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万見
- EMDB-29329: Cryo-EM map of the unliganded Lettuce aptamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29329
タイトルCryo-EM map of the unliganded Lettuce aptamer
マップデータMap of file (mrc format) for apo Lettuce
試料
  • 複合体: Lettuce
キーワードDNA / aptamer / fluorescence / turn-on / fluorogenic / fluorophore
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Banco MT / Passalacqua LFM / Ferre-D'Amare AR
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Intricate 3D architecture of a DNA mimic of GFP.
著者: Luiz F M Passalacqua / Michael T Banco / Jared D Moon / Xing Li / Samie R Jaffrey / Adrian R Ferré-D'Amaré /
要旨: Numerous studies have shown how RNA molecules can adopt elaborate three-dimensional (3D) architectures. By contrast, whether DNA can self-assemble into complex 3D folds capable of sophisticated ...Numerous studies have shown how RNA molecules can adopt elaborate three-dimensional (3D) architectures. By contrast, whether DNA can self-assemble into complex 3D folds capable of sophisticated biochemistry, independent of protein or RNA partners, has remained mysterious. Lettuce is an in vitro-evolved DNA molecule that binds and activates conditional fluorophores derived from GFP. To extend previous structural studies of fluorogenic RNAs, GFP and other fluorescent proteins to DNA, we characterize Lettuce-fluorophore complexes by X-ray crystallography and cryogenic electron microscopy. The results reveal that the 53-nucleotide DNA adopts a four-way junction (4WJ) fold. Instead of the canonical L-shaped or H-shaped structures commonly seen in 4WJ RNAs, the four stems of Lettuce form two coaxial stacks that pack co-linearly to form a central G-quadruplex in which the fluorophore binds. This fold is stabilized by stacking, extensive nucleobase hydrogen bonding-including through unusual diagonally stacked bases that bridge successive tiers of the main coaxial stacks of the DNA-and coordination of monovalent and divalent cations. Overall, the structure is more compact than many RNAs of comparable size. Lettuce demonstrates how DNA can form elaborate 3D structures without using RNA-like tertiary interactions and suggests that new principles of nucleic acid organization will be forthcoming from the analysis of complex DNAs.
履歴
登録2022年12月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月10日-
マップ公開2023年5月10日-
更新2023年7月26日-
現状2023年7月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29329.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29329.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of file (mrc format) for apo Lettuce
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.9 Å/pix.
x 240 pix.
= 216. Å		0.9 Å/pix.
x 240 pix.
= 216. Å		0.9 Å/pix.
x 240 pix.
= 216. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.544
最小 - 最大-0.24120912 - 1.19973
平均 (標準偏差)0.0002462436 (±0.032214385)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 216.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_29329_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_29329_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lettuce

全体名称: Lettuce
要素
  • 複合体: Lettuce

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超分子 #1: Lettuce

超分子名称: Lettuce / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Synthetic in vitro evolved DNA aptamer

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 3327 / 平均電子線量: 52.5 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4144838
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 55288
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / ソフトウェア - 詳細: Heterogenous Refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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