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万見
- EMDB-27377: nsEM map of beta coronavirus HKU1 spike complexed with polyclonal... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27377
タイトルnsEM map of beta coronavirus HKU1 spike complexed with polyclonal Fab samples from individual 182322 at day 0 using Sulfo-SDAD crosslinker
マップデータnsEM map of beta coronavirus HKU1 spike complexed with polyclonal Fab samples from individual 182322 at day 0 using Sulfo-SDAD crosslinker
試料
  • 複合体: nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with polyclonal Fab samples from individual 182419 at day 0
キーワードbeta coronaviruses / HKU1 / nsEM / EMPEM / VIRAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Torrents de la Pena A / Sewall LM / Ward AB
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI136621 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-002916 米国
引用ジャーナル: Cell Rep Methods / 年: 2023
タイトル: Increasing sensitivity of antibody-antigen interactions using photo-cross-linking.
著者: Alba Torrents de la Peña / Leigh M Sewall / Rebeca de Paiva Froes Rocha / Abigail M Jackson / Payal P Pratap / Sandhya Bangaru / Christopher A Cottrell / Subhasis Mohanty / Albert C Shaw / Andrew B Ward /
要旨: Understanding antibody-antigen interactions in a polyclonal immune response in humans and animal models is critical for rational vaccine design. Current approaches typically characterize antibodies ...Understanding antibody-antigen interactions in a polyclonal immune response in humans and animal models is critical for rational vaccine design. Current approaches typically characterize antibodies that are functionally relevant or highly abundant. Here, we use photo-cross-linking and single-particle electron microscopy to increase antibody detection and unveil epitopes of low-affinity and low-abundance antibodies, leading to a broader structural characterization of polyclonal immune responses. We employed this approach across three different viral glycoproteins and showed increased sensitivity of detection relative to currently used methods. Results were most noticeable in early and late time points of a polyclonal immune response. Additionally, the use of photo-cross-linking revealed intermediate antibody binding states and demonstrated a distinctive way to study antibody binding mechanisms. This technique can be used to structurally characterize the landscape of a polyclonal immune response of patients in vaccination or post-infection studies at early time points, allowing for rapid iterative design of vaccine immunogens.
履歴
登録2022年6月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2023年7月19日-
現状2023年7月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27377.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27377.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈nsEM map of beta coronavirus HKU1 spike complexed with polyclonal Fab samples from individual 182322 at day 0 using Sulfo-SDAD crosslinker
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.06 Å/pix.
x 224 pix.
= 461.44 Å		2.06 Å/pix.
x 224 pix.
= 461.44 Å		2.06 Å/pix.
x 224 pix.
= 461.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.025288759 - 0.07815582
平均 (標準偏差)-0.000035109515 (±0.0037167287)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 461.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: nsEM map of beta coronavirus HKU1 spike complexed...

ファイルemd_27377_half_map_1.map
注釈nsEM map of beta coronavirus HKU1 spike complexed with polyclonal Fab samples from individual 182322 at day 0 using Sulfo-SDAD crosslinker
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: nsEM map of beta coronavirus HKU1 spike complexed...

ファイルemd_27377_half_map_2.map
注釈nsEM map of beta coronavirus HKU1 spike complexed with polyclonal Fab samples from individual 182322 at day 0 using Sulfo-SDAD crosslinker
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with polyclo...

全体名称: nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with polyclonal Fab samples from individual 182419 at day 0
要素
  • 複合体: nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with polyclonal Fab samples from individual 182419 at day 0

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超分子 #1: nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with polyclo...

超分子名称: nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with polyclonal Fab samples from individual 182419 at day 0
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: HA recombinantly expressed in HEK 293F cells Fab samples isolated from several individuals at different timepoints
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 0.02 0.020 / 構成要素 - 式: TBS / 構成要素 - 名称: Tris-buffered saline
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
詳細15 ug of H1 A/Mich15/045/15 was complexed overnight with 500 ug of polyclonal Fab samples and SEC purified. The complex peak was concentrated to ~0.02 mg/ml and imaged

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 156601
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4m4y

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 69206
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: bayesian polishing
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: bayesian polishing

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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