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万見
- EMDB-27689: Sub-tomogram average of pro-meprin alpha supercoiled filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27689
タイトルSub-tomogram average of pro-meprin alpha supercoiled filament
マップデータFull reconstruction (unsharpened, masked, filtered to global 0.143 FSC)
試料
  • 複合体: Roughly 12 subunits of helical meprin alpha in the zymogen state
    • タンパク質・ペプチド: Pro-meprin alpha
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.7 Å
データ登録者Bayly-Jones C / Lupton CJ / Fritz C / Schlenzig D / Whisstock JC
資金援助 ドイツ, オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
German Federal Ministry for Education and Research ドイツ
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Helical ultrastructure of the metalloprotease meprin α in complex with a small molecule inhibitor.
著者: Charles Bayly-Jones / Christopher J Lupton / Claudia Fritz / Hariprasad Venugopal / Daniel Ramsbeck / Michael Wermann / Christian Jäger / Alex de Marco / Stephan Schilling / Dagmar Schlenzig ...著者: Charles Bayly-Jones / Christopher J Lupton / Claudia Fritz / Hariprasad Venugopal / Daniel Ramsbeck / Michael Wermann / Christian Jäger / Alex de Marco / Stephan Schilling / Dagmar Schlenzig / James C Whisstock /
要旨: The zinc-dependent metalloprotease meprin α is predominantly expressed in the brush border membrane of proximal tubules in the kidney and enterocytes in the small intestine and colon. In normal ...The zinc-dependent metalloprotease meprin α is predominantly expressed in the brush border membrane of proximal tubules in the kidney and enterocytes in the small intestine and colon. In normal tissue homeostasis meprin α performs key roles in inflammation, immunity, and extracellular matrix remodelling. Dysregulated meprin α is associated with acute kidney injury, sepsis, urinary tract infection, metastatic colorectal carcinoma, and inflammatory bowel disease. Accordingly, meprin α is the target of drug discovery programs. In contrast to meprin β, meprin α is secreted into the extracellular space, whereupon it oligomerises to form giant assemblies and is the largest extracellular protease identified to date (~6 MDa). Here, using cryo-electron microscopy, we determine the high-resolution structure of the zymogen and mature form of meprin α, as well as the structure of the active form in complex with a prototype small molecule inhibitor and human fetuin-B. Our data reveal that meprin α forms a giant, flexible, left-handed helical assembly of roughly 22 nm in diameter. We find that oligomerisation improves proteolytic and thermal stability but does not impact substrate specificity or enzymatic activity. Furthermore, structural comparison with meprin β reveal unique features of the active site of meprin α, and helical assembly more broadly.
履歴
登録2022年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月2日-
マップ公開2022年11月2日-
更新2022年11月2日-
現状2022年11月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27689.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27689.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full reconstruction (unsharpened, masked, filtered to global 0.143 FSC)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.5 Å/pix.
x 96 pix.
= 432. Å		4.5 Å/pix.
x 96 pix.
= 432. Å		4.5 Å/pix.
x 96 pix.
= 432. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 10.0
最小 - 最大-5.5980372 - 35.001602
平均 (標準偏差)0.5763155 (±3.5500755)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 432.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27689_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer sharpened map (wide mode)

ファイルemd_27689_additional_1.map
注釈DeepEMhancer sharpened map (wide mode)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: B-factor sharpened map (Relion)

ファイルemd_27689_additional_2.map
注釈B-factor sharpened map (Relion)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of 2

ファイルemd_27689_half_map_1.map
注釈Half map 1 of 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of 2

ファイルemd_27689_half_map_2.map
注釈Half map 2 of 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Roughly 12 subunits of helical meprin alpha in the zymogen state

全体名称: Roughly 12 subunits of helical meprin alpha in the zymogen state
要素
  • 複合体: Roughly 12 subunits of helical meprin alpha in the zymogen state
    • タンパク質・ペプチド: Pro-meprin alpha

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超分子 #1: Roughly 12 subunits of helical meprin alpha in the zymogen state

超分子名称: Roughly 12 subunits of helical meprin alpha in the zymogen state
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Sub-tomogram average of a ~12 subunit region of recombinant, secreted helical pro-meprin alpha
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Drosophila (ハエ) / 組換細胞: Schneider-2 / 組換プラスミド: pMT/BiP/V5
分子量理論値: 85 kDa/nm

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分子 #1: Pro-meprin alpha

分子名称: Pro-meprin alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: WSHPQFEKVP IKYLPEENVH DADFGEQKDI SEINLAAGLD LFQGDIL LQ KSRNGLRDPN TRWTFPIPYI LADNLGLNAK GAILYAFEMF RLKSCVDFKP YEGESSYI I FQQFDGCWSE VGDQHVGQNI SIGQGCAYKA IIEHEILHAL GFYHEQSRTD RDDYVNIWW ...文字列:
WSHPQFEKVP IKYLPEENVH DADFGEQKDI SEINLAAGLD LFQGDIL LQ KSRNGLRDPN TRWTFPIPYI LADNLGLNAK GAILYAFEMF RLKSCVDFKP YEGESSYI I FQQFDGCWSE VGDQHVGQNI SIGQGCAYKA IIEHEILHAL GFYHEQSRTD RDDYVNIWW DQILSGYQHN FDTYDDSLIT DLNTPYDYES LMHYQPFSFN KNASVPTITA KIPEFNSIIG QRLDFSAID LERLNRMYNC TTTHTLLDHC TFEKANICGM IQGTRDDTDW AHQDSAQAGE V DHTLLGQC TGAGYFMQFS TSSGSAEEAA LLESRILYPK RKQQCLQFFY KMTGSPSDRL VV WVRRDDS TGNVRKLVKV QTFQGDDDHN WKIAHVVLKE EQKFRYLFQG TKGDPQNSTG GIY LDDITL TETPCPTGVW TVRNFSQVLE NTSKGDKLQS PRFYNSEGYG FGVTLYPNSR ESSG YLRLA FHVCSGENDA ILEWPVENRQ VIITILDQEP DVRNRMSSSM VFTTSKSHTS PAIND TVIW DRPSRVGTYH TDCNCFRSID LGWSGFISHQ MLKRRSFLKN DDLIIFVDFE DITHLS QTE VPTKGKRLSP QGLILQGQEQ QVSEEGSGKA MLEEALPVSL SQGQPSRQKR SVENTGP LE DHNWPQYFRD PCDPNPCQND GICVNVKGMA SCRCISGHAF FYTGERCQAV QVHGSVLG M VIGGTAGVIF LTFSIIAILS QRPRK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
30.0 mMTRIS
100.0 mMSodium chlorideNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 s blot, -3 force.
詳細Polydisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 2.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Compressed to LZW TIFF. Motion corrected by MotionCor.
最終 再構成使用したクラス数: 4
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 21.24 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -44.12 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / ソフトウェア - 詳細: beta / 使用したサブトモグラム数: 3146
抽出トモグラム数: 5 / 使用した粒子像数: 3250 / 手法: Ab initio / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / ソフトウェア - 詳細: beta
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.7)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / ソフトウェア - 詳細: beta
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / ソフトウェア - 詳細: beta
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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