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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29870 | |||||||||
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タイトル | Human IMPDH2 mutant - L245P, treated with GTP, ATP, IMP, and NAD+; bent filament segment reconstruction | |||||||||
マップデータ | Map from PHENIX density modification. Used to build model. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Filament / Dehydrogenase / CBS domain / Bateman domain / purine biosynthesis / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | O'Neill AG / Kollman JM | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J Comput Chem / 年: 2004 タイトル: UCSF Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis. 著者: Eric F Pettersen / Thomas D Goddard / Conrad C Huang / Gregory S Couch / Daniel M Greenblatt / Elaine C Meng / Thomas E Ferrin / 要旨: The design, implementation, and capabilities of an extensible visualization system, UCSF Chimera, are discussed. Chimera is segmented into a core that provides basic services and visualization, and ...The design, implementation, and capabilities of an extensible visualization system, UCSF Chimera, are discussed. Chimera is segmented into a core that provides basic services and visualization, and extensions that provide most higher level functionality. This architecture ensures that the extension mechanism satisfies the demands of outside developers who wish to incorporate new features. Two unusual extensions are presented: Multiscale, which adds the ability to visualize large-scale molecular assemblies such as viral coats, and Collaboratory, which allows researchers to share a Chimera session interactively despite being at separate locales. Other extensions include Multalign Viewer, for showing multiple sequence alignments and associated structures; ViewDock, for screening docked ligand orientations; Movie, for replaying molecular dynamics trajectories; and Volume Viewer, for display and analysis of volumetric data. A discussion of the usage of Chimera in real-world situations is given, along with anticipated future directions. Chimera includes full user documentation, is free to academic and nonprofit users, and is available for Microsoft Windows, Linux, Apple Mac OS X, SGI IRIX, and HP Tru64 Unix from http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29870.map.gz | 17.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29870-v30.xml emd-29870.xml | 31.6 KB 31.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_29870.png | 114.6 KB | ||
マスクデータ | emd_29870_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_29870_additional_1.map.gz emd_29870_half_map_1.map.gz emd_29870_half_map_2.map.gz | 225.1 MB 194.2 MB 194.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29870 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29870 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29870_validation.pdf.gz | 890.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29870_full_validation.pdf.gz | 889.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29870_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29870_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29870 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29870 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29870.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map from PHENIX density modification. Used to build model. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.843 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_29870_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map from Relion Postprocessing.
ファイル | emd_29870_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Map from Relion Postprocessing. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29870_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29870_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Filament of Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2 - L245P muta...
全体 | 名称: Filament of Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2 - L245P mutant, bound to GTP, ATP, IMP, and NAD+ |
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要素 |
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-超分子 #1: Filament of Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2 - L245P muta...
超分子 | 名称: Filament of Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2 - L245P mutant, bound to GTP, ATP, IMP, and NAD+ タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: 5 uM enzyme was mixed with 20 mM GTP, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 3 mM IMP, and 5 mM NAD+. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE 2
分子 | 名称: INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: IMP dehydrogenase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SEFELMADYL ISGGTSYVPD DGLTAQQLFN CGDGLTYNDF LILPGYIDFT ADQVDLTSAL TKKITLKTPL VSSPMDTVTE AGMAIAMAL TGGIGFIHHN CTPEFQANEV RKVKKYEQGF ITDPVVLSPK DRVRDVFEAK ARHGFCGIPI TDTGRMGSRL V GIISSRDI ...文字列: SEFELMADYL ISGGTSYVPD DGLTAQQLFN CGDGLTYNDF LILPGYIDFT ADQVDLTSAL TKKITLKTPL VSSPMDTVTE AGMAIAMAL TGGIGFIHHN CTPEFQANEV RKVKKYEQGF ITDPVVLSPK DRVRDVFEAK ARHGFCGIPI TDTGRMGSRL V GIISSRDI DFLKEEEHDC FLEEIMTKRE DLVVAPAGIT LKEANEILQR SKKGKLPIVN EDDELVAIIA RTDLKKNRDY PL ASKDAKK QLPCGAAIGT HEDDKYRLDL LAQAGVDVVV LDSSQGNSIF QINMIKYIKD KYPNLQVIGG NVVTAAQAKN LID AGVDAL RVGMGSGSIC ITQEVLACGR PQATAVYKVS EYARRFGVPV IADGGIQNVG HIAKALALGA STVMMGSLLA ATTE APGEY FFSDGIRLKK YRGMGSLDAM DKHLSSQNRY FSEADKIKVA QGVSGAVQDK GSIHKFVPYL IAGIQHSCQD IGAKS LTQV RAMMYSGELK FEKRTSSAQV EGGVHSLHSY EKRLF |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 2967 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.28 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.74 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |