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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with polyclonal Fab samples from individual 182322 at day 28 using Sulfo-SDAD photo-cross-linker | ||||||||||||
![]() | nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with polyclonal Fab samples from individual 182322 at day 28 using Sulfo-SDAD photo-cross-linker. | ||||||||||||
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![]() | influenza / H1 / nsEM / EMPEM / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | ||||||||||||
![]() | Torrents de la Pena A / Sewall LM / Ward AB | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Increasing sensitivity of antibody-antigen interactions using photo-cross-linking. 著者: Alba Torrents de la Peña / Leigh M Sewall / Rebeca de Paiva Froes Rocha / Abigail M Jackson / Payal P Pratap / Sandhya Bangaru / Christopher A Cottrell / Subhasis Mohanty / Albert C Shaw / Andrew B Ward / ![]() 要旨: Understanding antibody-antigen interactions in a polyclonal immune response in humans and animal models is critical for rational vaccine design. Current approaches typically characterize antibodies ...Understanding antibody-antigen interactions in a polyclonal immune response in humans and animal models is critical for rational vaccine design. Current approaches typically characterize antibodies that are functionally relevant or highly abundant. Here, we use photo-cross-linking and single-particle electron microscopy to increase antibody detection and unveil epitopes of low-affinity and low-abundance antibodies, leading to a broader structural characterization of polyclonal immune responses. We employed this approach across three different viral glycoproteins and showed increased sensitivity of detection relative to currently used methods. Results were most noticeable in early and late time points of a polyclonal immune response. Additionally, the use of photo-cross-linking revealed intermediate antibody binding states and demonstrated a distinctive way to study antibody binding mechanisms. This technique can be used to structurally characterize the landscape of a polyclonal immune response of patients in vaccination or post-infection studies at early time points, allowing for rapid iterative design of vaccine immunogens. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 23.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 16.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 9.2 MB 23.5 MB 23.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 559.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 558.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 ( |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with polyclonal Fab samples from individual 182322 at day 28 using Sulfo-SDAD photo-cross-linker. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.77 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with...
ファイル | emd_27371_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with polyclonal Fab samples from individual 182322 at day 28 using Sulfo-SDAD photo-cross-linker. The 3D reconstruction map portrays stem antibody | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with...
ファイル | emd_27371_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with polyclonal Fab samples from individual 182322 at day 28 using Sulfo-SDAD photo-cross-linker. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with...
ファイル | emd_27371_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with polyclonal Fab samples from individual 182322 at day 28 using Sulfo-SDAD photo-cross-linker. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with polyclo...
全体 | 名称: nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with polyclonal Fab samples from individual 182419 at day 0 |
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要素 |
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-超分子 #1: nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with polyclo...
超分子 | 名称: nsEM map of hemagglutinin H1 A/Mich/045/15 complexed with polyclonal Fab samples from individual 182419 at day 0 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: HA recombinantly expressed in HEK 293F cells Fab samples isolated from several individuals at different timepoints |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 0.02 0.020 / 構成要素 - 式: TBS / 構成要素 - 名称: Tris-buffered saline |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate |
グリッド | モデル: EMS Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
詳細 | 15 ug of H1 A/Mich15/045/15 was complexed overnight with 500 ug of polyclonal Fab samples and SEC purified. The complex peak was concentrated to ~0.02 mg/ml and imaged |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 52000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |