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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27918 | |||||||||
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タイトル | Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 24 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG | |||||||||
マップデータ | Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 24 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Molodtsov V / Wang C / Ebright RH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Structural basis of Rho-dependent transcription termination. 著者: Vadim Molodtsov / Chengyuan Wang / Emre Firlar / Jason T Kaelber / Richard H Ebright / 要旨: Rho is a ring-shaped hexameric ATP-dependent molecular motor. Together with the transcription elongation factor NusG, Rho mediates factor-dependent transcription termination and transcription- ...Rho is a ring-shaped hexameric ATP-dependent molecular motor. Together with the transcription elongation factor NusG, Rho mediates factor-dependent transcription termination and transcription-translation-coupling quality control in Escherichia coli. Here we report the preparation of complexes that are functional in factor-dependent transcription termination from Rho, NusG, RNA polymerase (RNAP), and synthetic nucleic acid scaffolds, and we report cryogenic electron microscopy structures of the complexes. The structures show that functional factor-dependent pre-termination complexes contain a closed-ring Rho hexamer; have RNA threaded through the central channel of Rho; have 60 nucleotides of RNA interacting sequence-specifically with the exterior of Rho and 6 nucleotides of RNA interacting sequence-specifically with the central channel of Rho; have Rho oriented relative to RNAP such that ATP-dependent translocation by Rho exerts mechanical force on RNAP; and have NusG bridging Rho and RNAP. The results explain five decades of research on Rho and provide a foundation for understanding Rho's function. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Structural basis of Rho-dependent transcription termination 著者: Molodtsov V / Wang C / Firlar E / Kaelber JT / Ebright RH | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27918.map.gz | 166.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27918-v30.xml emd-27918.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27918.png | 40 KB | ||
その他 | emd_27918_half_map_1.map.gz emd_27918_half_map_2.map.gz | 171.7 MB 170.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27918 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27918 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27918.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 24 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half-map 1 Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex...
ファイル | emd_27918_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 24 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2 Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex...
ファイル | emd_27918_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 24 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination comp...
全体 | 名称: Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 24 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG |
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要素 |
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-超分子 #1: Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination comp...
超分子 | 名称: Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 24 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.25 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
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最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 270373 |