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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Purification of Enterovirus A71, strain 4643, WT capsid | |||||||||
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![]() | enterovirus / thermostability / capsid / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å | |||||||||
![]() | Catching A / Capponi S / Andino R | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A tradeoff between enterovirus A71 particle stability and cell entry. 著者: Adam Catching / Ming Te Yeh / Simone Bianco / Sara Capponi / Raul Andino / ![]() 要旨: A central role of viral capsids is to protect the viral genome from the harsh extracellular environment while facilitating initiation of infection when the virus encounters a target cell. Viruses are ...A central role of viral capsids is to protect the viral genome from the harsh extracellular environment while facilitating initiation of infection when the virus encounters a target cell. Viruses are thought to have evolved an optimal equilibrium between particle stability and efficiency of cell entry. In this study, we genetically perturb this equilibrium in a non-enveloped virus, enterovirus A71 to determine its structural basis. We isolate a single-point mutation variant with increased particle thermotolerance and decreased efficiency of cell entry. Using cryo-electron microscopy and molecular dynamics simulations, we determine that the thermostable native particles have acquired an expanded conformation that results in a significant increase in protein dynamics. Examining the intermediate states of the thermostable variant reveals a potential pathway for uncoating. We propose a sequential release of the lipid pocket factor, followed by internal VP4 and ultimately the viral RNA. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 37.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.1 KB 19.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 122.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 1.1 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 49.3 MB 49.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8e2yMC ![]() 8e2xC ![]() 8e31C ![]() 8e38C ![]() 8e39C ![]() 8e3aC ![]() 8e3bC ![]() 8e3cC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.44 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27851_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27851_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Human enterovirus 71
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Human enterovirus 71
超分子 | 名称: Human enterovirus 71 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 39054 / 生物種: Human enterovirus 71 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: VP1
分子 | 名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 25.366764 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: SHSTAETTLD SFFSRAGLVG EIDLPLEGTT NPNGYANWDI DITGYAQMRR KVELFTYMRF DAEFTFVACT PTGQVVPQLL QYMFVPPGA PKPDSRESLA WQTATNPSVF VKLSDPPAQV SVPFMSPASA YQWFYDGYPT FGEHKQEKDL EYGACPNNMM G TFSVRTVG ...文字列: SHSTAETTLD SFFSRAGLVG EIDLPLEGTT NPNGYANWDI DITGYAQMRR KVELFTYMRF DAEFTFVACT PTGQVVPQLL QYMFVPPGA PKPDSRESLA WQTATNPSVF VKLSDPPAQV SVPFMSPASA YQWFYDGYPT FGEHKQEKDL EYGACPNNMM G TFSVRTVG TSKSKYPLVI RIYMRMKHVR AWIPRPMRNQ NYLFKANPNY AGNFIKPTGA SRTAITT UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 25.803088 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: LTIGNSTITT QEAANIIVGY GEWPSYCSDS DATAVDKPTR PDVSVNRFYT LDTKLWEKSS KGWYWKFPDV LTETGVFGQN AQFHYLYRS GFCIHVQCNA SKFHQGALLV AVLPEYVIGT VAGGTGTEDS HPPYKQTQPG ADGFELQHPY VLDAGIPISQ L TVCPHQWI ...文字列: LTIGNSTITT QEAANIIVGY GEWPSYCSDS DATAVDKPTR PDVSVNRFYT LDTKLWEKSS KGWYWKFPDV LTETGVFGQN AQFHYLYRS GFCIHVQCNA SKFHQGALLV AVLPEYVIGT VAGGTGTEDS HPPYKQTQPG ADGFELQHPY VLDAGIPISQ L TVCPHQWI NLRTNNCATI IVPYINALPF DSALNHCNFG LLVVPISPLD YDQGATPVIP ITITLAPMCS EFAGLRQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 25.811473 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GFPTELKPGT NQFLTTDDGV SAPILPNFHP TPCIHIPGEV RNLLELCQVE TILEVNNVPT NATSLMERLR FPVSAQAGKG ELCAVFRAD PGRSGPWQST LLGQLCGYYT QWSGSLEVTF MFTGSFMATG KMLIAYTPPG GPLPKDRATA MLGTHVIWDF G LQSSVTLV ...文字列: GFPTELKPGT NQFLTTDDGV SAPILPNFHP TPCIHIPGEV RNLLELCQVE TILEVNNVPT NATSLMERLR FPVSAQAGKG ELCAVFRAD PGRSGPWQST LLGQLCGYYT QWSGSLEVTF MFTGSFMATG KMLIAYTPPG GPLPKDRATA MLGTHVIWDF G LQSSVTLV IPWISNTHYR AHARDGVFDY YTTGLVSIWY QTNYVVPIGA PNTAYIIALA AAQKNFTMQL CKDASDIL UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 6000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 64.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 45000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |