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万見
- EMDB-2992: Structure of a pre-catalytic retroviral Intasome bound to a human... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2992
タイトルStructure of a pre-catalytic retroviral Intasome bound to a human nucleosome
マップデータReconstruction of a pre-catalytic Intasome/Nucleosome complex
試料
  • 試料: PFV intasome in complex with D02 nucleosome
  • タンパク質・ペプチド: Intasome
  • タンパク質・ペプチド: Nucleosome
  • DNA: DNA
キーワードretroviral integration / integrase / nucleosome
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / DNA integration / virion component / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity ...ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / DNA integration / virion component / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / proteolysis / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase ...Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å
データ登録者Renault L / Maskell D / Cherepanov P / Costa A
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structural basis for retroviral integration into nucleosomes.
著者: Daniel P Maskell / Ludovic Renault / Erik Serrao / Paul Lesbats / Rishi Matadeen / Stephen Hare / Dirk Lindemann / Alan N Engelman / Alessandro Costa / Peter Cherepanov /
要旨: Retroviral integration is catalysed by a tetramer of integrase (IN) assembled on viral DNA ends in a stable complex, known as the intasome. How the intasome interfaces with chromosomal DNA, which ...Retroviral integration is catalysed by a tetramer of integrase (IN) assembled on viral DNA ends in a stable complex, known as the intasome. How the intasome interfaces with chromosomal DNA, which exists in the form of nucleosomal arrays, is currently unknown. Here we show that the prototype foamy virus (PFV) intasome is proficient at stable capture of nucleosomes as targets for integration. Single-particle cryo-electron microscopy reveals a multivalent intasome-nucleosome interface involving both gyres of nucleosomal DNA and one H2A-H2B heterodimer. While the histone octamer remains intact, the DNA is lifted from the surface of the H2A-H2B heterodimer to allow integration at strongly preferred superhelix location ±3.5 positions. Amino acid substitutions disrupting these contacts impinge on the ability of the intasome to engage nucleosomes in vitro and redistribute viral integration sites on the genomic scale. Our findings elucidate the molecular basis for nucleosome capture by the viral DNA recombination machinery and the underlying nucleosome plasticity that allows integration.
履歴
登録2015年5月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年5月27日-
マップ公開2015年6月17日-
更新2015年7月15日-
現状2015年7月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2992.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2992.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of a pre-catalytic Intasome/Nucleosome complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 196 pix.
= 258.72 Å		1.32 Å/pix.
x 196 pix.
= 258.72 Å		1.32 Å/pix.
x 196 pix.
= 258.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.45667186 - 0.62969732
平均 (標準偏差)0.00332227 (±0.02546307)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 258.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z196196196
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z258.720258.720258.720
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS196196196
D min/max/mean-0.4570.6300.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PFV intasome in complex with D02 nucleosome

全体名称: PFV intasome in complex with D02 nucleosome
要素
  • 試料: PFV intasome in complex with D02 nucleosome
  • タンパク質・ペプチド: Intasome
  • タンパク質・ペプチド: Nucleosome
  • DNA: DNA

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超分子 #1000: PFV intasome in complex with D02 nucleosome

超分子名称: PFV intasome in complex with D02 nucleosome / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3
分子量実験値: 390 KDa / 理論値: 390 KDa

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分子 #1: Intasome

分子名称: Intasome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1
集合状態: Heterodimer of 2 Nucleoprotein complexes (Intasome: 4 proteins + two 19bp DNA, Nucleosome: 8 proteins + 145bp DNA)
組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 399 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET
配列UniProtKB: Pro-Pol polyprotein

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分子 #2: Nucleosome

分子名称: Nucleosome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1
集合状態: Heterodimer of 2 Nucleoprotein complexes (Intasome: 4 proteins + two 19bp DNA, Nucleosome: 8 proteins + 145bp DNA)
組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pet

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分子 #3: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 3 / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.45 / 詳細: 320 mM NaCl, 25 mM BisTris propane-HCl
グリッド詳細: 400 mesh C-flat copper grids CF-1/1
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 101 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
手法: The sample was incubated for 1 minute on the grid and blotted for 3.8 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2013年10月8日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 932 / 平均電子線量: 40 e/Å2 / ビット/ピクセル: 32
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 104500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were picked in Xmipp 3.0; Contrast Transfer Function was estimated using CTFFIND3. All further processing was performed within the RELION 1.2 environment.
CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 53887
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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