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- EMDB-29489: Dimeric form of HIV-1 Vif in complex with human CBF-beta, ELOB, E... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29489
タイトルDimeric form of HIV-1 Vif in complex with human CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5
マップデータ
試料
  • 複合体: Dimeric form of HIV-1 Vif in complex with human CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5
    • タンパク質・ペプチド: Core-binding factor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Virion infectivity factor
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Cullin-5
  • リガンド: ZINC ION
キーワードvirus-host protein complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / lymphocyte differentiation ...RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / lymphocyte differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / ERBB2 signaling pathway / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / Transcriptional regulation by RUNX2 / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / reelin-mediated signaling pathway / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / myeloid cell differentiation / target-directed miRNA degradation / elongin complex / regulation of neuron migration / definitive hemopoiesis / protein K11-linked ubiquitination / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / SCF ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / ubiquitin ligase complex scaffold activity / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / site of DNA damage / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RUNX3 regulates p14-ARF / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cell maturation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / viral life cycle / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / intrinsic apoptotic signaling pathway / transcription corepressor binding / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Regulation of RUNX3 expression and activity / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / G1/S transition of mitotic cell cycle / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Downregulation of ERBB2 signaling / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / calcium channel activity / virion component / Regulation of RUNX2 expression and activity / Transcriptional regulation of granulopoiesis / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / osteoblast differentiation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / signaling receptor activity / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription by RNA polymerase II / host cell cytoplasm / transcription coactivator activity / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / host cell plasma membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain ...Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Elongin-C / Elongin B / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Virion infectivity factor / Core-binding factor subunit beta / Elongin-C / Elongin-B / Cullin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Ito F / Alvarez-Cabrera AL / Zhou ZH / Chen XS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI150524 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of HIV-1 Vif-mediated E3 ligase targeting of host APOBEC3H.
著者: Ito F / Alvarez-Cabrera AL / Kim K / Zhou ZH / Chen XS
履歴
登録2023年1月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月6日-
マップ公開2023年9月6日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29489.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.51 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.2225972 - 0.32299668
平均 (標準偏差)-0.000116760304 (±0.004323017)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 367.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Dimeric form of HIV-1 Vif in complex with human CBF-beta, ELOB, E...

全体名称: Dimeric form of HIV-1 Vif in complex with human CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5
要素
  • 複合体: Dimeric form of HIV-1 Vif in complex with human CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5
    • タンパク質・ペプチド: Core-binding factor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Virion infectivity factor
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Cullin-5
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Dimeric form of HIV-1 Vif in complex with human CBF-beta, ELOB, E...

超分子名称: Dimeric form of HIV-1 Vif in complex with human CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 198 KDa

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分子 #1: Core-binding factor subunit beta

分子名称: Core-binding factor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.643814 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPRVVPDQRS KFENEEFFRK LSRECEIKYT GFRDRPHEER QARFQNACRD GRSEIAFVAT GTNLSLQFFP ASWQGEQRQT PSREYVDLE REAGKVYLKA PMILNGVCVI WKGWIDLQRL DGMGCLEFDE ERAQQEDALA QQAFEEARRR TREFEDRD

UniProtKB: Core-binding factor subunit beta

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分子 #2: Virion infectivity factor

分子名称: Virion infectivity factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: pNL4-3
分子量理論値: 21.160451 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPMENRWQVM IVWQVDRMRI NTWKRLVKHH MYISRKAKDW FYRHHYESTH PKISSEVHIP LGDAKLVITT YWGLHTGERD WHLGQGVSI EWRKKRYSTQ VDPDLADQLI HLHYFDCFSE SAIRNTILGR IVSPRCEYQA GHNKVGSLQY LALAALIKPK Q IKPPLPSV RKLTEDRWNK

UniProtKB: Virion infectivity factor

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分子 #3: Elongin-B

分子名称: Elongin-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.48803 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MDVFLMIRRH KTTIFTDAKE SSTVFELKRI VEGILKRPPD EQRLYKDDQL LDDGKTLGEC GFTSQTARPQ APATVGLAFR ADDTFEALC IEPFSSPPEL PDV

UniProtKB: Elongin-B

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分子 #4: Elongin-C

分子名称: Elongin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.84342 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MYVKLISSDG HEFIVKREHA LTSGTIKAML SGPGQFAENE TNEVNFREIP SHVLSKVCMY FTYKVRYTNS STEIPEFPIA PEIALELLM AANFLDC

UniProtKB: Elongin-C

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分子 #5: Cullin-5

分子名称: Cullin-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.61398 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPAGSSLQFE DKWDFMRPIV LKLLRQESVT KQQWFDLFSD VHAVCLWDDK GPAKIHQALK EDILEFIKQA QARVLSHQDD TALLKAYIV EWRKFFTQCD ILPKPFCQLE ITLMGKQGSN KKSNVEDSIV RKLMLDTWNE SIFSNIKNRL QDSAMKLVHA E RLGEAFDS ...文字列:
GPAGSSLQFE DKWDFMRPIV LKLLRQESVT KQQWFDLFSD VHAVCLWDDK GPAKIHQALK EDILEFIKQA QARVLSHQDD TALLKAYIV EWRKFFTQCD ILPKPFCQLE ITLMGKQGSN KKSNVEDSIV RKLMLDTWNE SIFSNIKNRL QDSAMKLVHA E RLGEAFDS QLVIGVRESY VNLCSNPEDK LQIYRDNFEK AYLDSTERFY RTQAPSYLQQ NGVQNYMKYA DAKLKEEEKR AL RYLETRR ECNSVEALME CCVNALVTSF KETILAECQG MIKRNETEKL HLMFSLMDKV PNGIEPMLKD LEEHIIS

UniProtKB: Cullin-5

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14725 / 平均露光時間: 3.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3637921
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Generated by stochastic gradient descent using ab intio reconstruction in cryoSPARC.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 46234
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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