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- EMDB-28971: CryoEM map of de novo designed oligomeric protein C8-71_6x -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28971
タイトルCryoEM map of de novo designed oligomeric protein C8-71_6x
マップデータ
試料
  • 複合体: Self-assembled homo-octamer of de novo designed protein C8-71_6x
    • タンパク質・ペプチド: C8-71_6x
キーワードSynthetic / Self-assembling / Oligomeric / Helical repeats / DE NOVO PROTEIN
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Redler RL / Edman NI / Baker D / Ekiert DC / Bhabha G
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128777 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01AG063845 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Modulation of FGF pathway signaling and vascular differentiation using designed oligomeric assemblies.
著者: Natasha I Edman / Ashish Phal / Rachel L Redler / Thomas Schlichthaerle / Sanjay R Srivatsan / Devon Duron Ehnes / Ali Etemadi / Seong J An / Andrew Favor / Zhe Li / Florian Praetorius / Max ...著者: Natasha I Edman / Ashish Phal / Rachel L Redler / Thomas Schlichthaerle / Sanjay R Srivatsan / Devon Duron Ehnes / Ali Etemadi / Seong J An / Andrew Favor / Zhe Li / Florian Praetorius / Max Gordon / Thomas Vincent / Silvia Marchiano / Leslie Blakely / Chuwei Lin / Wei Yang / Brian Coventry / Derrick R Hicks / Longxing Cao / Neville Bethel / Piper Heine / Analisa Murray / Stacey Gerben / Lauren Carter / Marcos Miranda / Babak Negahdari / Sangwon Lee / Cole Trapnell / Ying Zheng / Charles E Murry / Devin K Schweppe / Benjamin S Freedman / Lance Stewart / Damian C Ekiert / Joseph Schlessinger / Jay Shendure / Gira Bhabha / Hannele Ruohola-Baker / David Baker /
要旨: Many growth factors and cytokines signal by binding to the extracellular domains of their receptors and driving association and transphosphorylation of the receptor intracellular tyrosine kinase ...Many growth factors and cytokines signal by binding to the extracellular domains of their receptors and driving association and transphosphorylation of the receptor intracellular tyrosine kinase domains, initiating downstream signaling cascades. To enable systematic exploration of how receptor valency and geometry affect signaling outcomes, we designed cyclic homo-oligomers with up to 8 subunits using repeat protein building blocks that can be modularly extended. By incorporating a de novo-designed fibroblast growth factor receptor (FGFR)-binding module into these scaffolds, we generated a series of synthetic signaling ligands that exhibit potent valency- and geometry-dependent Ca release and mitogen-activated protein kinase (MAPK) pathway activation. The high specificity of the designed agonists reveals distinct roles for two FGFR splice variants in driving arterial endothelium and perivascular cell fates during early vascular development. Our designed modular assemblies should be broadly useful for unraveling the complexities of signaling in key developmental transitions and for developing future therapeutic applications.
履歴
登録2022年11月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月12日-
マップ公開2024年6月12日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28971.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28971.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 280.576 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 280.576 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 280.576 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.096 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.332
最小 - 最大-0.17662746 - 0.98054147
平均 (標準偏差)0.0018185998 (±0.047080167)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 280.576 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28971_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28971_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Self-assembled homo-octamer of de novo designed protein C8-71_6x

全体名称: Self-assembled homo-octamer of de novo designed protein C8-71_6x
要素
  • 複合体: Self-assembled homo-octamer of de novo designed protein C8-71_6x
    • タンパク質・ペプチド: C8-71_6x

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超分子 #1: Self-assembled homo-octamer of de novo designed protein C8-71_6x

超分子名称: Self-assembled homo-octamer of de novo designed protein C8-71_6x
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: C8-71_6x

分子名称: C8-71_6x / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MGPEEILERA KESLERAREA SERGDEEEFR KAAEKALELA KRLVEQAKKE GDPELVLEAA KVALRVAELA AKNGDKEVFK KAAESALEVA KRLVEVASKE GDPELVLEAA KVALEVARLA AENGDKEVFK KAAESALEVA KRLVEVASKE GDPELVLEAA RVALWVAELA ...文字列:
MGPEEILERA KESLERAREA SERGDEEEFR KAAEKALELA KRLVEQAKKE GDPELVLEAA KVALRVAELA AKNGDKEVFK KAAESALEVA KRLVEVASKE GDPELVLEAA KVALEVARLA AENGDKEVFK KAAESALEVA KRLVEVASKE GDPELVLEAA RVALWVAELA AKNGDKEVFK KAAESALEVA KRLVEVASKE GDPDLVAWAA LVALWVAFLA FLNGDKEVFK KAAESALEVA KALMEVAMKV GAPWLVELAI AVARAVWLLA ELFGDEEVRR RAEAFEIILR IAAIAVKAWL GGGGSLEHHH HHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time = 4s; blot force = 0.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 263 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 52.54 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 36000
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio model generated in Cryosparc
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C8 (8回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 9092
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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