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- EMDB-27897: Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27897
タイトルEscherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG
マップデータEscherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG
試料
  • 複合体: Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Molodtsov V / Wang C / Ebright RH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structural basis of Rho-dependent transcription termination.
著者: Vadim Molodtsov / Chengyuan Wang / Emre Firlar / Jason T Kaelber / Richard H Ebright /
要旨: Rho is a ring-shaped hexameric ATP-dependent molecular motor. Together with the transcription elongation factor NusG, Rho mediates factor-dependent transcription termination and transcription- ...Rho is a ring-shaped hexameric ATP-dependent molecular motor. Together with the transcription elongation factor NusG, Rho mediates factor-dependent transcription termination and transcription-translation-coupling quality control in Escherichia coli. Here we report the preparation of complexes that are functional in factor-dependent transcription termination from Rho, NusG, RNA polymerase (RNAP), and synthetic nucleic acid scaffolds, and we report cryogenic electron microscopy structures of the complexes. The structures show that functional factor-dependent pre-termination complexes contain a closed-ring Rho hexamer; have RNA threaded through the central channel of Rho; have 60 nucleotides of RNA interacting sequence-specifically with the exterior of Rho and 6 nucleotides of RNA interacting sequence-specifically with the central channel of Rho; have Rho oriented relative to RNAP such that ATP-dependent translocation by Rho exerts mechanical force on RNAP; and have NusG bridging Rho and RNAP. The results explain five decades of research on Rho and provide a foundation for understanding Rho's function.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural basis of Rho-dependent transcription termination
著者: Molodtsov V / Wang C / Firlar E / Kaelber JT / Ebright RH
履歴
登録2022年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月7日-
マップ公開2022年9月7日-
更新2023年2月22日-
現状2023年2月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27897.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27897.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 398.592 Å		1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 398.592 Å		1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 398.592 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.038 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0036
最小 - 最大-0.0035137997 - 0.024570514
平均 (標準偏差)0.00021365302 (±0.0014020518)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 398.59198 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18...

ファイルemd_27897_half_map_1.map
注釈Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18...

ファイルemd_27897_half_map_2.map
注釈Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination comp...

全体名称: Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG
要素
  • 複合体: Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG

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超分子 #1: Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination comp...

超分子名称: Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 28.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15936
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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