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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28023 | |||||||||
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タイトル | Dimerized Mediator-PIC with early GTFs and TFIIE on a divergent promoter | |||||||||
マップデータ | Dimerized Mediator-PIC with early GTFs and TFIIE on a divergent promoter | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Palao III L | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023 タイトル: Structural basis of a transcription pre-initiation complex on a divergent promoter. 著者: Jose J Gorbea Colón / Leon Palao / Shin-Fu Chen / Hee Jong Kim / Laura Snyder / Yi-Wei Chang / Kuang-Lei Tsai / Kenji Murakami / 要旨: Most eukaryotic promoter regions are divergently transcribed. As the RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC) is intrinsically asymmetric and responsible for transcription in a single ...Most eukaryotic promoter regions are divergently transcribed. As the RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC) is intrinsically asymmetric and responsible for transcription in a single direction, it is unknown how divergent transcription arises. Here, the Saccharomyces cerevisiae Mediator complexed with a PIC (Med-PIC) was assembled on a divergent promoter and analyzed by cryoelectron microscopy. The structure reveals two distinct Med-PICs forming a dimer through the Mediator tail module, induced by a homodimeric activator protein localized near the dimerization interface. The tail dimer is associated with ∼80-bp upstream DNA, such that two flanking core promoter regions are positioned and oriented in a suitable form for PIC assembly in opposite directions. Also, cryoelectron tomography visualized the progress of the PIC assembly on the two core promoter regions, providing direct evidence for the role of the Med-PIC dimer in divergent transcription. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28023.map.gz | 4.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28023-v30.xml emd-28023.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28023_fsc.xml | 5.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28023.png | 32.8 KB | ||
その他 | emd_28023_half_map_1.map.gz emd_28023_half_map_2.map.gz | 4.2 MB 4.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28023 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28023 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28023_validation.pdf.gz | 596.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28023_full_validation.pdf.gz | 596.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28023_validation.xml.gz | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28023_validation.cif.gz | 13.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28023 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28023 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28023.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Dimerized Mediator-PIC with early GTFs and TFIIE on a divergent promoter | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.72 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_28023_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_28023_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of Mediator, RNA Polymerase II, and general transcription...
全体 | 名称: Complex of Mediator, RNA Polymerase II, and general transcription factors (TFIIA, TFIIB, TBP, TFIIF, TFIIS, TFIIE) on a divergent promoter. |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of Mediator, RNA Polymerase II, and general transcription...
超分子 | 名称: Complex of Mediator, RNA Polymerase II, and general transcription factors (TFIIA, TFIIB, TBP, TFIIF, TFIIS, TFIIE) on a divergent promoter. タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
詳細: 20mM HEPES pH7.6, 2mM Magnesium Acetate, 80mM Potassium Acetate, 10nm gold beads | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 65 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM CPC | ||||||||||||
詳細 | Samples were chemically stabilized by fixation in glycerol gradients with increasing concentrations of glutaraldehyde (0-0.125%). Peak gradient fractions containing glutaraldhyde were quenched upon the addition of 50 mM glycine (pH 7.6) and 10nm gold beads were added before flash-freezing and storage under liquid nitrogen. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.95 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 53000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |