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- EMDB-29332: Cryo-EM structure of the human TRPV4 in complex with GSK1016790A,... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29332
タイトルCryo-EM structure of the human TRPV4 in complex with GSK1016790A, RhoA focused refinement map
マップデータMain_map
試料
  • 複合体: The complex of human TRPV4 with RhoA
    • Other: Human TRPV4
    • Other: Human RhoA
キーワードTRPV4 / RhoA / GSK1016790A / MEMBRANE PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Kwon DH / Lee S-Y / Zhang F
資金援助1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: TRPV4-Rho GTPase complex structures reveal mechanisms of gating and disease.
著者: Do Hoon Kwon / Feng Zhang / Brett A McCray / Shasha Feng / Meha Kumar / Jeremy M Sullivan / Wonpil Im / Charlotte J Sumner / Seok-Yong Lee /
要旨: Crosstalk between ion channels and small GTPases is critical during homeostasis and disease, but little is known about the structural underpinnings of these interactions. TRPV4 is a polymodal, ...Crosstalk between ion channels and small GTPases is critical during homeostasis and disease, but little is known about the structural underpinnings of these interactions. TRPV4 is a polymodal, calcium-permeable cation channel that has emerged as a potential therapeutic target in multiple conditions. Gain-of-function mutations also cause hereditary neuromuscular disease. Here, we present cryo-EM structures of human TRPV4 in complex with RhoA in the ligand-free, antagonist-bound closed, and agonist-bound open states. These structures reveal the mechanism of ligand-dependent TRPV4 gating. Channel activation is associated with rigid-body rotation of the intracellular ankyrin repeat domain, but state-dependent interaction with membrane-anchored RhoA constrains this movement. Notably, many residues at the TRPV4-RhoA interface are mutated in disease and perturbing this interface by introducing mutations into either TRPV4 or RhoA increases TRPV4 channel activity. Together, these results suggest that RhoA serves as an auxiliary subunit for TRPV4, regulating TRPV4-mediated calcium homeostasis and disruption of TRPV4-RhoA interactions can lead to TRPV4-related neuromuscular disease. These insights will help facilitate TRPV4 therapeutics development.
履歴
登録2022年12月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2023年7月12日-
現状2023年7月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29332.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29332.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main_map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.328
最小 - 最大-5.2179685 - 6.9166203
平均 (標準偏差)0.0147991385 (±0.08354527)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half A

ファイルemd_29332_half_map_1.map
注釈Half_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half B

ファイルemd_29332_half_map_2.map
注釈Half_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The complex of human TRPV4 with RhoA

全体名称: The complex of human TRPV4 with RhoA
要素
  • 複合体: The complex of human TRPV4 with RhoA
    • Other: Human TRPV4
    • Other: Human RhoA

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超分子 #1: The complex of human TRPV4 with RhoA

超分子名称: The complex of human TRPV4 with RhoA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 450 KDa

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分子 #1: Human TRPV4

分子名称: Human TRPV4 / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADSSEGPRA GPGEVAELPG DESGTPGGEA FPLSSLANLF EGEDGSLSPS PADASRPAGP GDGRPNLRMK FQGAFRKGVP NPIDLLESTL YESSVVPGPK KAPMDSLFDY GTYRHHSSDN KRWRKKIIEK QPQSPKAPAP QPPPILKVFN RPILFDIVSR GSTADLDGLL ...文字列:
MADSSEGPRA GPGEVAELPG DESGTPGGEA FPLSSLANLF EGEDGSLSPS PADASRPAGP GDGRPNLRMK FQGAFRKGVP NPIDLLESTL YESSVVPGPK KAPMDSLFDY GTYRHHSSDN KRWRKKIIEK QPQSPKAPAP QPPPILKVFN RPILFDIVSR GSTADLDGLL PFLLTHKKRL TDEEFREPST GKTCLPKALL NLSNGRNDTI PVLLDIAERT GNMREFINSP FRDIYYRGQT ALHIAIERRC KHYVELLVAQ GADVHAQARG RFFQPKDEGG YFYFGELPLS LAACTNQPHI VNYLTENPHK KADMRRQDSR GNTVLHALVA IADNTRENTK FVTKMYDLLL LKCARLFPDS NLEAVLNNDG LSPLMMAAKT GKIGIFQHII RREVTDEDTR HLSRKFKDWA YGPVYSSLYD LSSLDTCGEE ASVLEILVYN SKIENRHEML AVEPINELLR DKWRKFGAVS FYINVVSYLC AMVIFTLTAY YQPLEGTPPY PYRTTVDYLR LAGEVITLFT GVLFFFTNIK DLFMKKCPGV NSLFIDGSFQ LLYFIYSVLV IVSAALYLAG IEAYLAVMVF ALVLGWMNAL YFTRGLKLTG TYSIMIQKIL FKDLFRFLLV YLLFMIGYAS ALVSLLNPCA NMKVCNEDQT NCTVPTYPSC RDSETFSTFL LDLFKLTIGM GDLEMLSSTK YPVVFIILLV TYIILTFVLL LNMLIALMGE TVGQVSKESK HIWKLQWATT ILDIERSFPV FLRKAFRSGE MVTVGKSSDG TPDRRWCFRV DEVNWSHWNQ NLGIINEDPG KNETYQYYGF SHTVGRLRRD RWSSVVPRVV ELNKNSNPDE VVVPLDSMGN PRCDGHQQGY PRKWRTDDAP L

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分子 #2: Human RhoA

分子名称: Human RhoA / タイプ: other / ID: 2 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAIRKKLVI VGDGACGKTC LLIVFSKDQF PEVYVPTVFE NYVADIEVDG KQVELALWDT AGQEDYDRLR PLSYPDTDVI LMCFSIDSPD SLENIPEKWT PEVKHFCPNV PIILVGNKKD LRNDEHTRRE LAKMKQEPVK PEEGRDMANR IGAFGYMECS AKTKDGVREV ...文字列:
MAAIRKKLVI VGDGACGKTC LLIVFSKDQF PEVYVPTVFE NYVADIEVDG KQVELALWDT AGQEDYDRLR PLSYPDTDVI LMCFSIDSPD SLENIPEKWT PEVKHFCPNV PIILVGNKKD LRNDEHTRRE LAKMKQEPVK PEEGRDMANR IGAFGYMECS AKTKDGVREV FEMATRAALQ ARRGKKKSGC LVL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7lp9

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 207664
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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