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- EMDB-27904: calcium channel -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27904
タイトルcalcium channel
マップデータcalcium channel
試料
  • 複合体: Cav1.1
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードCav1.1 / Channels / Calcium Ion-Selective / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / calcium ion import across plasma membrane / cellular response to caffeine / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol ...positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / calcium ion import across plasma membrane / cellular response to caffeine / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / muscle contraction / T-tubule / calcium ion transmembrane transport / sarcolemma / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, gamma-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin tight junction / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / VWA N-terminal / Voltage-dependent calcium channel, alpha-2/delta subunit, conserved region / : / VWA N-terminal ...Voltage-dependent calcium channel, gamma-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin tight junction / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / VWA N-terminal / Voltage-dependent calcium channel, alpha-2/delta subunit, conserved region / : / VWA N-terminal / Neuronal voltage-dependent calcium channel alpha 2acd / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / : / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S / Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 / Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gao S / Yao X / Yan N
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM130762 米国
引用ジャーナル: Cell / : 2022
タイトル: Structural basis for the severe adverse interaction of sofosbuvir and amiodarone on L-type Ca channels.
著者: Xia Yao / Shuai Gao / Jixin Wang / Zhangqiang Li / Jian Huang / Yan Wang / Zhifei Wang / Jiaofeng Chen / Xiao Fan / Weipeng Wang / Xueqin Jin / Xiaojing Pan / Yong Yu / Armando Lagrutta / Nieng Yan /
要旨: Drug-drug interaction of the antiviral sofosbuvir and the antiarrhythmics amiodarone has been reported to cause fatal heartbeat slowing. Sofosbuvir and its analog, MNI-1, were reported to potentiate ...Drug-drug interaction of the antiviral sofosbuvir and the antiarrhythmics amiodarone has been reported to cause fatal heartbeat slowing. Sofosbuvir and its analog, MNI-1, were reported to potentiate the inhibition of cardiomyocyte calcium handling by amiodarone, which functions as a multi-channel antagonist, and implicate its inhibitory effect on L-type Ca channels, but the molecular mechanism has remained unclear. Here we present systematic cryo-EM structural analysis of Ca1.1 and Ca1.3 treated with amiodarone or sofosbuvir alone, or sofosbuvir/MNI-1 combined with amiodarone. Whereas amiodarone alone occupies the dihydropyridine binding site, sofosbuvir is not found in the channel when applied on its own. In the presence of amiodarone, sofosbuvir/MNI-1 is anchored in the central cavity of the pore domain through specific interaction with amiodarone and directly obstructs the ion permeation path. Our study reveals the molecular basis for the physical, pharmacodynamic interaction of two drugs on the scaffold of Ca channels.
履歴
登録2022年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27904.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈calcium channel
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 280 pix.
= 311.92 Å
1.11 Å/pix.
x 280 pix.
= 311.92 Å
1.11 Å/pix.
x 280 pix.
= 311.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.114 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.1205695 - 0.19784331
平均 (標準偏差)-0.000035606685 (±0.0052007963)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 311.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_27904_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_27904_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Cav1.1

全体名称: Cav1.1
要素
  • 複合体: Cav1.1
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Cav1.1

超分子名称: Cav1.1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S

分子名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 212.240594 KDa
配列文字列: MEPSSPQDEG LRKKQPKKPL PEVLPRPPRA LFCLTLQNPL RKACISIVEW KPFETIILLT IFANCVALAV YLPMPEDDNN SLNLGLEKL EYFFLTVFSI EAAMKIIAYG FLFHQDAYLR SGWNVLDFII VFLGVFTAIL EQVNVIQSNT APMSSKGAGL D VKALRAFR ...文字列:
MEPSSPQDEG LRKKQPKKPL PEVLPRPPRA LFCLTLQNPL RKACISIVEW KPFETIILLT IFANCVALAV YLPMPEDDNN SLNLGLEKL EYFFLTVFSI EAAMKIIAYG FLFHQDAYLR SGWNVLDFII VFLGVFTAIL EQVNVIQSNT APMSSKGAGL D VKALRAFR VLRPLRLVSG VPSLQVVLNS IFKAMLPLFH IALLVLFMVI IYAIIGLELF KGKMHKTCYY IGTDIVATVE NE KPSPCAR TGSGRPCTIN GSECRGGWPG PNHGITHFDN FGFSMLTVYQ CITMEGWTDV LYWVNDAIGN EWPWIYFVTL ILL GSFFIL NLVLGVLSGE FTKEREKAKS RGTFQKLREK QQLEEDLRGY MSWITQGEVM DVEDLREGKL SLEEGGSDTE SLYE IEGLN KIIQFIRHWR QWNRVFRWKC HDLVKSRVFY WLVILIVALN TLSIASEHHN QPLWLTHLQD IANRVLLSLF TIEML LKMY GLGLRQYFMS IFNRFDCFVV CSGILELLLV ESGAMTPLGI SVLRCIRLLR LFKITKYWTS LSNLVASLLN SIRSIA SLL LLLFLFIIIF ALLGMQLFGG RYDFEDTEVR RSNFDNFPQA LISVFQVLTG EDWNSVMYNG IMAYGGPSYP GVLVCIY FI ILFVCGNYIL LNVFLAIAVD NLAEAESLTS AQKAKAEERK RRKMSRGLPD KTEEEKSVMA KKLEQKPKGE GIPTTAKL K VDEFESNVNE VKDPYPSADF PGDDEEDEPE IPVSPRPRPL AELQLKEKAV PIPEASSFFI FSPTNKVRVL CHRIVNATW FTNFILLFIL LSSAALAAED PIRAESVRNQ ILGYFDIAFT SVFTVEIVLK MTTYGAFLHK GSFCRNYFNI LDLLVVAVSL ISMGLESST ISVVKILRVL RVLRPLRAIN RAKGLKHVVQ CVFVAIRTIG NIVLVTTLLQ FMFACIGVQL FKGKFFSCND L SKMTEEEC RGYYYVYKDG DPTQMELRPR QWIHNDFHFD NVLSAMMSLF TVSTFEGWPQ LLYRAIDSNE EDMGPVYNNR VE MAIFFII YIILIAFFMM NIFVGFVIVT FQEQGETEYK NCELDKNQRQ CVQYALKARP LRCYIPKNPY QYQVWYVVTS SYF EYLMFA LIMLNTICLG MQHYHQSEEM NHISDILNVA FTIIFTLEMI LKLLAFKARG YFGDPWNVFD FLIVIGSIID VILS EIDTF LASSGGLYCL GGGCGNVDPD ESARISSAFF RLFRVMRLIK LLSRAEGVRT LLWTFIKSFQ ALPYVALLIV MLFFI YAVI GMQMFGKIAL VDGTQINRNN NFQTFPQAVL LLFRCATGEA WQEILLACSY GKLCDPESDY APGEEYTCGT NFAYYY FIS FYMLCAFLII NLFVAVIMDN FDYLTRDWSI LGPHHLDEFK AIWAEYDPEA KGRIKHLDVV TLLRRIQPPL GFGKFCP HR VACKRLVGMN MPLNSDGTVT FNATLFALVR TALKIKTEGN FEQANEELRA IIKKIWKRTS MKLLDQVIPP IGDDEVTV G KFYATFLIQE HFRKFMKRQE EYYGYRPKKD TVQIQAGLRT IEEEAAPEIR RTISGDLTAE EELERAMVEA AMEERIFRR TGGLFGQVDT FLERTNSLPP VMANQRPLQF AEIEMEELES PVFLEDFPQD ARTNPLARAN TNNANANVAY GNSNHSNNQM FSSVHCERE FPGEAETPAA GRGALSHSHR ALGPHSKPCA GKLNGQLVQP GMPINQAPPA PCQQPSTDPP ERGQRRTSLT G SLQDEAPQ RRSSEGSTPR RPAPATALLI QEALVRGGLD TLAADAGFVT ATSQALADAC QMEPEEVEVA ATELLKARES VQ GMASVPG SLSRRSSLGS LDQVQGSQET LIPPRP

UniProtKB: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S

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分子 #2: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit

分子名称: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 25.082254 KDa
配列文字列: MSPTEAPKVR VTLFCILVGI VLAMTAVVSD HWAVLSPHME NHNTTCEAAH FGLWRICTKR IALGEDRSCG PITLPGEKNC SYFRHFNPG ESSEIFEFTT QKEYSISAAA ISVFSLGFLI MGTICALMAF RKKRDYLLRP ASMFYVFAGL CLFVSLEVMR Q SVKRMIDS ...文字列:
MSPTEAPKVR VTLFCILVGI VLAMTAVVSD HWAVLSPHME NHNTTCEAAH FGLWRICTKR IALGEDRSCG PITLPGEKNC SYFRHFNPG ESSEIFEFTT QKEYSISAAA ISVFSLGFLI MGTICALMAF RKKRDYLLRP ASMFYVFAGL CLFVSLEVMR Q SVKRMIDS EDTVWIEYYY SWSFACACAA FVLLFLGGIS LLLFSLPRMP QNPWESCMDA EPEH

UniProtKB: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit

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分子 #3: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

分子名称: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 125.169984 KDa
配列文字列: MAAGRPLAWT LTLWQAWLIL IGPSSEEPFP SAVTIKSWVD KMQEDLVTLA KTASGVHQLV DIYEKYQDLY TVEPNNARQL VEIAARDIE KLLSNRSKAL VRLALEAEKV QAAHQWREDF ASNEVVYYNA KDDLDPEKND SEPGSQRIKP VFIDDANFRR Q VSYQHAAV ...文字列:
MAAGRPLAWT LTLWQAWLIL IGPSSEEPFP SAVTIKSWVD KMQEDLVTLA KTASGVHQLV DIYEKYQDLY TVEPNNARQL VEIAARDIE KLLSNRSKAL VRLALEAEKV QAAHQWREDF ASNEVVYYNA KDDLDPEKND SEPGSQRIKP VFIDDANFRR Q VSYQHAAV HIPTDIYEGS TIVLNELNWT SALDDVFKKN REEDPSLLWQ VFGSATGLAR YYPASPWVDN SRTPNKIDLY DV RRRPWYI QGAASPKDML ILVDVSGSVS GLTLKLIRTS VSEMLETLSD DDFVNVASFN SNAQDVSCFQ HLVQANVRNK KVL KDAVNN ITAKGITDYK KGFSFAFEQL LNYNVSRANC NKIIMLFTDG GEERAQEIFA KYNKDKKVRV FTFSVGQHNY DRGP IQWMA CENKGYYYEI PSIGAIRINT QEYLDVLGRP MVLAGDKAKQ VQWTNVYLDA LELGLVITGT LPVFNITGQF ENKTN LKNQ LILGVMGVDV SLEDIKRLTP RFTLCPNGYY FAIDPNGYVL LHPNLQPKPI GVGIPTINLR KRRPNVQNPK SQEPVT LDF LDAELENDIK VEIRNKMIDG ESGEKTFRTL VKSQDERYID KGNRTYTWTP VNGTDYSSLA LVLPTYSFYY IKAKIEE TI TQARYSETLK PDNFEESGYT FLAPRDYCSD LKPSDNNTEF LLNFNEFIDR KTPNNPSCNT DLINRVLLDA GFTNELVQ N YWSKQKNIKG VKARFVVTDG GITRVYPKEA GENWQENPET YEDSFYKRSL DNDNYVFTAP YFNKSGPGAY ESGIMVSKA VEIYIQGKLL KPAVVGIKID VNSWIENFTK TSIRDPCAGP VCDCKRNSDV MDCVILDDGG FLLMANHDDY TNQIGRFFGE IDPSLMRHL VNISVYAFNK SYDYQSVCEP GAAPKQGAGH RSAYVPSIAD ILQIGWWATA AAWSILQQFL LSLTFPRLLE A ADMEDDDF TASMSKQSCI TEQTQYFFDN DSKSFSGVLD CGNCSRIFHV EKLMNTNLIF IMVESKGTCP CDTRLLIQAE QT SDGPDPC DMVKQPRYRK GPDVCFDNNV LEDYTDCGGV SGLNPSLWSI IGIQFVLLWL VSGSRHCLL

UniProtKB: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

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分子 #7: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / : CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #8: (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodo...

分子名称: (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / : BBI
分子量理論値: 645.312 Da
Chemical component information

ChemComp-BBI:
(2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone / アミオダロン / 薬剤, 抗不整脈薬*YM

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分子 #9: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / : 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 7 / : NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm
最小 デフォーカス(公称値): 1.9000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 400307
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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