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万見
- EMDB-2888: Cryo-Molecular electron tomography of human non-immune soluble pe... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2888
タイトルCryo-Molecular electron tomography of human non-immune soluble pentameric IgM
マップデータReconstruction of human non-iimune pentameric IgM
試料
  • 試料: Human non-immune pentameric IgM
  • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin M
キーワードMalaria / Rosetting / IgM
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Akhouri RR / Goel S / Furusho H / Skoglund U / Wahlgren M
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Architecture of Human IgM in Complex with P. falciparum Erythrocyte Membrane Protein 1.
著者: Reetesh Raj Akhouri / Suchi Goel / Hirotoshi Furusho / Ulf Skoglund / Mats Wahlgren /
要旨: Plasmodium falciparum virulence is associated with sequestration of infected erythrocytes. Microvascular binding mediated by PfEMP1 in complex with non-immune immunoglobulin M (IgM) is common among ...Plasmodium falciparum virulence is associated with sequestration of infected erythrocytes. Microvascular binding mediated by PfEMP1 in complex with non-immune immunoglobulin M (IgM) is common among parasites that cause both severe childhood malaria and pregnancy-associated malaria. Here, we present cryo-molecular electron tomography structures of human IgM, PfEMP1 and their complex. Three-dimensional reconstructions of IgM reveal that it has a dome-like core, randomly oriented Fab2s units, and the overall shape of a turtle. PfEMP1 is a C- shaped molecule with a flexible N terminus followed by an arc-shaped backbone and a bulky C terminus that interacts with IgM. Our data demonstrate that the PfEMP1 binding pockets on IgM overlap with those of C1q, and the bulkiness of PfEMP1 limits the capacity of IgM to interact with PfEMP1. We suggest that P. falciparum exploits IgM to cluster PfEMP1 into an organized matrix to augment its affinity to host cell receptors.
履歴
登録2015年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年2月25日-
マップ公開2016年1月13日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0046
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0046
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2888.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2888.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of human non-iimune pentameric IgM
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.53 Å/pix.
x 84 pix.
= 380.856 Å		4.53 Å/pix.
x 56 pix.
= 253.904 Å		4.53 Å/pix.
x 78 pix.
= 353.652 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.534 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0046 / ムービー #1: 0.0046
最小 - 最大0.00053329 - 0.01079053
平均 (標準偏差)0.00227057 (±0.0011678)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ567884
Spacing567884
セルA: 353.652 Å / B: 253.90399 Å / C: 380.856 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.5344.5344.534
M x/y/z785684
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z353.652253.904380.856
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS785684
D min/max/mean0.0010.0110.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human non-immune pentameric IgM

全体名称: Human non-immune pentameric IgM
要素
  • 試料: Human non-immune pentameric IgM
  • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin M

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超分子 #1000: Human non-immune pentameric IgM

超分子名称: Human non-immune pentameric IgM / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: the sample was polydisperse using Dynamic Light Scattering.
集合状態: Monomer / Number unique components: 1
分子量実験値: 1.047 MDa / 理論値: 1.0 MDa

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分子 #1: Immunoglobulin M

分子名称: Immunoglobulin M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: IgM / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Soluble in serum
分子量実験値: 1.047 MDa / 理論値: 1.0 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris, 200mM NaCl
グリッド詳細: C-Flat (Copper grid with thin Carbon support)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 78 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 78 K / 最高: 100 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
日付2013年10月24日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 281 / 平均電子線量: 40 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0015 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0007 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダー: LN2 cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -70 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 70 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 0.5 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細CTF correction on each tilt
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / ソフトウェア - 名称: COMET / 使用した粒子像数: 281
CTF補正詳細: each frame

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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