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万見
- EMDB-3014: Electron cryo-microscopy of Cowpea Mosaic Virus (CPMV) empty viru... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3014
タイトルElectron cryo-microscopy of Cowpea Mosaic Virus (CPMV) empty virus like particle (eVLP)
マップデータCowpea Mosaic virus empty virus like particles (CPMV eVLPs)
試料
  • 試料: Cowpea mosaic virus empty virus like particle (CPMV eVLP)
  • ウイルス: Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)
キーワードCPMV / eVLP / virus / comoviridae / picornavirales.
機能・相同性
機能・相同性情報


transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / T=3 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / GTP binding / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Large coat protein / RNA2 polyprotein / Large coat protein / Small coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Hesketh EL / Meshcheriakova Y / Dent KC / Saxena P / Thompson R / Reddy V / Cockburn JJ / Lomonossoff GP / Ranson NA
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Mechanisms of assembly and genome packaging in an RNA virus revealed by high-resolution cryo-EM.
著者: Emma L Hesketh / Yulia Meshcheriakova / Kyle C Dent / Pooja Saxena / Rebecca F Thompson / Joseph J Cockburn / George P Lomonossoff / Neil A Ranson /
要旨: Cowpea mosaic virus is a plant-infecting member of the Picornavirales and is of major interest in the development of biotechnology applications. Despite the availability of >100 crystal structures of ...Cowpea mosaic virus is a plant-infecting member of the Picornavirales and is of major interest in the development of biotechnology applications. Despite the availability of >100 crystal structures of Picornavirales capsids, relatively little is known about the mechanisms of capsid assembly and genome encapsidation. Here we have determined cryo-electron microscopy reconstructions for the wild-type virus and an empty virus-like particle, to 3.4 Å and 3.0 Å resolution, respectively, and built de novo atomic models of their capsids. These new structures reveal the C-terminal region of the small coat protein subunit, which is essential for virus assembly and which was missing from previously determined crystal structures, as well as residues that bind to the viral genome. These observations allow us to develop a new model for genome encapsidation and capsid assembly.
履歴
登録2015年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年6月17日-
マップ公開2015年12月16日-
更新2016年11月9日-
現状2016年11月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5a33
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5a33
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

radial.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3014.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 210.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cowpea Mosaic virus empty virus like particles (CPMV eVLPs)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å		1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å		1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.30202594 - 0.6233781
平均 (標準偏差)0.00301442 (±0.0345096)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 399.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z399.360399.360399.360
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.3020.6230.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cowpea mosaic virus empty virus like particle (CPMV eVLP)

全体名称: Cowpea mosaic virus empty virus like particle (CPMV eVLP)
要素
  • 試料: Cowpea mosaic virus empty virus like particle (CPMV eVLP)
  • ウイルス: Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)

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超分子 #1000: Cowpea mosaic virus empty virus like particle (CPMV eVLP)

超分子名称: Cowpea mosaic virus empty virus like particle (CPMV eVLP)
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 3.87 MDa

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超分子 #1: Cowpea mosaic virus

超分子名称: Cowpea mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: CPMV
詳細: Empty virus like particles (eVLPs) produced by expressing a coat precursor protein VP60 which expressed both large and small proteins and the 24K protease in N. benthamiana
NCBI-ID: 12264 / 生物種: Cowpea mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: CPMV
宿主生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 別称: PLANTAE(HIGHER PLANTS)
分子量理論値: 3.87 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 280 Å / T番号(三角分割数): 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.2 mg/mL
グリッド詳細: 200 mesh quantifoil grids with 2 um holes, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 94 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 90 K / 最高: 90 K
日付2014年11月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 1135 / 平均電子線量: 45 e/Å2
詳細: Images are averages of 16 images recorded on a Falcon II direct detector
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 134615 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 134615
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were auto picked, classified using reference free 2D and furthered classified by several rounds of 3D classification prior to 3D auto refine, and movie processing.
CTF補正詳細: CTFFIND3 per micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION, 1.3 / 使用した粒子像数: 4998
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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