+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2753 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PGT124 in complex with BG505 SOSIP.664 Env trimer | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of PGT124 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 Env trimer | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | PGT124 / HIV-1 / envelope glycoprotein trimer / SOSIP / broadly neutralizing antibody | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Garces F / Sok D / Kong L / McBride R / Kim HJ / Saye-Francisco KF / Julien J-P / Hua Y / Cupo A / Moore JP ...Garces F / Sok D / Kong L / McBride R / Kim HJ / Saye-Francisco KF / Julien J-P / Hua Y / Cupo A / Moore JP / Ward AB / Paulson JC / Burton DR / Wilson IA | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2014 タイトル: Structural evolution of glycan recognition by a family of potent HIV antibodies. 著者: Fernando Garces / Devin Sok / Leopold Kong / Ryan McBride / Helen J Kim / Karen F Saye-Francisco / Jean-Philippe Julien / Yuanzi Hua / Albert Cupo / John P Moore / James C Paulson / Andrew B ...著者: Fernando Garces / Devin Sok / Leopold Kong / Ryan McBride / Helen J Kim / Karen F Saye-Francisco / Jean-Philippe Julien / Yuanzi Hua / Albert Cupo / John P Moore / James C Paulson / Andrew B Ward / Dennis R Burton / Ian A Wilson / 要旨: The HIV envelope glycoprotein (Env) is densely covered with self-glycans that should help shield it from recognition by the human immune system. Here, we examine how a particularly potent family of ...The HIV envelope glycoprotein (Env) is densely covered with self-glycans that should help shield it from recognition by the human immune system. Here, we examine how a particularly potent family of broadly neutralizing antibodies (Abs) has evolved common and distinct structural features to counter the glycan shield and interact with both glycan and protein components of HIV Env. The inferred germline antibody already harbors potential binding pockets for a glycan and a short protein segment. Affinity maturation then leads to divergent evolutionary branches that either focus on a single glycan and protein segment (e.g., Ab PGT124) or engage multiple glycans (e.g., Abs PGT121-123). Furthermore, other surrounding glycans are avoided by selecting an appropriate initial antibody shape that prevents steric hindrance. Such molecular recognition lessons are important for engineering proteins that can recognize or accommodate glycans. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2753.map.gz | 11 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-2753-v30.xml emd-2753.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2753-PGT124_EM_snapshot2.png | 32.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2753 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2753 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2753_validation.pdf.gz | 199.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_2753_full_validation.pdf.gz | 198.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2753_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2753 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2753 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2753.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Reconstruction of PGT124 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 Env trimer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Fab fragment of PGT124 monoclonal antibody isolated from human pa...
全体 | 名称: Fab fragment of PGT124 monoclonal antibody isolated from human patient in Protocol G cohort. SOSIP.664 soluble Env trimer from HIV-1 virus infecting infant (BG505). |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Fab fragment of PGT124 monoclonal antibody isolated from human pa...
超分子 | 名称: Fab fragment of PGT124 monoclonal antibody isolated from human patient in Protocol G cohort. SOSIP.664 soluble Env trimer from HIV-1 virus infecting infant (BG505). タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One SOSIP trimer binds 3 PGT124 Fabs / Number unique components: 2 |
---|---|
分子量 | 実験値: 750 KDa / 理論値: 750 KDa |
-分子 #1: Fragment antigen binding
分子 | 名称: Fragment antigen binding / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Fab / 詳細: Fab consists of heavy and light chain / コピー数: 3 / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human |
分子量 | 実験値: 50 KDa / 理論値: 50 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F |
-分子 #2: BG505 SOSIP.664 gp140
分子 | 名称: BG505 SOSIP.664 gp140 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: SOSIP trimer / 詳細: SOSIP trimer consists of 3 gp140 subunits / コピー数: 1 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human |
分子量 | 実験値: 600 KDa / 理論値: 600 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: TBS |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% uranyl formate |
グリッド | 詳細: 400 copper mesh with thin carbon support glow discharged |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
---|---|
日付 | 2013年7月23日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 2.05 µm / 実像数: 594 / 平均電子線量: 25 e/Å2 |
Tilt angle min | 0 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 52000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: room temp / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 55 |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Particles were selected with DoG Picker, an automatic selection program |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 12245 |
最終 2次元分類 | クラス数: 120 |