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万見
- EMDB-2973: electron crystallographic structure of lens Aquaporin-0 (AQP0) (l... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2973
タイトルelectron crystallographic structure of lens Aquaporin-0 (AQP0) (lens MIP) at 1.9A resolution, in a closed pore state
マップデータcomplete unit cell. AQP0 2Fo-Fc map
試料
  • 試料: Mammalian Aquaporin-0 (Sheep)
  • タンパク質・ペプチド: Aquaporin-0
キーワードAquaporin-0 / electron crystallography / membrane channel
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion mediator activity / maintenance of lens transparency / homotypic cell-cell adhesion / gap junction-mediated intercellular transport / water transport / water channel activity / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / anchoring junction / visual perception ...cell adhesion mediator activity / maintenance of lens transparency / homotypic cell-cell adhesion / gap junction-mediated intercellular transport / water transport / water channel activity / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / anchoring junction / visual perception / calmodulin binding / apical plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Lens fiber major intrinsic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gonen T / Cheng Y / Sliz P / Hiroaki Y / Fujiyoshi Y / Harrison SC / Walz T
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Lipid-protein interactions in double-layered two-dimensional AQP0 crystals.
著者: Tamir Gonen / Yifan Cheng / Piotr Sliz / Yoko Hiroaki / Yoshinori Fujiyoshi / Stephen C Harrison / Thomas Walz /
要旨: Lens-specific aquaporin-0 (AQP0) functions as a specific water pore and forms the thin junctions between fibre cells. Here we describe a 1.9 A resolution structure of junctional AQP0, determined by ...Lens-specific aquaporin-0 (AQP0) functions as a specific water pore and forms the thin junctions between fibre cells. Here we describe a 1.9 A resolution structure of junctional AQP0, determined by electron crystallography of double-layered two-dimensional crystals. Comparison of junctional and non-junctional AQP0 structures shows that junction formation depends on a conformational switch in an extracellular loop, which may result from cleavage of the cytoplasmic amino and carboxy termini. In the centre of the water pathway, the closed pore in junctional AQP0 retains only three water molecules, which are too widely spaced to form hydrogen bonds with each other. Packing interactions between AQP0 tetramers in the crystalline array are mediated by lipid molecules, which assume preferred conformations. We were therefore able to build an atomic model for the lipid bilayer surrounding the AQP0 tetramers, and we describe lipid-protein interactions.
履歴
登録2015年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月15日-
マップ公開2015年4月15日-
更新2015年4月15日-
現状2015年4月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2b6o
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2b6o
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2973.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2973.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈complete unit cell. AQP0 2Fo-Fc map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.46 Å/pix.
x 144 pix.
= 66.499 Å		0.46 Å/pix.
x 144 pix.
= 66.499 Å		0.44 Å/pix.
x 360 pix.
= 159.984 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 0.4618 Å / Y: 0.4618 Å / Z: 0.4444 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-5.73697138 - 7.43581915
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 89
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ144360144
Spacing144144360
セルA: 66.4992 Å / B: 66.4992 Å / C: 159.98401 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.461798611111110.461798611111110.4444
M x/y/z144144360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z66.49966.499159.984
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ144144360
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360144144
D min/max/mean-5.7377.4360.000

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添付データ

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セグメンテーションマップ: 2Fo-Fc map of AQP0 determined by electron crystallography...

注釈2Fo-Fc map of AQP0 determined by electron crystallography - asymmetric unit only
ファイルemd_2973_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mammalian Aquaporin-0 (Sheep)

全体名称: Mammalian Aquaporin-0 (Sheep)
要素
  • 試料: Mammalian Aquaporin-0 (Sheep)
  • タンパク質・ペプチド: Aquaporin-0

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超分子 #1000: Mammalian Aquaporin-0 (Sheep)

超分子名称: Mammalian Aquaporin-0 (Sheep) / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: two tetramers / Number unique components: 1
分子量実験値: 120 KDa / 理論値: 120 KDa / 手法: SDS PAGE

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分子 #1: Aquaporin-0

分子名称: Aquaporin-0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Lens MIP, MP26 / コピー数: 8 / 集合状態: two tetramers / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 別称: Sheep / 組織: eye lens / 細胞: lens fiber cells / 細胞中の位置: plasma membrane
分子量実験値: 120 KDa / 理論値: 120 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Tris pH 8, 150mM NaCl, 25mM MgCl2
グリッド詳細: Mo hexagonal grids
凍結凍結剤: HELIUM / チャンバー内温度: 4 K / 装置: OTHER
詳細dialysis into 2d sheets
結晶化詳細: dialysis into 2d sheets

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
温度最低: 4 K / 最高: 30 K / 平均: 8 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: omega filter JEOL
日付2004年10月9日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 286 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / カメラ長: 1500
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 1.2 mm
試料ステージ試料ホルダー: Helium Cooled / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / Tilt angle max: 70 / Tilt series - Axis1 - Min angle: 0 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 70 °

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画像解析

詳細Data was processed in XDP. Model building in O and refinement in CNS.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.9 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 詳細: This submission corresponds to the PDB entry 2B6O.
結晶パラメータ単位格子 - A: 65.5 Å / 単位格子 - B: 65.5 Å / 単位格子 - C: 160 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90.0 ° / 単位格子 - β: 90.0 ° / 面群: P 4 2 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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