[日本語] English
万見
- EMDB-3032: Cryo-EM structure of ATP-bound IstB -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3032
タイトルCryo-EM structure of ATP-bound IstB
マップデータIstB decamer bound to ATP
試料
  • 試料: ATP-bound IstB decamer
  • タンパク質・ペプチド: IstB
キーワードAAA+ / ATPase / IS21 / DNA transposition / DNA binding / DNA remodeling
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Arias-Palomo E / Berger JM
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: An Atypical AAA+ ATPase Assembly Controls Efficient Transposition through DNA Remodeling and Transposase Recruitment.
著者: Ernesto Arias-Palomo / James M Berger /
要旨: Transposons are ubiquitous genetic elements that drive genome rearrangements, evolution, and the spread of infectious disease and drug-resistance. Many transposons, such as Mu, Tn7, and IS21, require ...Transposons are ubiquitous genetic elements that drive genome rearrangements, evolution, and the spread of infectious disease and drug-resistance. Many transposons, such as Mu, Tn7, and IS21, require regulatory AAA+ ATPases for function. We use X-ray crystallography and cryo-electron microscopy to show that the ATPase subunit of IS21, IstB, assembles into a clamshell-shaped decamer that sandwiches DNA between two helical pentamers of ATP-associated AAA+ domains, sharply bending the duplex into a 180° U-turn. Biochemical studies corroborate key features of the structure and further show that the IS21 transposase, IstA, recognizes the IstB•DNA complex and promotes its disassembly by stimulating ATP hydrolysis. Collectively, these studies reveal a distinct manner of higher-order assembly and client engagement by a AAA+ ATPase and suggest a mechanistic model where IstB binding and subsequent DNA bending primes a selected insertion site for efficient transposition.
履歴
登録2015年5月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年6月10日-
マップ公開2015年8月26日-
更新2015年8月26日-
現状2015年8月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3032.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3032.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈IstB decamer bound to ATP
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0125 / ムービー #1: 0.0125
最小 - 最大-0.00432957 - 0.05730631
平均 (標準偏差)0.0005459 (±0.0035429)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 295.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z295.200295.200295.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-0.0040.0570.001

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : ATP-bound IstB decamer

全体名称: ATP-bound IstB decamer
要素
  • 試料: ATP-bound IstB decamer
  • タンパク質・ペプチド: IstB

-
超分子 #1000: ATP-bound IstB decamer

超分子名称: ATP-bound IstB decamer / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse
集合状態: IstB oligomerizes into pentamer of dimers when bound to ATP
Number unique components: 1
分子量実験値: 290 KDa / 理論値: 290 KDa / 手法: Analytical size exclusion chromatography

-
分子 #1: IstB

分子名称: IstB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
分子量理論値: 29 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 300 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1.5% glycerol, 1 mM DTT, 1 mM ATP
グリッド詳細: C-Flat 400 mesh 2/2. Open holes
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot for 4 seconds before plunging

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2013年6月12日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, SPARX / 使用した粒子像数: 34064

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る