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万見
- PDB-8dti: Cryo-EM structure of Arabidopsis SPY in complex with GDP-fucose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dti
タイトルCryo-EM structure of Arabidopsis SPY in complex with GDP-fucose
要素Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY
キーワードTRANSFERASE / O-fucosyltransferase / SPY
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / protein N-acetylglucosaminyltransferase activity / protein O-linked fucosylation / peptide-O-fucosyltransferase / gibberellic acid mediated signaling pathway / peptide-O-fucosyltransferase activity / cytokinin-activated signaling pathway / RNA polymerase II C-terminal domain S5 O-GlcNAc transferase activity / RNA polymerase II C-terminal domain S7 O-GlcNAc transferase activity / protein O-GlcNAc transferase ...negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / protein N-acetylglucosaminyltransferase activity / protein O-linked fucosylation / peptide-O-fucosyltransferase / gibberellic acid mediated signaling pathway / peptide-O-fucosyltransferase activity / cytokinin-activated signaling pathway / RNA polymerase II C-terminal domain S5 O-GlcNAc transferase activity / RNA polymerase II C-terminal domain S7 O-GlcNAc transferase activity / protein O-GlcNAc transferase / flower development / regulation of reactive oxygen species metabolic process / rhythmic process / cell differentiation / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Sel1-like repeat / Sel1-like repeats. / O-GlcNAc transferase, C-terminal / Glycosyl transferase family 41 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. ...: / Sel1-like repeat / Sel1-like repeats. / O-GlcNAc transferase, C-terminal / Glycosyl transferase family 41 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-BETA-L-FUCOPYRANOSE / Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Kumar, S. / Zhou, Y. / Dillard, L. / Borgnia, M.J. / Bartesaghi, A. / Zhou, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the full length Arabidopsis SPY with complete TPRs
著者: Kumar, S. / Zhou, Y.
履歴
登録2022年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年3月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年3月8日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年3月8日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年3月8日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年3月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年3月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22025年5月28日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY
B: Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,7364
ポリマ－210,5582
非ポリマー1,1792
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY / SPY / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase SPINDLY


分子量: 105278.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SPY, At3g11540, F24K9.29
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96301, protein O-GlcNAc transferase, peptide-O-fucosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GFB / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-BETA-L-FUCOPYRANOSE / GDP-フコ-ス


分子量: 589.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SPY in complex with GDP-fucose / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 52.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Latitude画像取得
8PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 182947 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039687
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.50113262
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.5011399
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381521
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031702

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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