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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2825 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of worm hemoglobin | |||||||||
![]() | Lumbricus terrestris | |||||||||
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![]() | Lombricus / hemoglobin / heme | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å | |||||||||
![]() | De Carlo S / Matadeen R / van Heel M | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of worm hemoglobin 著者: De Carlo S | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 19.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 7 KB 7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 299.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 268.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 267.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Lumbricus terrestris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Worm Hemoglobin
全体 | 名称: Worm Hemoglobin |
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要素 |
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-超分子 #1000: Worm Hemoglobin
超分子 | 名称: Worm Hemoglobin / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One homo-dodecamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 3.5 MDa / 理論値: 3.5 MDa |
-分子 #1: Hemoglobin
分子 | 名称: Hemoglobin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Dodecamer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 3.5 MDa / 理論値: 3.5 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Zemlin Tableau |
詳細 | Parallel Illumination, NanoProbe |
日付 | 2012年6月22日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k) 平均電子線量: 17 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, 4D / 使用した粒子像数: 40000 |
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