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- EMDB-28376: Structure of a human EMC:human Cav1.2 channel complex in GDN dete... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28376
タイトルStructure of a human EMC:human Cav1.2 channel complex in GDN detergent (ECAB Map 3)
マップデータStructure of a human EMC:human Cav1.2 channel complex in GDN detergent (ECAB Map 3)
試料
  • 複合体: Ternary complex of the human ER membrane protein complex (EMC) with human CaV alpha1C and rabbit CaV beta3
    • 複合体: Human CaV alpha1C
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: ER membrane protein complex subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Rabbit CaV beta3
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 2種
キーワードendoplasmic reticulum membrane protein complex / voltage-gated calcium channel / holdase / biogenesis / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / immune system development / magnesium ion transport ...extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / immune system development / magnesium ion transport / positive regulation of adenylate cyclase activity / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / Phase 2 - plateau phase / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / Miscellaneous transport and binding events / cobalt ion transmembrane transporter activity / ferrous iron transmembrane transporter activity / membrane depolarization during AV node cell action potential / high voltage-gated calcium channel activity / copper ion transport / cardiac conduction / L-type voltage-gated calcium channel complex / magnesium ion transmembrane transporter activity / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / positive regulation of muscle contraction / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / NCAM1 interactions / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / camera-type eye development / embryonic forelimb morphogenesis / calcium ion transport into cytosol / voltage-gated calcium channel complex / Phase 0 - rapid depolarisation / alpha-actinin binding / regulation of heart rate by cardiac conduction / calcium ion import across plasma membrane / autophagosome assembly / RHOA GTPase cycle / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / voltage-gated calcium channel activity / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / calcium channel regulator activity / Regulation of insulin secretion / postsynaptic density membrane / calcium ion transmembrane transport / Z disc / positive regulation of angiogenesis / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / heart development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / carbohydrate binding / early endosome membrane / angiogenesis / perikaryon / calmodulin binding / early endosome / postsynaptic density / cilium / Golgi membrane / apoptotic process / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular region / nucleoplasm / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EMC1 N-terminal beta-propeller domain / ER membrane protein complex subunit 8/9 / : / Uncharacterised protein family (UPF0172) / EMC2 TPR-like repeat domain / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain ...EMC1 N-terminal beta-propeller domain / ER membrane protein complex subunit 8/9 / : / Uncharacterised protein family (UPF0172) / EMC2 TPR-like repeat domain / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6-like / EMC6 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 2-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein DUF106 / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-3 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1C subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Carbohydrate-binding-like fold / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / : / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Voltage-dependent channel domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ion transport domain / Ion transport protein / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ER membrane protein complex subunit 8 / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3 / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C / ER membrane protein complex subunit 2 / ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 5 / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6 / Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Chen Z / Mondal A / Abderemane-Ali F / Minor DL
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL080050 米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)DC007664 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: EMC chaperone-Ca structure reveals an ion channel assembly intermediate.
著者: Zhou Chen / Abhisek Mondal / Fayal Abderemane-Ali / Seil Jang / Sangeeta Niranjan / José L Montaño / Balyn W Zaro / Daniel L Minor /
要旨: Voltage-gated ion channels (VGICs) comprise multiple structural units, the assembly of which is required for function. Structural understanding of how VGIC subunits assemble and whether chaperone ...Voltage-gated ion channels (VGICs) comprise multiple structural units, the assembly of which is required for function. Structural understanding of how VGIC subunits assemble and whether chaperone proteins are required is lacking. High-voltage-activated calcium channels (Cas) are paradigmatic multisubunit VGICs whose function and trafficking are powerfully shaped by interactions between pore-forming Ca1 or Ca2 Caα (ref. ), and the auxiliary Caβ and Caαδ subunits. Here we present cryo-electron microscopy structures of human brain and cardiac Ca1.2 bound with Caβ to a chaperone-the endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC)-and of the assembled Ca1.2-Caβ-Caαδ-1 channel. These structures provide a view of an EMC-client complex and define EMC sites-the transmembrane (TM) and cytoplasmic (Cyto) docks; interaction between these sites and the client channel causes partial extraction of a pore subunit and splays open the Caαδ-interaction site. The structures identify the Caαδ-binding site for gabapentinoid anti-pain and anti-anxiety drugs, show that EMC and Caαδ interactions with the channel are mutually exclusive, and indicate that EMC-to-Caαδ hand-off involves a divalent ion-dependent step and Ca1.2 element ordering. Disruption of the EMC-Ca complex compromises Ca function, suggesting that the EMC functions as a channel holdase that facilitates channel assembly. Together, the structures reveal a Ca assembly intermediate and EMC client-binding sites that could have wide-ranging implications for the biogenesis of VGICs and other membrane proteins.
履歴
登録2022年10月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月24日-
マップ公開2023年5月24日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28376.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28376.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of a human EMC:human Cav1.2 channel complex in GDN detergent (ECAB Map 3)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.85 Å/pix.
x 440 pix.
= 372.504 Å		0.85 Å/pix.
x 440 pix.
= 372.504 Å		0.85 Å/pix.
x 440 pix.
= 372.504 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8466 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.93
最小 - 最大-11.47803 - 33.489620000000002
平均 (標準偏差)0.000022971937 (±1.0000407)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 372.504 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of the human ER membrane protein complex (EMC) wi...

全体名称: Ternary complex of the human ER membrane protein complex (EMC) with human CaV alpha1C and rabbit CaV beta3
要素
  • 複合体: Ternary complex of the human ER membrane protein complex (EMC) with human CaV alpha1C and rabbit CaV beta3
    • 複合体: Human CaV alpha1C
      • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
    • 複合体: ER membrane protein complex subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 1
    • 複合体: Rabbit CaV beta3
      • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 4
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en

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超分子 #1: Ternary complex of the human ER membrane protein complex (EMC) wi...

超分子名称: Ternary complex of the human ER membrane protein complex (EMC) with human CaV alpha1C and rabbit CaV beta3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Human CaV alpha1C

超分子名称: Human CaV alpha1C / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 187 KDa

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超分子 #3: ER membrane protein complex subunit 1

超分子名称: ER membrane protein complex subunit 1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 112 KDa

+
超分子 #4: Rabbit CaV beta3

超分子名称: Rabbit CaV beta3 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #10
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 100 KDa

+
分子 #1: ER membrane protein complex subunit 1

分子名称: ER membrane protein complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 109.598438 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AVYEDQVGKF DWRQQYVGKV KFASLEFSPG SKKLVVATEK NVIAALNSRT GEILWRHVDK GTAEGAVDAM LLHGQDVITV SNGGRIMRS WETNIGGLNW EITLDSGSFQ ALGLVGLQES VRYIAVLKKT TLALHHLSSG HLKWVEHLPE SDSIHYQMVY S YGSGVVWA ...文字列:
AVYEDQVGKF DWRQQYVGKV KFASLEFSPG SKKLVVATEK NVIAALNSRT GEILWRHVDK GTAEGAVDAM LLHGQDVITV SNGGRIMRS WETNIGGLNW EITLDSGSFQ ALGLVGLQES VRYIAVLKKT TLALHHLSSG HLKWVEHLPE SDSIHYQMVY S YGSGVVWA LGVVPFSHVN IVKFNVEDGE IVQQVRVSTP WLQHLSGACG VVDEAVLVCP DPSSRSLQTL ALETEWELRQ IP LQSLDLE FGSGFQPRVL PTQPNPVDAS RAQFFLHLSP SHYALLQYHY GTLSLLKNFP QTALVSFATT GEKTVAAVMA CRN EVQKSS SSEDGSMGSF SEKSSSKDSL ACFNQTYTIN LYLVETGRRL LDTTITFSLE QSGTRPERLY IQVFLKKDDS VGYR ALVQT EDHLLLFLQQ LAGKVVLWSR EESLAEVVCL EMVDLPLTGA QAELEGEFGK KADGLLGMFL KRLSSQLILL QAWTS HLWK MFYDARKPRS QIKNEINIDT LARDEFNLQK MMVMVTASGK LFGIESSSGT ILWKQYLPNV KPDSSFKLMV QRTTAH FPH PPQCTLLVKD KESGMSSLYV FNPIFGKWSQ VAPPVLKRPI LQSLLLPVMD QDYAKVLLLI DDEYKVTAFP ATRNVLR QL HELAPSIFFY LVDAEQGRLC GYRLRKDLTT ELSWELTIPP EVQRIVKVKG KRSSEHVHSQ GRVMGDRSVL YKSLNPNL L AVVTESTDAH HERTFIGIFL IDGVTGRIIH SSVQKKAKGP VHIVHSENWV VYQYWNTKAR RNEFTVLELY EGTEQYNAT AFSSLDRPQL PQVLQQSYIF PSSISAMEAT ITERGITSRH LLIGLPSGAI LSLPKALLDP RRPEIPTEQS REENLIPYSP DVQIHAERF INYNQTVSRM RGIYTAPSGL ESTCLVVAYG LDIYQTRVYP SKQFDVLKDD YDYVLISSVL FGLVFATMIT K RLAQVKLL NRAWR

UniProtKB: ER membrane protein complex subunit 1

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分子 #2: ER membrane protein complex subunit 2

分子名称: ER membrane protein complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.250797 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KVSELYDVTW EEMRDKMRKW REENSRNSEQ IVEVGEELIN EYASKLGDDI WIIYEQVMIA ALDYGRDDLA LFCLQELRRQ FPGSHRVKR LTGMRFEAME RYDDAIQLYD RILQEDPTNT AARKRKIAIR KAQGKNVEAI RELNEYLEQF VGDQEAWHEL A ELYINEHD ...文字列:
KVSELYDVTW EEMRDKMRKW REENSRNSEQ IVEVGEELIN EYASKLGDDI WIIYEQVMIA ALDYGRDDLA LFCLQELRRQ FPGSHRVKR LTGMRFEAME RYDDAIQLYD RILQEDPTNT AARKRKIAIR KAQGKNVEAI RELNEYLEQF VGDQEAWHEL A ELYINEHD YAKAAFCLEE LMMTNPHNHL YCQQYAEVKY TQGGLENLEL SRKYFAQALK LNNRNMRALF GLYMSASHIA SN PKASAKT KKDNMKYASW AASQINRAYQ FAGRSKKETK YSLKAVEDML ETLQ

UniProtKB: ER membrane protein complex subunit 2

+
分子 #3: ER membrane protein complex subunit 3

分子名称: ER membrane protein complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.722598 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PELLLDSNIR LWVVLPIVII TFFVGMIRHY VSILLQSDKK LTQEQVSDSQ VLIRSRVLRE NGKYIPKQSF LTRKYYFNNP EDGFFKKTK RKVVPPSPMT DPTMLTDMMK GNVTNVLPMI LIGGWINMTF SGFVTTKVPF PLTLRFKPML QQGIELLTLD A SWVSSASW ...文字列:
PELLLDSNIR LWVVLPIVII TFFVGMIRHY VSILLQSDKK LTQEQVSDSQ VLIRSRVLRE NGKYIPKQSF LTRKYYFNNP EDGFFKKTK RKVVPPSPMT DPTMLTDMMK GNVTNVLPMI LIGGWINMTF SGFVTTKVPF PLTLRFKPML QQGIELLTLD A SWVSSASW YFLNVFGLRS IYSLILGQDN AADQSRMMQE QMTGAAMAMP ADTNKAFKTE WEALELTDHQ WALDDVEEEL MA KDLHFEG MFKKELQTSI F

UniProtKB: ER membrane protein complex subunit 3

+
分子 #4: ER membrane protein complex subunit 5

分子名称: ER membrane protein complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.425147 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
PSLWKGLVGI GLFALAHAAF SAAQHRSYMR LTEKEDESLP IDIVLQTLLA FAVTCYGIVH IAGEFKDMDA TSELKNKTFD TLRNHPSFY VFNHRGRVLF RP

UniProtKB: ER membrane protein complex subunit 5

+
分子 #5: ER membrane protein complex subunit 6

分子名称: ER membrane protein complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.014019 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
PPFISEAAVR GNAAVLDYCR TSVSALSGAT AGILGLTGLY GFIFYLLASV LLSLLLILKA GRRWNKYFKS RRPLFTGGLI GGLFTYVLF WTFLYGMVHV Y

UniProtKB: ER membrane protein complex subunit 6

+
分子 #6: ER membrane protein complex subunit 7

分子名称: ER membrane protein complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.151044 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DRFKIEGRAV VPGVKPQDWI SAARVLVDGE EHVGFLKTDG SFVVHDIPSG SYVVEVVSPA YRFDPVRVDI TSKGKMRARY VNYIKTSEV VRLPYPLQMK SSGPPSYFIK RESWGWT

UniProtKB: Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 7

+
分子 #7: ER membrane protein complex subunit 8

分子名称: ER membrane protein complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.578764 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GVKLTTQAYC KMVLHGAKYP HCAVNGLLVA EKQKPRKEHL PLGGPGAHHT LFVDCIPLFH GTLALAPMLE VALTLIDSWC KDHSYVIAG YYQANERVKD ASPNQVAEKV ASRIAEGFSD TALIMVDNTK FTMDCVAPTI HVYEHHENRW RCRDPHHDYC E DWPEAQRI ...文字列:
GVKLTTQAYC KMVLHGAKYP HCAVNGLLVA EKQKPRKEHL PLGGPGAHHT LFVDCIPLFH GTLALAPMLE VALTLIDSWC KDHSYVIAG YYQANERVKD ASPNQVAEKV ASRIAEGFSD TALIMVDNTK FTMDCVAPTI HVYEHHENRW RCRDPHHDYC E DWPEAQRI SASLLDSRSY ETLVDFDNHL DDIRNDWTNP EINKAVLHLC

UniProtKB: ER membrane protein complex subunit 8

+
分子 #8: ER membrane protein complex subunit 10

分子名称: ER membrane protein complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.003912 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GTVGLLLEHS FEIDDSANFR KRGSLLWNQQ DGTLSLSQRQ LSEEERGRLR DVAALNGLYR VRIPRRPGAL DGLEAGGYVS SFVPACSLV ESHLSDQLTL HVDVAGNVVG VSVVTHPGGC RGHEVEDVDL ELFNTSVQLQ PPTTAPGPET AAFIERLE

UniProtKB: ER membrane protein complex subunit 10

+
分子 #9: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C

分子名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 176.678766 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LKNPIRRACI SIVEWKPFEI IILLTIFANC VALAIYIPFP EDDSNATNSN LERVEYLFLI IFTVEAFLKV IAYGLLFHPN AYLRNGWNL LDFIIVVVGL FSAILEQATK ADGANALGGK GAGFDVKALR AFRVLRPLRL VSGVPSLQVV LNSIIKAMVP L LHIALLVL ...文字列:
LKNPIRRACI SIVEWKPFEI IILLTIFANC VALAIYIPFP EDDSNATNSN LERVEYLFLI IFTVEAFLKV IAYGLLFHPN AYLRNGWNL LDFIIVVVGL FSAILEQATK ADGANALGGK GAGFDVKALR AFRVLRPLRL VSGVPSLQVV LNSIIKAMVP L LHIALLVL FVIIIYAIIG LELFMGKMHK TCYNQEGIAD VPAEDDPSPC ALETGHGRQC QNGTVCKPGW DGPKHGITNF DN FAFAMLT VFQCITMEGW TDVLYWVNDA VGRDWPWIYF VTLIIIGSFF VLNLVLGVLS GEFSKEREKA KARGDFQKLR EKQ QLEEDL KGYLDWITQA EDIDPENEDE GMDEEKPRNM SMPTSETESV NTENVAGGDI EGENCGARLA HRISKSKFSR YWRR WNRFC RRKCRAAVKS NVFYWLVIFL VFLNTLTIAS EHYNQPNWLT EVQDTANKAL LALFTAEMLL KMYSLGLQAY FVSLF NRFD CFVVCGGILE TILVETKIMS PLGISVLRCV RLLRIFKITR YWNSLSNLVA SLLNSVRSIA SLLLLLFLFI IIFSLL GMQ LFGGKFNFDE MQTRRSTFDN FPQSLLTVFQ ILTGEDWNSV MYDGIMAYGG PSFPGMLVCI YFIILFICGN YILLNVF LA IAVDNLADAE SLTSAQKEEE EEKERKKLAR TASPEKKQEL VEKPAVGESK EEKIELKSIT ADGESPPATK INMDDLQP N ENEDKSPYPN PETTGEEDEE EPEMPVGPRP RPLSELHLKE KAVPMPEASA FFIFSSNNRF RLQCHRIVND TIFTNLILF FILLSSISLA AEDPVQHTSF RNHILFYFDI VFTTIFTIEI ALKILGNADY VFTSIFTLEI ILKMTAYGAF LHKGSFCRNY FNILDLLVV SVSLISFGIQ SSAINVVKIL RVLRVLRPLR AINRAKGLKH VVQCVFVAIR TIGNIVIVTT LLQFMFACIG V QLFKGKLY TCSDSSKQTE AECKGNYITY KDGEVDHPII QPRSWENSKF DFDNVLAAMM ALFTVSTFEG WPELLYRSID SH TEDKGPI YNYRVEISIF FIIYIIIIAF FMMNIFVGFV IVTFQEQGEQ EYKNCELDKN QRQCVEYALK ARPLRRYIPK NQH QYKVWY VVNSTYFEYL MFVLILLNTI CLAMQHYGQS CLFKIAMNIL NMLFTGLFTV EMILKLIAFK PKGYFSDPWN VFDF LIVIG SIIDVILSET NHYFCDAWNT FDALIVVGSI VDIAITEVNP AEHTQCSPSM NAEENSRISI TFFRLFRVMR LVKLL SRGE GIRTLLWTFI KSFQALPYVA LLIVMLFFIY AVIGMQVFGK IALNDTTEIN RNNNFQTFPQ AVLLLFRCAT GEAWQD IML ACMPGKKCAP ESEPSNSTEG ETPCGSSFAV FYFISFYMLC AFLIINLFVA VIMDNFDYLT RDWSILGPHH LDEFKRI WA EYDPEAKGRI KHLDVVTLLR RIQPPLGFGK LCPHRVACKR LVSMNMPLNS DGTVMFNATL FALVRTALRI KTEGNLEQ A NEELRAIIKK IWKRTSMKLL DQVVPPAGD

UniProtKB: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C

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分子 #10: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3

分子名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 36.692055 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ESARREVESQ AQQQLERAKH KPVAFAVRTN VSYCGVLDEE CPVQGSGINF EAKDFLHIKE KYSNDWWIGR LVKEGGDIAF IPSPQRLES IRLKQEQKAR RSGNPSSLSD IGNRRSPPPS LAKQKQKQAE HVPPYDVVPS MRPVVLVGPS LKGYEVTDMM Q KALFDFLK ...文字列:
ESARREVESQ AQQQLERAKH KPVAFAVRTN VSYCGVLDEE CPVQGSGINF EAKDFLHIKE KYSNDWWIGR LVKEGGDIAF IPSPQRLES IRLKQEQKAR RSGNPSSLSD IGNRRSPPPS LAKQKQKQAE HVPPYDVVPS MRPVVLVGPS LKGYEVTDMM Q KALFDFLK HRFDGRISIT RVTADLSLAK RSVLNNPGKR TIIERSSARS SIAEVQSEIE RIFELAKSLQ LVVLDADTIN HP AQLAKTS LAPIIVFVKV SSPKVLQRLI RSRGKSQMKH LTVQMMAYDK LVQCPPESFD VILDENQLED ACEHLAEYLE VYW RATH

UniProtKB: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3

+
分子 #11: ER membrane protein complex subunit 4

分子名称: ER membrane protein complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.790051 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
RFKWAIELSG PGGGSRGRSD RGSGQGDSLY PVGYLDKQVP DTSVQETDRI LVEKRCWDIA LGPLKQIPMN LFIMYMAGNT ISIFPTMMV CMMAWRPIQA LMAISATFKM LESSSQKFLQ GLVYLIGNLM GLALAVYKCQ SMGLLPTHAS DWLAFIEPPE R MEFSGGGL LL

UniProtKB: ER membrane protein complex subunit 4

+
分子 #13: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #14: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...

分子名称: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: 9Z9
分子量理論値: 544.805 Da
Chemical component information

ChemComp-9Z9:
(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en / 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.7 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 46.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ww7


詳細: 6WW7 (PDB ID) and 7MIY (PDB ID) used to generate the startup model.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 487067
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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