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万見
- EMDB-30019: Cryo-EM structure of the human MCT1/Basigin-2 complex in the pres... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30019
タイトルCryo-EM structure of the human MCT1/Basigin-2 complex in the presence of anti-cancer drug candidate AZD3965 in the outward-open conformation.
マップデータCryo-EM structure of human MCT1 in complex with Basigin-2 in the presence of AZD3965
試料
  • 複合体: MCT1/Basigin-2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Monocarboxylate transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: Basigin
  • リガンド: 3-methyl-5-[[(4~{R})-4-methyl-4-oxidanyl-1,2-oxazolidin-2-yl]carbonyl]-6-[[5-methyl-3-(trifluoromethyl)-1~{H}-pyrazol-4-yl]methyl]-1-propan-2-yl-thieno[2,3-d]pyrimidine-2,4-dione
キーワードProton-coupled monocarboxylate transporter / MCT1 / Basigin / anti-cancer / AZD3965 / BAY-8002 / 7ACC2 / single particle cryo-EM / latate transporter / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mevalonate transmembrane transporter activity / mevalonate transport / behavioral response to nutrient / plasma membrane lactate transport / pyruvate transmembrane transport / lactate transmembrane transporter activity / lactate:proton symporter activity / Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / Proton-coupled monocarboxylate transport / succinate transmembrane transport ...mevalonate transmembrane transporter activity / mevalonate transport / behavioral response to nutrient / plasma membrane lactate transport / pyruvate transmembrane transport / lactate transmembrane transporter activity / lactate:proton symporter activity / Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / Proton-coupled monocarboxylate transport / succinate transmembrane transport / monocarboxylic acid transmembrane transporter activity / monocarboxylic acid transport / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / succinate transmembrane transporter activity / carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / dendrite self-avoidance / acrosomal membrane / cell-cell adhesion mediator activity / pyruvate catabolic process / endothelial tube morphogenesis / response to mercury ion / neural retina development / photoreceptor cell maintenance / centrosome cycle / Basigin interactions / response to food / Aspirin ADME / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / D-mannose binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / decidualization / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / lateral plasma membrane / photoreceptor outer segment / response to cAMP / Integrin cell surface interactions / transport across blood-brain barrier / Degradation of the extracellular matrix / photoreceptor inner segment / neutrophil chemotaxis / embryo implantation / positive regulation of endothelial cell migration / regulation of insulin secretion / axon guidance / basal plasma membrane / protein localization to plasma membrane / sarcolemma / response to peptide hormone / lipid metabolic process / positive regulation of interleukin-6 production / cell junction / melanosome / glucose homeostasis / signaling receptor activity / virus receptor activity / angiogenesis / basolateral plasma membrane / positive regulation of viral entry into host cell / cell surface receptor signaling pathway / endosome / apical plasma membrane / cadherin binding / Golgi membrane / axon / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Monocarboxylate transporter / : / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Immunoglobulin domain / MFS transporter superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...Monocarboxylate transporter / : / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Immunoglobulin domain / MFS transporter superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Basigin / Monocarboxylate transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wang N / Jiang X
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Structural basis of human monocarboxylate transporter 1 inhibition by anti-cancer drug candidates.
著者: Nan Wang / Xin Jiang / Shuo Zhang / Angqi Zhu / Yafei Yuan / Hanwen Xu / Jianlin Lei / Chuangye Yan /
要旨: Proton-coupled monocarboxylate transporters MCT1-4 catalyze the transmembrane movement of metabolically essential monocarboxylates and have been targeted for cancer treatment because of their ...Proton-coupled monocarboxylate transporters MCT1-4 catalyze the transmembrane movement of metabolically essential monocarboxylates and have been targeted for cancer treatment because of their enhanced expression in various tumors. Here, we report five cryo-EM structures, at resolutions of 3.0-3.3 Å, of human MCT1 bound to lactate or inhibitors in the presence of Basigin-2, a single transmembrane segment (TM)-containing chaperon. MCT1 exhibits similar outward-open conformations when complexed with lactate or the inhibitors BAY-8002 and AZD3965. In the presence of the inhibitor 7ACC2 or with the neutralization of the proton-coupling residue Asp309 by Asn, similar inward-open structures were captured. Complemented by structural-guided biochemical analyses, our studies reveal the substrate binding and transport mechanism of MCTs, elucidate the mode of action of three anti-cancer drug candidates, and identify the determinants for subtype-specific sensitivities to AZD3965 by MCT1 and MCT4. These findings lay out an important framework for structure-guided drug discovery targeting MCTs.
履歴
登録2020年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月23日-
マップ公開2020年12月23日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.14
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.14
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6lyy
  • 表面レベル: 1.14
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6lyy
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30019.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30019.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of human MCT1 in complex with Basigin-2 in the presence of AZD3965
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 200 pix.
= 218.2 Å		1.09 Å/pix.
x 200 pix.
= 218.2 Å		1.09 Å/pix.
x 200 pix.
= 218.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.091 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.14 / ムービー #1: 1.14
最小 - 最大-3.3565252 - 5.125559
平均 (標準偏差)0.006952484 (±0.12015364)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 218.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0911.0911.091
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z218.200218.200218.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-3.3575.1260.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MCT1/Basigin-2 complex

全体名称: MCT1/Basigin-2 complex
要素
  • 複合体: MCT1/Basigin-2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Monocarboxylate transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: Basigin
  • リガンド: 3-methyl-5-[[(4~{R})-4-methyl-4-oxidanyl-1,2-oxazolidin-2-yl]carbonyl]-6-[[5-methyl-3-(trifluoromethyl)-1~{H}-pyrazol-4-yl]methyl]-1-propan-2-yl-thieno[2,3-d]pyrimidine-2,4-dione

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超分子 #1: MCT1/Basigin-2 complex

超分子名称: MCT1/Basigin-2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Monocarboxylate transporter 1

分子名称: Monocarboxylate transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 53.992852 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPPAVGGPVG YTPPDGGWGW AVVIGAFISI GFSYAFPKSI TVFFKEIEGI FHATTSEVSW ISSIMLAVMY GGGPISSILV NKYGSRIVM IVGGCLSGCG LIAASFCNTV QQLYVCIGVI GGLGLAFNLN PALTMIGKYF YKRRPLANGL AMAGSPVFLC T LAPLNQVF ...文字列:
MPPAVGGPVG YTPPDGGWGW AVVIGAFISI GFSYAFPKSI TVFFKEIEGI FHATTSEVSW ISSIMLAVMY GGGPISSILV NKYGSRIVM IVGGCLSGCG LIAASFCNTV QQLYVCIGVI GGLGLAFNLN PALTMIGKYF YKRRPLANGL AMAGSPVFLC T LAPLNQVF FGIFGWRGSF LILGGLLLNC CVAGALMRPI GPKPTKAGKD KSKASLEKAG KSGVKKDLHD ANTDLIGRHP KQ EKRSVFQ TINQFLDLTL FTHRGFLLYL SGNVIMFFGL FAPLVFLSSY GKSQHYSSEK SAFLLSILAF VDMVARPSMG LVA NTKPIR PRIQYFFAAS VVANGVCHML APLSTTYVGF CVYAGFFGFA FGWLSSVLFE TLMDLVGPQR FSSAVGLVTI VECC PVLLG PPLLGRLNDM YGDYKYTYWA CGVVLIISGI YLFIGMGINY RLLAKEQKAN EQKKESKEEE TSIDVAGKPN EVTKA AESP DQKDTDGGPK EEESPV

UniProtKB: Monocarboxylate transporter 1

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分子 #2: Basigin

分子名称: Basigin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.254938 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAAALFVLLG FALLGTHGAS GAAGTVFTTV EDLGSKILLT CSLNDSATEV TGHRWLKGGV VLKEDALPGQ KTEFKVDSDD QWGEYSCVF LPEPMGTANI QLHGPPRVKA VKSSEHINEG ETAMLVCKSE SVPPVTDWAW YKITDSEDKA LMNGSESRFF V SSSQGRSE ...文字列:
MAAALFVLLG FALLGTHGAS GAAGTVFTTV EDLGSKILLT CSLNDSATEV TGHRWLKGGV VLKEDALPGQ KTEFKVDSDD QWGEYSCVF LPEPMGTANI QLHGPPRVKA VKSSEHINEG ETAMLVCKSE SVPPVTDWAW YKITDSEDKA LMNGSESRFF V SSSQGRSE LHIENLNMEA DPGQYRCNGT SSKGSDQAII TLRVRSHLAA LWPFLGIVAE VLVLVTIIFI YEKRRKPEDV LD DDDAGSA PLKSSGQHQN DKGKNVRQRN SS

UniProtKB: Basigin

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分子 #3: 3-methyl-5-[[(4~{R})-4-methyl-4-oxidanyl-1,2-oxazolidin-2-yl]carb...

分子名称: 3-methyl-5-[[(4~{R})-4-methyl-4-oxidanyl-1,2-oxazolidin-2-yl]carbonyl]-6-[[5-methyl-3-(trifluoromethyl)-1~{H}-pyrazol-4-yl]methyl]-1-propan-2-yl-thieno[2,3-d]pyrimidine-2,4-dione
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: EY0
分子量理論値: 515.506 Da
Chemical component information

ChemComp-EY0:
3-methyl-5-[[(4~{R})-4-methyl-4-oxidanyl-1,2-oxazolidin-2-yl]carbonyl]-6-[[5-methyl-3-(trifluoromethyl)-1~{H}-pyrazol-4-yl]methyl]-1-propan-2-yl-thieno[2,3-d]pyrimidine-2,4-dione

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, and 0.02% (w/v) GDN
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 37.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12) / 使用した粒子像数: 1326285
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.07)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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