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万見
- EMDB-28024: Dimerized Mediator PIC with early GTFs on a divergent promoter -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28024
タイトルDimerized Mediator PIC with early GTFs on a divergent promoter
マップデータDimerized Mediator PIC with early GTFs on a divergent promoter
試料
  • 複合体: Complex of Mediator, RNA Polymerase II, and general transcription factors (TFIIA, TFIIB, TBP, TFIIF, TFIIS) on a divergent promoter.
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 36.0 Å
データ登録者Palao III L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Structural basis of a transcription pre-initiation complex on a divergent promoter.
著者: Jose J Gorbea Colón / Leon Palao / Shin-Fu Chen / Hee Jong Kim / Laura Snyder / Yi-Wei Chang / Kuang-Lei Tsai / Kenji Murakami /
要旨: Most eukaryotic promoter regions are divergently transcribed. As the RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC) is intrinsically asymmetric and responsible for transcription in a single ...Most eukaryotic promoter regions are divergently transcribed. As the RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC) is intrinsically asymmetric and responsible for transcription in a single direction, it is unknown how divergent transcription arises. Here, the Saccharomyces cerevisiae Mediator complexed with a PIC (Med-PIC) was assembled on a divergent promoter and analyzed by cryoelectron microscopy. The structure reveals two distinct Med-PICs forming a dimer through the Mediator tail module, induced by a homodimeric activator protein localized near the dimerization interface. The tail dimer is associated with ∼80-bp upstream DNA, such that two flanking core promoter regions are positioned and oriented in a suitable form for PIC assembly in opposite directions. Also, cryoelectron tomography visualized the progress of the PIC assembly on the two core promoter regions, providing direct evidence for the role of the Med-PIC dimer in divergent transcription.
履歴
登録2022年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2023年3月8日-
現状2023年3月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28024.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28024.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Dimerized Mediator PIC with early GTFs on a divergent promoter
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.352 Å
密度
表面レベル登録者による: 140.0
最小 - 最大0.00048828125 - 255.00024
平均 (標準偏差)104.49863 (±12.406478)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 603.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_28024_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_28024_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Mediator, RNA Polymerase II, and general transcription...

全体名称: Complex of Mediator, RNA Polymerase II, and general transcription factors (TFIIA, TFIIB, TBP, TFIIF, TFIIS) on a divergent promoter.
要素
  • 複合体: Complex of Mediator, RNA Polymerase II, and general transcription factors (TFIIA, TFIIB, TBP, TFIIF, TFIIS) on a divergent promoter.

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超分子 #1: Complex of Mediator, RNA Polymerase II, and general transcription...

超分子名称: Complex of Mediator, RNA Polymerase II, and general transcription factors (TFIIA, TFIIB, TBP, TFIIF, TFIIS) on a divergent promoter.
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
80.0 mMCH3COOKPotassium Acetate
2.0 mM(CH3COO)2MgMagnesium Acetate

詳細: 20mM HEPES pH7.6, 2mM Magnesium Acetate, 80mM Potassium Acetate, 10nm gold beads
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 65 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM CPC
詳細Samples were chemically stabilized by fixation in glycerol gradients with increasing concentrations of glutaraldehyde (0-0.125%). Peak gradient fractions containing glutaraldhyde were quenched upon the addition of 50 mM glycine (pH 7.6) and 10nm gold beads were added before flash-freezing and storage under liquid nitrogen.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.95 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 53000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 36.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 819
抽出トモグラム数: 55 / 使用した粒子像数: 819 / ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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