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- EMDB-2828: Structure of Mot1 in complex with TBP, NC2 and DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2828
タイトルStructure of Mot1 in complex with TBP, NC2 and DNA
マップデータNegative Stain reconstruction of the Mot1 TBP NC2 complex
試料
  • 試料: Mot1 in complex with TBP, NC2a, NC2b and DNA
  • タンパク質・ペプチド: Mot1
キーワードSwi/Snf2 / chromatin remodelling / TBP / ATPase
生物種Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Butryn A / Schuller JM / Stoehr G / Runge-Wollmann P / Foerster F / Auble DT / Hopfner K-P
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Structural basis for recognition and remodeling of the TBP:DNA:NC2 complex by Mot1.
著者: Agata Butryn / Jan M Schuller / Gabriele Stoehr / Petra Runge-Wollmann / Friedrich Förster / David T Auble / Karl-Peter Hopfner /
要旨: Swi2/Snf2 ATPases remodel substrates such as nucleosomes and transcription complexes to control a wide range of DNA-associated processes, but detailed structural information on the ATP-dependent ...Swi2/Snf2 ATPases remodel substrates such as nucleosomes and transcription complexes to control a wide range of DNA-associated processes, but detailed structural information on the ATP-dependent remodeling reactions is largely absent. The single subunit remodeler Mot1 (modifier of transcription 1) dissociates TATA box-binding protein (TBP):DNA complexes, offering a useful system to address the structural mechanisms of Swi2/Snf2 ATPases. Here, we report the crystal structure of the N-terminal domain of Mot1 in complex with TBP, DNA, and the transcription regulator negative cofactor 2 (NC2). Our data show that Mot1 reduces DNA:NC2 interactions and unbends DNA as compared to the TBP:DNA:NC2 state, suggesting that Mot1 primes TBP:NC2 displacement in an ATP-independent manner. Electron microscopy and cross-linking data suggest that the Swi2/Snf2 domain of Mot1 associates with the upstream DNA and the histone fold of NC2, thereby revealing parallels to some nucleosome remodelers. This study provides a structural framework for how a Swi2/Snf2 ATPase interacts with its substrate DNA:protein complex.
履歴
登録2014年11月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年1月21日-
マップ公開2015年8月26日-
更新2015年8月26日-
現状2015年8月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2828.tif

emd_2828.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2828.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative Stain reconstruction of the Mot1 TBP NC2 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.61 Å/pix.
x 150 pix.
= 241.5 Å		1.61 Å/pix.
x 150 pix.
= 241.5 Å		1.61 Å/pix.
x 150 pix.
= 241.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.61 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.04712194 - 0.15408267
平均 (標準偏差)0.00092478 (±0.01138391)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 241.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.611.611.61
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z241.500241.500241.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.0470.1540.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mot1 in complex with TBP, NC2a, NC2b and DNA

全体名称: Mot1 in complex with TBP, NC2a, NC2b and DNA
要素
  • 試料: Mot1 in complex with TBP, NC2a, NC2b and DNA
  • タンパク質・ペプチド: Mot1

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超分子 #1000: Mot1 in complex with TBP, NC2a, NC2b and DNA

超分子名称: Mot1 in complex with TBP, NC2a, NC2b and DNA / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: only the C-terminal part of Mot1 was used in the construct
Number unique components: 5

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分子 #1: Mot1

分子名称: Mot1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
組換発現組換細胞: Sf9

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 詳細: 20 mM MES pH, 60 mM KCl, 5 mM MgCl2 and 2 mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 1% w/v uranyl acetate for 20 seconds.
グリッド詳細: 200 mesh carbon support grid for negative stain
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
日付2014年1月28日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 144 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 160 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 62000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

詳細The particles were manually selected using e2boxer
CTF補正詳細: Micrograph level
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: XMIPP / 使用した粒子像数: 8192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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