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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2941
タイトルStructural characterization of the Olfactomedin-1 disulfide-linked tetramer
マップデータSubtomogram of an Olfactomedin-1 tetramer
試料
  • 試料: Olfactomedin-1 disulfide-linked tetramer
  • 細胞器官・細胞要素: Olfactomedin-1
キーワードOlfactomedin-1 (Olfm1) / neurobiology / tetramer / X-ray crystallography / small-angle X-ray scattering (SAXS) / electron tomography / analytical ultracentrifugation (AUC) / coiled coil / calcium / disulfide
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法
データ登録者Sharp TH / Pronker MF / Bos TG / Thies-Weesie DM / Janssen BJC
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2015
タイトル: Olfactomedin-1 Has a V-shaped Disulfide-linked Tetrameric Structure.
著者: Matti F Pronker / Trusanne G A A Bos / Thomas H Sharp / Dominique M E Thies-Weesie / Bert J C Janssen /
要旨: Olfactomedin-1 (Olfm1; also known as noelin and pancortin) is a member of the olfactomedin domain-containing superfamily and a highly expressed neuronal glycoprotein important for nervous system ...Olfactomedin-1 (Olfm1; also known as noelin and pancortin) is a member of the olfactomedin domain-containing superfamily and a highly expressed neuronal glycoprotein important for nervous system development. It binds a number of secreted proteins and cell surface-bound receptors to induce cell signaling processes. Using a combined approach of x-ray crystallography, solution scattering, analytical ultracentrifugation, and electron microscopy we determined that full-length Olfm1 forms disulfide-linked tetramers with a distinctive V-shaped architecture. The base of the "V" is formed by two disulfide-linked dimeric N-terminal domains. Each of the two V legs consists of a parallel dimeric disulfide-linked coiled coil with a C-terminal β-propeller dimer at the tips. This agrees with our crystal structure of a C-terminal coiled-coil segment and β-propeller combination (Olfm1(coil-Olf)) that reveals a disulfide-linked dimeric arrangement with the β-propeller top faces in an outward exposed orientation. Similar to its family member myocilin, Olfm1 is stabilized by calcium. The dimer-of-dimers architecture suggests a role for Olfm1 in clustering receptors to regulate signaling and sheds light on the conformation of several other olfactomedin domain family members.
履歴
登録2015年3月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月1日-
マップ公開2015年11月18日-
更新2015年11月25日-
現状2015年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

2941.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2941.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram of an Olfactomedin-1 tetramer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.57 Å/pix.
x 100 pix.
= 457. Å		4.57 Å/pix.
x 100 pix.
= 457. Å		4.57 Å/pix.
x 100 pix.
= 457. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.57 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-5.71267033 - 7.95935822
平均 (標準偏差)0.00217443 (±0.27481186)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-50-50
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 457.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.574.574.57
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z457.000457.000457.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-50-50-50
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-5.7137.9590.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Olfactomedin-1 disulfide-linked tetramer

全体名称: Olfactomedin-1 disulfide-linked tetramer
要素
  • 試料: Olfactomedin-1 disulfide-linked tetramer
  • 細胞器官・細胞要素: Olfactomedin-1

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超分子 #1000: Olfactomedin-1 disulfide-linked tetramer

超分子名称: Olfactomedin-1 disulfide-linked tetramer / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Tetramer / Number unique components: 1
分子量実験値: 242 KDa / 理論値: 256 KDa / 手法: AUC

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超分子 #1: Olfactomedin-1

超分子名称: Olfactomedin-1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Olfm1, noelin, pancortin
詳細: Purified recombinant full-length glycoslated Olfactomedin-1 tetramers were negatively stained with uranyl formate.
コピー数: 1 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: Yes
Ref INTERPRO0: IPR022082
Ref INTERPRO0: IPR003112
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House Mouse / 組織: brain / 細胞: neuron / Organelle: Secretory pathway / 細胞中の位置: Secreted (ER/golgi/extracellular)
分子量実験値: 242 KDa / 理論値: 256 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293ES / 組換プラスミド: pUPE107.03

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.065 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM HEPES
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Full-length Olfm1 was adsorbed to grids for 30 sec. Grids were briefly washed with water and then stained for 30 sec with a freshly prepared filtered 2% uranyl formate solution.
グリッド詳細: Carbon-coated mesh copper grids glow discharged for 15 sec
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 30,000 times magnification
詳細Weak beam illumination
日付2015年2月12日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 58 / ビット/ピクセル: 32
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt series - Axis1 - Min angle: -58 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 58 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 2 °
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Tilt series were collected from -58 to 58 degrees in 2 degree increments. The first and last image was discarded. CTF correction was performed on each projection
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, EMAN2
詳細: Sub-tomogram particles were manually picked using e2spt_boxer.py from EMAN2. Each particle was normalized and masked with a sharp spherical mask to remove background density not associated ...詳細: Sub-tomogram particles were manually picked using e2spt_boxer.py from EMAN2. Each particle was normalized and masked with a sharp spherical mask to remove background density not associated with the protein. Particles were then filtered to 20 A with a low-pass Gaussian filter, before a tight mask was applied to the remaining density using e2proc3d.py from EMAN2.
使用した粒子像数: 57
CTF補正詳細: IMOD, each tilt image

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5amo


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Each coiled-coil dimer of the tetramer was fitted as a rigid body.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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