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万見- EMDB-27701: Focused map (monomer A) for Arabidopsis SPY in complex with GDP-fucose -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27701 | |||||||||
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タイトル | Focused map (monomer A) for Arabidopsis SPY in complex with GDP-fucose | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | O-Fucosyltransferase / PLANT PROTEIN | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Kumar S / Zhou Y / Dillard L / Borgnia MJ / Bartesaghi A / Zhou P | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure and dynamics of the Arabidopsis O-fucosyltransferase SPINDLY. 著者: Shivesh Kumar / Yan Wang / Ye Zhou / Lucas Dillard / Fay-Wei Li / Carly A Sciandra / Ning Sui / Rodolfo Zentella / Emily Zahn / Jeffrey Shabanowitz / Donald F Hunt / Mario J Borgnia / Alberto ...著者: Shivesh Kumar / Yan Wang / Ye Zhou / Lucas Dillard / Fay-Wei Li / Carly A Sciandra / Ning Sui / Rodolfo Zentella / Emily Zahn / Jeffrey Shabanowitz / Donald F Hunt / Mario J Borgnia / Alberto Bartesaghi / Tai-Ping Sun / Pei Zhou / 要旨: SPINDLY (SPY) in Arabidopsis thaliana is a novel nucleocytoplasmic protein O-fucosyltransferase (POFUT), which regulates diverse developmental processes. Sequence analysis indicates that SPY is ...SPINDLY (SPY) in Arabidopsis thaliana is a novel nucleocytoplasmic protein O-fucosyltransferase (POFUT), which regulates diverse developmental processes. Sequence analysis indicates that SPY is distinct from ER-localized POFUTs and contains N-terminal tetratricopeptide repeats (TPRs) and a C-terminal catalytic domain resembling the O-linked-N-acetylglucosamine (GlcNAc) transferases (OGTs). However, the structural feature that determines the distinct enzymatic selectivity of SPY remains unknown. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of SPY and its complex with GDP-fucose, revealing distinct active-site features enabling GDP-fucose instead of UDP-GlcNAc binding. SPY forms an antiparallel dimer instead of the X-shaped dimer in human OGT, and its catalytic domain interconverts among multiple conformations. Analysis of mass spectrometry, co-IP, fucosylation activity, and cryo-EM data further demonstrates that the N-terminal disordered peptide in SPY contains trans auto-fucosylation sites and inhibits the POFUT activity, whereas TPRs 1-5 dynamically regulate SPY activity by interfering with protein substrate binding. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27701.map.gz | 118 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27701-v30.xml emd-27701.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27701_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27701.png | 49.3 KB | ||
マスクデータ | emd_27701_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_27701_half_map_1.map.gz emd_27701_half_map_2.map.gz | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27701 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27701 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27701_validation.pdf.gz | 759.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27701_full_validation.pdf.gz | 759.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27701_validation.xml.gz | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27701_validation.cif.gz | 23.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27701 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27701 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27701.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_27701_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27701_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27701_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SPY GDP-fucose complex
全体 | 名称: SPY GDP-fucose complex |
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要素 |
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-超分子 #1: SPY GDP-fucose complex
超分子 | 名称: SPY GDP-fucose complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: SPY GDP-fucose complex
分子 | 名称: SPY GDP-fucose complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
配列 | 文字列: MVGLEDDTER ERSPVVENGF SNGSRSSSSS AGVLSPSRKV TQGNDTLSYA NILRARNKFA DALALYEAML EKDSKNVEAH IGKGICLQTQ NKGNLAFDCF SEAIRLDPHN ACALTHCGIL HKEEGRLVEA AESYQKALMA DASYKPAAEC LAIVLTDLGT SLKLAGNTQE ...文字列: MVGLEDDTER ERSPVVENGF SNGSRSSSSS AGVLSPSRKV TQGNDTLSYA NILRARNKFA DALALYEAML EKDSKNVEAH IGKGICLQTQ NKGNLAFDCF SEAIRLDPHN ACALTHCGIL HKEEGRLVEA AESYQKALMA DASYKPAAEC LAIVLTDLGT SLKLAGNTQE GIQKYYEALK IDPHYAPAYY NLGVVYSEMM QYDNALSCYE KAALERPMYA EAYCNMGVIY KNRGDLEMAI TCYERCLAVS PNFEIAKNNM AIALTDLGTK VKLEGDVTQG VAYYKKALYY NWHYADAMYN LGVAYGEMLK FDMAIVFYEL AFHFNPHCAE ACNNLGVLYK DRDNLDKAVE CYQMALSIKP NFAQSLNNLG VVYTVQGKMD AAASMIEKAI LANPTYAEAF NNLGVLYRDA GNITMAIDAY EECLKIDPDS RNAGQNRLLA MNYINEGLDD KLFEAHRDWG WRFTRLHPQY TSWDNLKDPE RPITIGYISP DFFTHSVSYF IEAPLTHHDY TKYKVVVYSA VVKADAKTYR FRDKVLKKGG VWKDIYGIDE KKIASMVRED KIDILVELTG HTANNKLGTM ACRPAPVQVT WIGYPNTTGL PTVDYRITDS LADPPDTKQK QVEELVRLPD CFLCYTPSPE AGPVCPTPAL SNGFVTFGSF NNLAKITPKV LQVWARILCA VPNSRLVVKC KPFCCDSIRQ RFLTTLEQLG LESKRVDLLP LILFNHDHMQ AYSLMDISLD TFPYAGTTTT CESLYMGVPC VTMAGSVHAH NVGVSLLTKV GLGHLVAKNE DEYVQLSVDL ASDVTALSKL RMSLRDLMAG SPVCNGPSFA VGLESAYRNM WKKYCKGEVP SLRRMEMLQK EVHDDPLISK DLGPSRVSVT GEATPSLKAN GSAPVPSSLP TQSPQLSKRM DSTSGGSENL YFQGGSHHHH HHHHHHGGWS HPQFEK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 40 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 289.15 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 52.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |