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万見
- EMDB-2864: Vitrified IAS Env -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2864
タイトルVitrified IAS Env
マップデータMoloney mouse leukemia virus Env
試料
  • 試料: Moloney mouse leukemia virus Env
  • タンパク質・ペプチド: Moloney murine leukemia virus
キーワードCryo-electron microscopy / Env trimers / image processing / isomerization arrested state / receptor binding domain
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Wu S-R / Sjoberg M / Wallin M / Lindqvist B / Ekstrom M / Hebert H / Koeck P / Garoff H
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2008
タイトル: Turning of the receptor-binding domains opens up the murine leukaemia virus Env for membrane fusion.
著者: Shang-Rung Wu / Mathilda Sjöberg / Michael Wallin / Birgitta Lindqvist / Maria Ekström / Hans Hebert / Philip J B Koeck / Henrik Garoff /
要旨: The activity of the membrane fusion protein Env of Moloney mouse leukaemia virus is controlled by isomerization of the disulphide that couples its transmembrane (TM) and surface (SU) subunits. We ...The activity of the membrane fusion protein Env of Moloney mouse leukaemia virus is controlled by isomerization of the disulphide that couples its transmembrane (TM) and surface (SU) subunits. We have arrested Env activation at a stage prior to isomerization by alkylating the active thiol in SU and compared the structure of isomerization-arrested Env with that of native Env. Env trimers of respective form were isolated from solubilized particles by sedimentation and their structures were reconstructed from electron microscopic images of both vitrified and negatively stained samples. We found that the protomeric unit of both trimers formed three protrusions, a top, middle and a lower one. The atomic structure of the receptor-binding domain of SU fitted into the upper protrusion. This was formed similar to a bent finger. Significantly, in native Env the tips of the fingers were directed against each other enclosing a cavity below, whereas they had turned outward in isomerization-arrested Env transforming the cavity into an open well. This might subsequently guide the fusion peptides in extended TM subunits into the target membrane.
履歴
登録2008年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年8月26日-
マップ公開2009年8月27日-
更新2015年7月8日-
現状2015年7月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

2864.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2864.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 422.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Moloney mouse leukemia virus Env
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.5 Å/pix.
x 48 pix.
= 168. Å		3.5 Å/pix.
x 48 pix.
= 168. Å		3.5 Å/pix.
x 48 pix.
= 168. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 1.6
最小 - 最大-6.92291 - 7.36805
平均 (標準偏差)-0.00000000216671 (±0.826326)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-24-24-24
サイズ484848
Spacing484848
セルA=B=C: 168 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.53.53.5
M x/y/z484848
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z168.000168.000168.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-24-24-24
NC/NR/NS484848
D min/max/mean-6.9237.368-0.000

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添付データ

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添付マップデータ: emd 2864 additional 1.map

ファイルemd_2864_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Moloney mouse leukemia virus Env

全体名称: Moloney mouse leukemia virus Env
要素
  • 試料: Moloney mouse leukemia virus Env
  • タンパク質・ペプチド: Moloney murine leukemia virus

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超分子 #1000: Moloney mouse leukemia virus Env

超分子名称: Moloney mouse leukemia virus Env / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Trimer / Number unique components: 1
分子量実験値: 200 KDa / 手法: Gel electrophoresis

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分子 #1: Moloney murine leukemia virus

分子名称: Moloney murine leukemia virus / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Mo-MLV Env / コピー数: 3 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Moloney murine leukemia virus (ウイルス) / 組織: Virus / 細胞: MOV-3, NIH 3T3
分子量実験値: 200 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM HEPES, 135 mM NaCl, pH 7.45, 10mM EDTA, 0.15 % Triton X-100, 12 % (w/w) sucrose
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: No staining
グリッド詳細: 400 mesh grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 3 seconds twice before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 93 K / 最高: 96 K / 平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected using online FFT
日付2008年5月10日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / デジタル化 - サンプリング間隔: 30 µm / 実像数: 96 / 平均電子線量: 9 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 86000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 6787
最終 2次元分類クラス数: 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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