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- EMDB-29889: Tetramer core subcomplex (conformation 2) of Xenopus laevis DNA p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29889
タイトルTetramer core subcomplex (conformation 2) of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
マップデータTetramer core subcomplex (conformation 2) of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
試料
  • 複合体: Polymerase alpha-primase
    • 複合体: Polymerase alpha
      • タンパク質・ペプチド: POLA1
      • タンパク質・ペプチド: POLA2
    • 複合体: Primase
      • タンパク質・ペプチド: PRIM2
      • タンパク質・ペプチド: PRIM1
キーワードPrimase / DNA polymerase / chimeric RNA-DNA primer / RNA/DNA hybrid / DNA replication / DNA synthesis / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha DNA polymerase:primase complex / DNA primase activity / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / lagging strand elongation / mitotic DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / leading strand elongation / DNA replication initiation / DNA-directed RNA polymerase complex ...alpha DNA polymerase:primase complex / DNA primase activity / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / lagging strand elongation / mitotic DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / leading strand elongation / DNA replication initiation / DNA-directed RNA polymerase complex / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear matrix / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nuclear envelope / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / chromatin binding / chromatin / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal domain superfamily / : / DNA polymerase alpha subunit B, OB domain / DNA polymerase alpha subunit B N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit ...DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal domain superfamily / : / DNA polymerase alpha subunit B, OB domain / DNA polymerase alpha subunit B N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / DNA polymerase alpha catalytic subunit, N-terminal domain / DNA polymerase alpha, zinc finger domain superfamily / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit / DNA Polymerase alpha zinc finger / DNA polymerase alpha subunit p180 N terminal / Zinc finger, DNA-directed DNA polymerase, family B, alpha / DNA polymerase alpha catalytic subunit, catalytic domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA primase large subunit / DNA polymerase alpha subunit B / DNA primase / DNA polymerase alpha catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Mullins EA / Chazin WJ / Eichman BF
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136401 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118089 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA92584 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: A mechanistic model of primer synthesis from catalytic structures of DNA polymerase α-primase.
著者: Elwood A Mullins / Lauren E Salay / Clarissa L Durie / Noah P Bradley / Jane E Jackman / Melanie D Ohi / Walter J Chazin / Brandt F Eichman
要旨: The mechanism by which polymerase α-primase (polα-primase) synthesizes chimeric RNA-DNA primers of defined length and composition, necessary for replication fidelity and genome stability, is ...The mechanism by which polymerase α-primase (polα-primase) synthesizes chimeric RNA-DNA primers of defined length and composition, necessary for replication fidelity and genome stability, is unknown. Here, we report cryo-EM structures of polα-primase in complex with primed templates representing various stages of DNA synthesis. Our data show how interaction of the primase regulatory subunit with the primer 5'-end facilitates handoff of the primer to polα and increases polα processivity, thereby regulating both RNA and DNA composition. The structures detail how flexibility within the heterotetramer enables synthesis across two active sites and provide evidence that termination of DNA synthesis is facilitated by reduction of polα and primase affinities for the varied conformations along the chimeric primer/template duplex. Together, these findings elucidate a critical catalytic step in replication initiation and provide a comprehensive model for primer synthesis by polα-primase.
履歴
登録2023年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月12日-
マップ公開2023年4月12日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29889.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29889.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tetramer core subcomplex (conformation 2) of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.64 Å/pix.
x 200 pix.
= 328. Å		1.64 Å/pix.
x 200 pix.
= 328. Å		1.64 Å/pix.
x 200 pix.
= 328. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.64 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.78159064 - 3.4145653
平均 (標準偏差)-0.0037650594 (±0.06927763)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Tetramer core subcomplex (conformation 2) of Xenopus laevis...

ファイルemd_29889_half_map_1.map
注釈Tetramer core subcomplex (conformation 2) of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase (half 1)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Tetramer core subcomplex (conformation 2) of Xenopus laevis...

ファイルemd_29889_half_map_2.map
注釈Tetramer core subcomplex (conformation 2) of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase (half 2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Polymerase alpha-primase

全体名称: Polymerase alpha-primase
要素
  • 複合体: Polymerase alpha-primase
    • 複合体: Polymerase alpha
      • タンパク質・ペプチド: POLA1
      • タンパク質・ペプチド: POLA2
    • 複合体: Primase
      • タンパク質・ペプチド: PRIM2
      • タンパク質・ペプチド: PRIM1

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超分子 #1: Polymerase alpha-primase

超分子名称: Polymerase alpha-primase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Heterotetrameric protein complex
分子量理論値: 300 KDa

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超分子 #2: Polymerase alpha

超分子名称: Polymerase alpha / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: Heterodimer consisting of POLA1 and POLA2
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 200 KDa

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超分子 #3: Primase

超分子名称: Primase / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 / 詳細: Heterodimer consisting of PRIM1 and PRIM2
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: POLA1

分子名称: POLA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: SNAADGSQVF RFYWLDAYED QYSQPGVVYL FGKVWIESAD AYVSCCVSVK NIERTVYLLP RENRVQLSTG KDTGAPVSMM HVYQEFNEAV AEKYKIMKFK SKKVDKDYAF EIPDVPASSE YLEVRYSADS PQLPQDLKGE TFSHVFGTNT SSLELFLLSR KIKGPSWLEI ...文字列:
SNAADGSQVF RFYWLDAYED QYSQPGVVYL FGKVWIESAD AYVSCCVSVK NIERTVYLLP RENRVQLSTG KDTGAPVSMM HVYQEFNEAV AEKYKIMKFK SKKVDKDYAF EIPDVPASSE YLEVRYSADS PQLPQDLKGE TFSHVFGTNT SSLELFLLSR KIKGPSWLEI KSPQLSSQPM SWCKVEAVVT RPDQVSVVKD LAPPPVVVLS LSMKTVQNAK THQNEIVAIA ALVHHTFPLD KAPPQPPFQT HFCVLSKLND CIFPYDYNEA VKQKNANIEI ALTERTLLGF FLAKIHKIDP DVIVGHDIYG FDLEVLLQRI NSCKVPFWSK IGRLRRSVMP KLGGRSGFAE RNAACGRIIC DIEISAKELI RCKSYHLSEL VHQILKAERV VIPPENIRNA YNDSVHLLYM LENTWIDAKF ILQIMCELNV LPLALQITNI AGNVMSRTLM GGRSERNEYL LLHAFTENNF IVPDKPVFKK MQQTTVEDND DMGTDQNKNK SRKKAAYAGG LVLEPKVGFY DKFILLLDFN SLYPSIIQEY NICFTTVHRE APSTQKGEDQ DEIPELPHSD LEMGILPREI RKLVERRRHV KQLMKQPDLN PDLYLQYDIR QKALKLTANS MYGCLGFSYS RFYAKPLAAL VTHQGREILL HTKEMVQKMN LEVIYGDTDS IMINTNCNNL EEVFKLGNRV KSEINKSYKL LEIDIDGIFK SLLLLKKKKY AALTVEPTGD GKYVTKQELK GLDIVRRDWC ELAKQAGNYV ISQILSDQPR DSIVENIQKK LTEIGENVTN GTVPITQYEI NKALTKDPQD YPDKKSLPHV HVALWINSQG GRKVKAGDTI SYVICQDGSN LSASQRAYAQ EQLQKQENLS IDTQYYLSQQ VHPVVARICE PIDGIDSALI AMWLGLDPSQ FRAHRHYQQD EENDALLGGP SQLTDEEKYR DCERFKFFCP KCGTENIYDN VFDGSGLQIE PGLKRCSKPE CDASPLDYVI QVHNKLLLDI RRYIKKYYSG WLVCEEKTCQ NRTRRLPLSF SRNGPICQAC SKATLRSEYP EKALYTQLCF YRFIFDWDYA LEKVVSEQER GHLKKKLFQE SENQYKKLKS TVDQVLSRSG YSEVNLSKLF QTLNTIK

UniProtKB: DNA polymerase alpha catalytic subunit

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分子 #2: POLA2

分子名称: POLA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: SNAMSVSAKS IAEELKVFDV NFEDEEVPEK MVELCTVHRL KEEDMVNEWM AFSTTRNLPL TVGNLNLLEH EVLNKKSARP RPSLKKEKHC GNRDFNTIQE LIEVETAEEN LLDSYATPAK GSQKRNLSTP EHPQSKRILS INRSPHVLFS PTSFSPSATP SQKYGSRTNR ...文字列:
SNAMSVSAKS IAEELKVFDV NFEDEEVPEK MVELCTVHRL KEEDMVNEWM AFSTTRNLPL TVGNLNLLEH EVLNKKSARP RPSLKKEKHC GNRDFNTIQE LIEVETAEEN LLDSYATPAK GSQKRNLSTP EHPQSKRILS INRSPHVLFS PTSFSPSATP SQKYGSRTNR GEVVTTYGEL QGTTWNGGSG SNTNVELFTS LDEPLTKMYK FMFQKLMDIR EVVSIKIEEL GASLKDHFQI DEFTSVSLPA QETVTVLGQI GCDSNGKLNS KSVILEGDRE HSAGMQVPVD LSELKDYSLF PGQVVIMEGT NSTGRRFVPT KLYEGVPLPF HQPSKEFEEC PQQMVITACG PFTTSDTITY DALKDLIDIV NRDRPDICIL LGPFLDAKHE QIENLQLTVT FEDVFKRCLK MIIEGTRPSG CHLVIVPSLR DVHHDPVYPQ PPFSCFEPAK EDKERVHFVA DPCTLSVNGV VIGMTSTDLL FHMGAEEISS SAGAPDRFSR ILRHILTQRS YYPLYPPNEE INIDYEALYS YTPMPVTPDV FIVPSELRYF IKDVTGCICI NPGRLTKGLV GGTYARFLVK SGAMGSEGKR STCISAQVVR V

UniProtKB: DNA polymerase alpha subunit B

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分子 #3: PRIM2

分子名称: PRIM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: MLFSRDRKYR HNTRLTGDRK GDLYPSSLQF YQHPPTENIS LIEFETFAIE RLKLLKAVEN LGVSYVKNSE EYSKKLELEL RKLKFPYRPL HEEISDDVYD LRRKDHISHF ILRLAYCQSE DLRRWFIQQE MDLFKFRFGL LTKESVQEFL KLNDLQYVAI SEDEKNMHKE ...文字列:
MLFSRDRKYR HNTRLTGDRK GDLYPSSLQF YQHPPTENIS LIEFETFAIE RLKLLKAVEN LGVSYVKNSE EYSKKLELEL RKLKFPYRPL HEEISDDVYD LRRKDHISHF ILRLAYCQSE DLRRWFIQQE MDLFKFRFGL LTKESVQEFL KLNDLQYVAI SEDEKNMHKE DLMNSSFGLS LTKMEDTEFY KVPFQAALDL VRPRKVFLWR GFAFIPHKDI VSIVLNDFRA KLSKALALSA RSLPVVQSDE RLQPLLNHLS HSYIGQDFSS QSNTGKISLE QIDGFAAKSF PLCMRQLHKS LRENHHLRHG GRMQYGLFLK GIGLTLEQAL QFWRLEFTKG KVDSEKFDKV YAYSIRHNYG KEGKRTDYTP YSCMKVILSN PPSQGDYHGC PFRHSDPELL KQKLQSFKVP SSGINQILEL VKGMHYQLAC QKYFELTHSV DDCGFSLNHP NQYFAESQKL LTGSREIKKE QTARDSPAVT ASQLSSSSSS ASIPKSQSSA PEMEDLEQIF SEY

UniProtKB: DNA primase large subunit

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分子 #4: PRIM1

分子名称: PRIM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: GPHMDLSVYD PASLPDVLPL YYRRLFPFYQ YFRWLNYGGV VKNYFQHREF SFTLKDDVYV RYQSFNNQSE LEKEMQKMCP YKIDIGAVYS HRPSLHNTVK SGTFQAQEKE LVFDIDMTDY DDVRRCCSSA DICPKCWTLM TIAVRILDRA LAEDFGFKHR LWVYSGRRGV ...文字列:
GPHMDLSVYD PASLPDVLPL YYRRLFPFYQ YFRWLNYGGV VKNYFQHREF SFTLKDDVYV RYQSFNNQSE LEKEMQKMCP YKIDIGAVYS HRPSLHNTVK SGTFQAQEKE LVFDIDMTDY DDVRRCCSSA DICPKCWTLM TIAVRILDRA LAEDFGFKHR LWVYSGRRGV HCWVCDDSAR KLSQAERSAV AEYLSVVKGG EETIKKVQLP ETIHPFIGKS LKMVERYFEK YALVDQDILE NKQCWDKVIA LVPEVARESL LREFSKARSS VERWDKLSSC LEATGKDFRR YSNIPKEIML QFCYPRLDVN VSKGLNHLLK SPFSVHPKTG RISVPIDCKK LDQFDPFSVP TISLICSELD NVSKKEEDED SAGEGEPEAK KRTRDYKRTS LAPYIKVFEQ FLDKLDQSRK GELLNKSDLK KEF

UniProtKB: DNA primase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17820 / 平均電子線量: 54.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 23007566
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 80155
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8g9f


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8v5n:
Tetramer core subcomplex (conformation 2) of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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