EMDB-27803: Complex between MLL1-WRAD and an H2B-ubiquitinated nucleosome- State 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-27803

タイトル

Complex between MLL1-WRAD and an H2B-ubiquitinated nucleosome- State 3

マップデータ

試料

複合体: MLL1 WRAD complex bound to the ubiquitinated nucleosome
- 複合体: MLL1 WRAD complex
- 複合体: nucleosome

生物種

Homo sapiens (ヒト) /

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.65 Å

データ登録者

Niklas HA / Rahman S / Worden EJ / Wolberger C

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Multistate structures of the MLL1-WRAD complex bound to H2B-ubiquitinated nucleosome.
著者: Rahman S / Hoffmann NA / Worden EJ / Smith ML / Namitz KEW / Knutson BA / Cosgrove MS / Wolberger C

履歴

登録	2022年8月8日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年9月21日	-
マップ公開	2022年9月21日	-
更新	2022年9月28日	-
現状	2022年9月28日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_27803.map.gz	8.3 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-27803-v30.xml emd-27803.xml	16.2 KB 16.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_27803_fsc.xml	10.7 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_27803.png	51.6 KB
マスクデータ	emd_27803_msk_1.map	103 MB		マスクマップ
その他	emd_27803_additional_1.map.gz emd_27803_half_map_1.map.gz emd_27803_half_map_2.map.gz	80.5 MB 80.8 MB 80.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27803 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27803	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_27803_validation.pdf.gz	682 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_27803_full_validation.pdf.gz	681.6 KB	表示
XML形式データ	emd_27803_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	emd_27803_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27803 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27803	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	26454C 27715C 27802C 7ud5C 8du4C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_27803.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.058 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.00656
最小 - 最大	-0.011216117 - 0.032737173
平均 (標準偏差)	0.00015074392 (±0.0012513058)

対称性

空間群: 1

詳細

-
全体 : MLL1 WRAD complex bound to the ubiquitinated nucleosome

全体	名称: MLL1 WRAD complex bound to the ubiquitinated nucleosome
要素	複合体: MLL1 WRAD complex bound to the ubiquitinated nucleosome 複合体: MLL1 WRAD complex 複合体: nucleosome

-
超分子 #1: MLL1 WRAD complex bound to the ubiquitinated nucleosome

超分子	名称: MLL1 WRAD complex bound to the ubiquitinated nucleosome タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0

-
超分子 #2: MLL1 WRAD complex

超分子	名称: MLL1 WRAD complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現	生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
超分子 #3: nucleosome

超分子	名称: nucleosome / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)	生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現	生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 5091 / 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: 8140 詳細: rescaled and low pass-filtered to 60A
最終再構成	使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 56526
初期角度割当	タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : MLL1 WRAD complex bound to the ubiquitinated nucleosome

-
超分子 #1: MLL1 WRAD complex bound to the ubiquitinated nucleosome

-
超分子 #2: MLL1 WRAD complex

-
超分子 #3: nucleosome

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-マップ

-添付データ

-試料の構成要素

-全体 : MLL1 WRAD complex bound to the ubiquitinated nucleosome

-超分子 #1: MLL1 WRAD complex bound to the ubiquitinated nucleosome

-超分子 #2: MLL1 WRAD complex

-超分子 #3: nucleosome

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

-画像解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : MLL1 WRAD complex bound to the ubiquitinated nucleosome

-
超分子 #1: MLL1 WRAD complex bound to the ubiquitinated nucleosome

-
超分子 #2: MLL1 WRAD complex

-
超分子 #3: nucleosome

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)