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- EMDB-2995: Negative stain 3D reconstruction of the yeast 26S proteasome in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2995
タイトルNegative stain 3D reconstruction of the yeast 26S proteasome in complex with ubiquitin-bound Ubp6
マップデータNegative stain 3D reconstruction of yeast 26S holoenzyme in complex with ubiquitin-bound Ubp6
試料
  • 試料: Yeast 26S proteasome in complex with ubiquitin-bound Ubp6
  • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome
  • タンパク質・ペプチド: ubiquitin-bound Ubp6
キーワードProteasome / UPS / Ubp6 / deubiquitinase / regulatory particle
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ERAD pathway / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome regulatory particle / proteasome binding / protein deubiquitination / Ub-specific processing proteases / proteasome complex / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14-like / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Proteasome, subunit alpha/beta / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14-like / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Proteasome, subunit alpha/beta / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin homologues / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.3 Å
データ登録者Bashore C / Dambacher CM / Matyskiela M / Lander GC / Martin A
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Ubp6 deubiquitinase controls conformational dynamics and substrate degradation of the 26S proteasome.
著者: Charlene Bashore / Corey M Dambacher / Ellen A Goodall / Mary E Matyskiela / Gabriel C Lander / Andreas Martin /
要旨: Substrates are targeted for proteasomal degradation through the attachment of ubiquitin chains that need to be removed by proteasomal deubiquitinases before substrate processing. In budding yeast, ...Substrates are targeted for proteasomal degradation through the attachment of ubiquitin chains that need to be removed by proteasomal deubiquitinases before substrate processing. In budding yeast, the deubiquitinase Ubp6 trims ubiquitin chains and affects substrate processing by the proteasome, but the underlying mechanisms and the location of Ubp6 within the holoenzyme have been elusive. Here we show that Ubp6 activity strongly responds to interactions with the base ATPase and the conformational state of the proteasome. Electron microscopy analyses reveal that ubiquitin-bound Ubp6 contacts the N ring and AAA+ ring of the ATPase hexamer and is in proximity to the deubiquitinase Rpn11. Ubiquitin-bound Ubp6 inhibits substrate deubiquitination by Rpn11, stabilizes the substrate-engaged conformation of the proteasome and allosterically interferes with the engagement of a subsequent substrate. Ubp6 may thus act as a ubiquitin-dependent 'timer' to coordinate individual processing steps at the proteasome and modulate substrate degradation.
履歴
登録2015年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年5月27日-
マップ公開2015年8月12日-
更新2015年9月23日-
現状2015年9月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.77
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.77
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2995.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2995.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain 3D reconstruction of yeast 26S holoenzyme in complex with ubiquitin-bound Ubp6
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 192 pix.
= 787.2 Å		4.1 Å/pix.
x 192 pix.
= 787.2 Å		4.1 Å/pix.
x 192 pix.
= 787.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.77 / ムービー #1: 2.77
最小 - 最大-20.705484389999999 - 18.307359699999999
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-96-96-96
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 787.19995 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z787.200787.200787.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-96-96-96
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-20.70518.3070.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yeast 26S proteasome in complex with ubiquitin-bound Ubp6

全体名称: Yeast 26S proteasome in complex with ubiquitin-bound Ubp6
要素
  • 試料: Yeast 26S proteasome in complex with ubiquitin-bound Ubp6
  • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome
  • タンパク質・ペプチド: ubiquitin-bound Ubp6

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超分子 #1000: Yeast 26S proteasome in complex with ubiquitin-bound Ubp6

超分子名称: Yeast 26S proteasome in complex with ubiquitin-bound Ubp6
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse
集合状態: One to two 19S regulatory particles associates with the core particle to form a functional holoenzyme
Number unique components: 2
分子量実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa

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分子 #1: 26S proteasome

分子名称: 26S proteasome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Proteasome Holoenzyme
詳細: 50uM WT Ubp6 protein was reacted with 75uM ubiquitin vinyl sulfone at 37 degrees. Samples of 26S-bound Ubp6-UbVS were then diluted to ~25nM for analysis by negative stain electron microscopy.
コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YYS40 / 別称: Yeast / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa
配列GO: proteasome regulatory particle / InterPro: Proteasome, subunit alpha/beta

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分子 #2: ubiquitin-bound Ubp6

分子名称: ubiquitin-bound Ubp6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Recombinant Ubp6 was purified from E. coli by Ni affinity chromatography and SEC on a superdex 200. Ubp6-UbVS was made by incubating 75uM UbVS with 50uM Ubp6 at 37 degrees C for 7 hours. Ubp6- ...詳細: Recombinant Ubp6 was purified from E. coli by Ni affinity chromatography and SEC on a superdex 200. Ubp6-UbVS was made by incubating 75uM UbVS with 50uM Ubp6 at 37 degrees C for 7 hours. Ubp6-UbVS was added to holoenzymes at a 2:1 ratio and exchanged into 1mM ATPgS.
コピー数: 2 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast
分子量実験値: 65 KDa / 理論値: 65 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列UniProtKB: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 6

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
詳細: 60mM HEPES pH 7.6, 50mM NaCl, 50mM KCl, 5mM MgCl2, 0.5mM EDTA, 1mM TCEP, 1mM ATPgS
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: 4 microliters of sample was applied to a freshly plasma-cleaned thin carbon surface pre-treated with 0.1% w/v poly-L-lysine hydrobromide. After removal of excess protein, negative staining ...詳細: 4 microliters of sample was applied to a freshly plasma-cleaned thin carbon surface pre-treated with 0.1% w/v poly-L-lysine hydrobromide. After removal of excess protein, negative staining was performed using 2% w/v uranyl formate solution.
グリッド詳細: 400 mesh Cu-Rh Maxtaform grids were used following deposition of a thin continuous carbon film
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
温度最低: 294 K / 最高: 297 K / 平均: 295 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected using a quadrupole stigmator at 52,000 times magnification
日付2014年10月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 2.5 µm / 実像数: 357 / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: Automated imaging was performed using Leginon software
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダー: Room temperature, side entry holder / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細All image processing leading up to 3D reconstruction was performed using the Appion package. Particles were selected using the Difference of Gaussians (DoG)-based automated particle picker from raw micrographs. The stack of particles was subjected to five iterations of 2D alignment and classification using multivariate statistical analysis (MSA) and multi-reference alignment (MRA). Selected 2D classes were used to generate a sub-stack that was subjected to twenty five iterations of 3D classification, requesting four classes using the Relion suite. Particles belonging to well-resolved 3D classes were used for further refinement by projection matching in Relion.
CTF補正詳細: Phase flipping of whole micrographs
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion
詳細: Final 3D models were refined using 12000 particles selected by combining two 3D classes from Relion processing
使用した粒子像数: 18565
最終 2次元分類クラス数: 4

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4cr4

ソフトウェア名称: Chimera
詳細An atomic model of yeast Ub-bound Ubp6 was constructed by superimposing the yeast Ubp6 crystal structure PDB 1VJV onto the stucture of the human Rsp14 structure bound to Ubiquitin PDB 2AYO, using the UCSF Chimera MatchMaker tool. These structures have high homology, and the resulting hybrid structure did not exhibit any clashes between the Ubiquitin and Ubp6. This Ubp6-Ub model was docked into the density putatively corresponding to Ubp6. PDB 4CR4 was used for docking other 26S core, base and lid subunits into the map, with the exception of the Rpn8-Rpn11 dimer, for which PDB 4O8Y was used. All docking of PDB structures was performed using the Fit in Map tool of UCSF Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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