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Yorodumi- PDB-4wzs: Crystal structure of the Mot1 N-terminal domain in complex with T... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wzs | ||||||
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Title | Crystal structure of the Mot1 N-terminal domain in complex with TBP and NC2 bound to a promoter DNA fragment | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / protein-DNA complex / Swi2/Snf2 | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative cofactor 2 complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / TBP-class protein binding / helicase activity / DNA-templated transcription initiation / transcription coregulator activity / protein heterodimerization activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity ...negative cofactor 2 complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / TBP-class protein binding / helicase activity / DNA-templated transcription initiation / transcription coregulator activity / protein heterodimerization activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Encephalitozoon cuniculi (fungus) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.78 Å | ||||||
Authors | Butryn, A. / Hopfner, K.-P. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2015 Title: Structural basis for recognition and remodeling of the TBP:DNA:NC2 complex by Mot1. Authors: Agata Butryn / Jan M Schuller / Gabriele Stoehr / Petra Runge-Wollmann / Friedrich Förster / David T Auble / Karl-Peter Hopfner / Abstract: Swi2/Snf2 ATPases remodel substrates such as nucleosomes and transcription complexes to control a wide range of DNA-associated processes, but detailed structural information on the ATP-dependent ...Swi2/Snf2 ATPases remodel substrates such as nucleosomes and transcription complexes to control a wide range of DNA-associated processes, but detailed structural information on the ATP-dependent remodeling reactions is largely absent. The single subunit remodeler Mot1 (modifier of transcription 1) dissociates TATA box-binding protein (TBP):DNA complexes, offering a useful system to address the structural mechanisms of Swi2/Snf2 ATPases. Here, we report the crystal structure of the N-terminal domain of Mot1 in complex with TBP, DNA, and the transcription regulator negative cofactor 2 (NC2). Our data show that Mot1 reduces DNA:NC2 interactions and unbends DNA as compared to the TBP:DNA:NC2 state, suggesting that Mot1 primes TBP:NC2 displacement in an ATP-independent manner. Electron microscopy and cross-linking data suggest that the Swi2/Snf2 domain of Mot1 associates with the upstream DNA and the histone fold of NC2, thereby revealing parallels to some nucleosome remodelers. This study provides a structural framework for how a Swi2/Snf2 ATPase interacts with its substrate DNA:protein complex. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wzs.cif.gz | 485.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4wzs.ent.gz | 393.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wzs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4wzs_validation.pdf.gz | 463.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4wzs_full_validation.pdf.gz | 468.5 KB | Display | |
Data in XML | 4wzs_validation.xml.gz | 36.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4wzs_validation.cif.gz | 50.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/4wzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/4wzs | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2828C 3oc3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 4 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 11173.392 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Encephalitozoon cuniculi (strain GB-M1) (fungus) Strain: GB-M1 / Gene: ECU11_1470 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8SQT6 |
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#2: Protein | Mass: 17730.896 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Encephalitozoon cuniculi (fungus) / Gene: ECU11_0730 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: M1K2J7 |
#3: Protein | Mass: 90408.359 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Encephalitozoon cuniculi (strain GB-M1) (fungus) Strain: GB-M1 / Gene: ECU03_1530 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q8SVZ5 |
#4: Protein | Mass: 22760.787 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Encephalitozoon cuniculi (strain GB-M1) (fungus) Strain: GB-M1 / Gene: ECU04_1440 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8ST28 |
-DNA chain , 2 types, 2 molecules EF
#5: DNA chain | Mass: 7176.630 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#6: DNA chain | Mass: 7563.890 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.1 / Details: 0.2M imidazole malate, PEG 4000 / PH range: 5.0-6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 2, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.78→49.17 Å / Num. obs: 17169 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 128.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.78→4 Å / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / % possible all: 93.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3OC3 Resolution: 3.78→49.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7009 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.6536 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.678
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Displacement parameters | Biso mean: 74.64 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.94 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.78→49.17 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.78→4.01 Å / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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