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- EMDB-2832: Cryo-EM map of a mammalian 60S ribosome-nascent chain-tRNA comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2832
タイトルCryo-EM map of a mammalian 60S ribosome-nascent chain-tRNA complex with Listerin and NEMF
マップデータreconstruction of the rabbit 60S ribosomal subunit housing a defined nascent chain-P-site tRNA in complex with the E3 ligase Listerin and NEMF
試料
  • 試料: rabbit 60S ribosomal subunit housing an in vitro translated nascent chain attached to a P-site tRNA in complex with the E3 ligase Listerin and NEMF.
  • 複合体: 60S ribosomal subunit
  • RNA: transfer RNA
  • タンパク質・ペプチド: nascent chain
  • タンパク質・ペプチド: Listerin
  • タンパク質・ペプチド: NEMF
キーワードribosome-associated quality control / ubiquitin ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-aminoacyl-tRNA binding / CAT tailing / RQC complex / nuclear export / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ribosomal large subunit binding / protein autoubiquitination / cytosolic ribosome / rescue of stalled ribosome / RING-type E3 ubiquitin transferase ...alpha-aminoacyl-tRNA binding / CAT tailing / RQC complex / nuclear export / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ribosomal large subunit binding / protein autoubiquitination / cytosolic ribosome / rescue of stalled ribosome / RING-type E3 ubiquitin transferase / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity / protein-containing complex assembly / tRNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Listerin HEAT repeat region / NFACT protein, C-terminal / NFACT protein C-terminal domain / E3 ubiquitin-protein ligase listerin / Listerin, zinc finger, RING-type / : / : / : / E3 ubiquitin-protein ligase listerin, N-terminal domain ...: / Listerin HEAT repeat region / NFACT protein, C-terminal / NFACT protein C-terminal domain / E3 ubiquitin-protein ligase listerin / Listerin, zinc finger, RING-type / : / : / : / E3 ubiquitin-protein ligase listerin, N-terminal domain / LTN1 family HEAT repeat region / Ubiquitin conjugating domain-like / : / Zinc finger, RING-CH-type / The RING-variant domain is a C4HC3 zinc-finger like motif found in a number of cellular and viral proteins. Some of these proteins have been shown both in vivo and in vitro to have ubiquitin E3 ligase activity. / NFACT, RNA-binding domain / NFACT protein RNA binding domain / NFACT N-terminal and middle domains / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome quality control complex subunit NEMF / E3 ubiquitin-protein ligase listerin
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Sus scrofa (ブタ) / unidentified (未定義) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Shao S / Brown A / Santhanam B / Hegde RS
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2015
タイトル: Structure and assembly pathway of the ribosome quality control complex.
著者: Sichen Shao / Alan Brown / Balaji Santhanam / Ramanujan S Hegde /
要旨: During ribosome-associated quality control, stalled ribosomes are split into subunits and the 60S-housed nascent polypeptides are poly-ubiquitinated by Listerin. How this low-abundance ubiquitin ...During ribosome-associated quality control, stalled ribosomes are split into subunits and the 60S-housed nascent polypeptides are poly-ubiquitinated by Listerin. How this low-abundance ubiquitin ligase targets rare stall-generated 60S among numerous empty 60S is unknown. Here, we show that Listerin specificity for nascent chain-60S complexes depends on nuclear export mediator factor (NEMF). The 3.6 Å cryo-EM structure of a nascent chain-containing 60S-Listerin-NEMF complex revealed that NEMF makes multiple simultaneous contacts with 60S and peptidyl-tRNA to sense nascent chain occupancy. Structural and mutational analyses showed that ribosome-bound NEMF recruits and stabilizes Listerin's N-terminal domain, while Listerin's C-terminal RWD domain directly contacts the ribosome to position the adjacent ligase domain near the nascent polypeptide exit tunnel. Thus, highly specific nascent chain targeting by Listerin is imparted by the avidity gained from a multivalent network of context-specific individually weak interactions, highlighting a new principle of client recognition during protein quality control.
履歴
登録2014年12月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年1月21日-
マップ公開2015年1月21日-
更新2015年3月11日-
現状2015年3月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j92
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2832.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2832.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈reconstruction of the rabbit 60S ribosomal subunit housing a defined nascent chain-P-site tRNA in complex with the E3 ligase Listerin and NEMF
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 320 pix.
= 428.8 Å		1.34 Å/pix.
x 320 pix.
= 428.8 Å		1.34 Å/pix.
x 320 pix.
= 428.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.23654813 - 0.49433696
平均 (標準偏差)0.0025526 (±0.01947696)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 428.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z428.800428.800428.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-40-32-96
NX/NY/NZ8165193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.2370.4940.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : rabbit 60S ribosomal subunit housing an in vitro translated nasce...

全体名称: rabbit 60S ribosomal subunit housing an in vitro translated nascent chain attached to a P-site tRNA in complex with the E3 ligase Listerin and NEMF.
要素
  • 試料: rabbit 60S ribosomal subunit housing an in vitro translated nascent chain attached to a P-site tRNA in complex with the E3 ligase Listerin and NEMF.
  • 複合体: 60S ribosomal subunit
  • RNA: transfer RNA
  • タンパク質・ペプチド: nascent chain
  • タンパク質・ペプチド: Listerin
  • タンパク質・ペプチド: NEMF

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超分子 #1000: rabbit 60S ribosomal subunit housing an in vitro translated nasce...

超分子名称: rabbit 60S ribosomal subunit housing an in vitro translated nascent chain attached to a P-site tRNA in complex with the E3 ligase Listerin and NEMF.
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 5

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超分子 #1: 60S ribosomal subunit

超分子名称: 60S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No
Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S, LSU RNA 28S, LSU RNA 5.8S, LSU RNA 5S
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 細胞: reticulocyte / 細胞中の位置: cytosol
分子量理論値: 2.9 MDa

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分子 #1: transfer RNA

分子名称: transfer RNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: tRNA / 分類: OTHER / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 別称: pig
分子量理論値: 25 KDa

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分子 #2: nascent chain

分子名称: nascent chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: in vitro translated substrate / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 20 KDa

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分子 #3: Listerin

分子名称: Listerin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Ltn1, RNF160, ZNF294 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞中の位置: cytosol
分子量理論値: 200 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T / 組換プラスミド: pcDNA3.1
配列UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase listerin

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分子 #4: NEMF

分子名称: NEMF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
Name.synonym: nuclear export mediator factor, SDCCAG1, serologically defined colon cancer antigen 1
コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞中の位置: cytosol
分子量理論値: 120 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T / 組換プラスミド: pcDNA3.1
配列UniProtKB: Ribosome quality control complex subunit NEMF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Hepes, 100 mM KAc, 5 mM MgAc2, 1 mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil R2/2 on 400 mesh Cu grid with thin carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 59,000 times magnification
日付2014年4月30日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 30 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #2

Microscopy ID2
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 59,000 times magnification
日付2014年8月18日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 30 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細RELION movement correction processing
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, RELION / 使用した粒子像数: 63826

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4w1z
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera, Coot
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3j92:
Structure and assembly pathway of the ribosome quality control complex

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4w20
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera, Coot
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3j92:
Structure and assembly pathway of the ribosome quality control complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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