089
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2020
タイトル: A complex between the Zika virion and the Fab of a broadly cross-reactive neutralizing monoclonal antibody revealed by cryo-EM and single particle analysis at 4.1 Å resolution.
著者: Anu Tyagi / Tofayel Ahmed / Jian Shi / Shashi Bhushan /
要旨: Zika virus (ZIKV) recently emerged as a major public health concern because it can cause fetal microcephaly and neurological disease such as the Guillain-Barré syndrome. A particularly potent class ...Zika virus (ZIKV) recently emerged as a major public health concern because it can cause fetal microcephaly and neurological disease such as the Guillain-Barré syndrome. A particularly potent class of broadly neutralizing antibodies (nAbs) targets a quaternary epitope located at the interface of two envelope proteins monomers, exposed at the surface of the mature virion. This "E-dimer-dependent epitope" (EDE), comprises the fusion loop of one monomer at the tip of domain II of E and a portion of the domains I and III of the adjacent monomer. Since this epitope largely overlaps with the binding site of the precursor membrane protein (prM) during Zika virion maturation, its molecular surface is evolutionary conserved in flaviviruses such as Dengue and Zika viruses, and can elicit antibodies that broadly neutralize various ZIKV strains. Here, we present a cryo-EM reconstruction at 4.1 Å resolution of the virion bound to the antigen binding fragment (Fab) of an antibody that targets this mutationally-constrained quaternary epitope. The Fab incompletely covers the surface of the virion as it does not bind next to its 5-fold icosahedral axes. The structure reveals details of the binding mode of this potent neutralizing class of antibodies and can inform the design of immunogens and vaccines targeting this conserved epitope.
履歴
登録2020年6月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月8日-
マップ公開2020年7月8日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7cbp
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7cbp
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30337.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30337.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 798 pix.
= 833.91 Å		1.05 Å/pix.
x 798 pix.
= 833.91 Å		1.05 Å/pix.
x 798 pix.
= 833.91 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.039851796 - 0.08573224
平均 (標準偏差)0.00047128677 (±0.00345337)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ798798798
Spacing798798798
セルA=B=C: 833.91 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0451.0451.045
M x/y/z798798798
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z833.910833.910833.910
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ777686
NX/NY/NZ10710993
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS798798798
D min/max/mean-0.0400.0860.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Zika virus

全体名称: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
要素
  • 複合体: Zika virus
    • 複合体: Zika virus M and E proteins
      • タンパク質・ペプチド: Small envelope protein M
      • タンパク質・ペプチド: Envelope protein E
    • 複合体: FAB
      • タンパク質・ペプチド: Fab Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab light chain

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超分子 #1: Zika virus

超分子名称: Zika virus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Zika virus M and E proteins

超分子名称: Zika virus M and E proteins / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス)

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超分子 #3: FAB

超分子名称: FAB / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Small envelope protein M

分子名称: Small envelope protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: ZIKV (ジカ熱ウイルス)
分子量理論値: 8.496883 KDa
配列文字列:
AVTLPSHSTR KLQTRSQTWL ESREYTKHLI RVENWIFRNP GFALAAAAIA WLLGSSTSQK VIYLVMILLI APAYS

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分子 #2: Envelope protein E

分子名称: Envelope protein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: ZIKV (ジカ熱ウイルス)
分子量理論値: 54.186762 KDa
配列文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ...文字列:
IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ITPNSPRAEA TLGGFGSLGL DCEPRTGLDF SDLYYLTMNN KHWLVHKEWF HDIPLPWHAG ADTGTPHWNN KE ALVEFKD AHAKRQTVVV LGSQEGAVHT ALAGALEAEM DGAKGRLSSG HLKCRLKMDK LRLKGVSYSL CTAAFTFTKI PAE TLHGTV TVEVQYAGTD GPCKVPAQMA VDMQTLTPVG RLITANPVIT ESTENSKMML ELDPPFGDSY IVIGVGEKKI THHW HRSGS TIGKAFEATV RGAKRMAVLG DTAWDFGSVG GALNSLGKGI HQIFGAAFKS LFGGMSWFSQ ILIGTLLMWL GLNTK NGSI SLMCLALGGV LIFLSTA

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分子 #3: Fab Heavy chain

分子名称: Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.612326 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLLESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFSFS TYSMHWVRQA PGKGLEWVSA ISGEGDSAYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNKVRAE DTAVYYCVGG YSNFYYYYTM DAWGQGTMVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列:
EVQLLESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFSFS TYSMHWVRQA PGKGLEWVSA ISGEGDSAYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNKVRAE DTAVYYCVGG YSNFYYYYTM DAWGQGTMVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEP

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分子 #4: Fab light chain

分子名称: Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.818539 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSPAS LSLSPGERAT LSCRATQSIS TFLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASTRASGIPA RFSGSRSGTD FTLTITRLEP EDFAVYYCQ QRYNWPPYSF GQGTKLEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
DIVMTQSPAS LSLSPGERAT LSCRATQSIS TFLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASTRASGIPA RFSGSRSGTD FTLTITRLEP EDFAVYYCQ QRYNWPPYSF GQGTKLEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4610
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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