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万見
- EMDB-29103: Cryo-EM structure of human NCC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29103
タイトルCryo-EM structure of human NCC
マップデータ
試料
  • 複合体: NCC
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 3
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
キーワードMembrane transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC12A3 causes Gitelman syndrome (GS) / sodium:chloride symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / sodium ion homeostasis / renal sodium ion absorption / chloride ion homeostasis / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / response to aldosterone ...Defective SLC12A3 causes Gitelman syndrome (GS) / sodium:chloride symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / sodium ion homeostasis / renal sodium ion absorption / chloride ion homeostasis / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / response to aldosterone / sodium ion transport / potassium ion import across plasma membrane / response to dietary excess / sodium ion transmembrane transport / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / apical plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thiazide-sensitive Na-K-Cl co-transporter / Amino acid permease, N-terminal / Amino acid permease N-terminal / SLC12A transporter, C-terminal / Solute carrier family 12 / Amino acid permease/ SLC12A domain / SLC12A transporter family / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 12 member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Zhang J / Fan M / Feng L
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structure and thiazide inhibition mechanism of the human Na-Cl cotransporter.
著者: Minrui Fan / Jianxiu Zhang / Chien-Ling Lee / Jinru Zhang / Liang Feng /
要旨: The sodium-chloride cotransporter (NCC) is critical for kidney physiology. The NCC has a major role in salt reabsorption in the distal convoluted tubule of the nephron, and mutations in the NCC cause ...The sodium-chloride cotransporter (NCC) is critical for kidney physiology. The NCC has a major role in salt reabsorption in the distal convoluted tubule of the nephron, and mutations in the NCC cause the salt-wasting disease Gitelman syndrome. As a key player in salt handling, the NCC regulates blood pressure and is the target of thiazide diuretics, which have been widely prescribed as first-line medications to treat hypertension for more than 60 years. Here we determined the structures of human NCC alone and in complex with a commonly used thiazide diuretic using cryo-electron microscopy. These structures, together with functional studies, reveal major conformational states of the NCC and an intriguing regulatory mechanism. They also illuminate how thiazide diuretics specifically interact with the NCC and inhibit its transport function. Our results provide critical insights for understanding the Na-Cl cotransport mechanism of the NCC, and they establish a framework for future drug design and for interpreting disease-related mutations.
履歴
登録2022年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29103.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29103.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.2 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.2 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.6911169 - 2.1167274
平均 (標準偏差)-0.00094730203 (±0.045075785)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 275.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29103_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_29103_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_29103_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NCC

全体名称: NCC
要素
  • 複合体: NCC
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 3
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION

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超分子 #1: NCC

超分子名称: NCC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 12 member 3

分子名称: Solute carrier family 12 member 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 113.279719 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAELPTTETP GDATLCSGRF TISTLLSSDE PSPPAAYDSS HPSHLTHSST FCMRDFGYND IDVVPTYEHY ANDTQPGEPR KVRPTLADL HSFLKQEGRH LHALAFDSRP SHEMTDGLVE GEAGTSSEKN PEEPVRFGWV NGVMIRCMLN IWGVILYLRL P WITAQAGI ...文字列:
MAELPTTETP GDATLCSGRF TISTLLSSDE PSPPAAYDSS HPSHLTHSST FCMRDFGYND IDVVPTYEHY ANDTQPGEPR KVRPTLADL HSFLKQEGRH LHALAFDSRP SHEMTDGLVE GEAGTSSEKN PEEPVRFGWV NGVMIRCMLN IWGVILYLRL P WITAQAGI VLTWIIILLS VTVTSITGLS ISAISTNGKV KSGGTYFLIS RSLGPELGGS IGLIFAFANA VGVAMHTVGF AE TVRDLLQ EYGAPIVDPI NDIRIIGVVS VTVLLAISLA GMEWESKAQV LFFLVIMVSF ANYLVGTLIP PSEDKASKGF FSY RADIFV QNLVPDWRGP DGTFFGMFSI FFPSATGILA GANISGDLKD PAIAIPKGTL MAIFWTTISY LAISATIGSC VVRD ASGVL NDTVTPGWGA CEGLACSYGW NFTECTQQHS CHYGLINYYQ TMSMVSGFAP LITAGIFGAT LSSALACLVS AAKVF QCLC EDQLYPLIGF FGKGYGKNKE PVRGYLLAYA IAVAFIIIAE LNTIAPIISN FFLCSYALIN FSCFHASITN SPGWRP SFQ YYNKWAALFG AIISVVIMFL LTWWAALIAI GVVLFLLLYV IYKKPEVNWG SSVQAGSYNL ALSYSVGLNE VEDHIKN YR PQCLVLTGPP NFRPALVDFV GTFTRNLSLM ICGHVLIGPH KQRMPELQLI ANGHTKWLNK RKIKAFYSDV IAEDLRRG V QILMQAAGLG RMKPNILVVG FKKNWQSAHP ATVEDYIGIL HDAFDFNYGV CVMRMREGLN VSKMMQAHIN PVFDPAEDG KEASARVDPK ALVKEEQATT IFQSEQGKKT IDIYWLFDDG GLTLLIPYLL GRKRRWSKCK IRVFVGGQIN RMDQERKAII SLLSKFRLG FHEVHILPDI NQNPRAEHTK RFEDMIAPFR LNDGFKDEAT VNEMRRDCPW KISDEEITKN RVKSLRQVRL N EIVLDYSR DAALIVITLP IGRKGKCPSS LYMAWLETLS QDLRPPVILI RGNQENVLTF YCQ

UniProtKB: Solute carrier family 12 member 3

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分子 #2: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #3: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度12 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 338556
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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