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万見
- EMDB-27263: gRAMP non-matching PFS-with Mg -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27263
タイトルgRAMP non-matching PFS-with Mg
マップデータ
試料
  • 複合体: gRAMP-non matching PFS-with Mg
    • タンパク質・ペプチド: RAMP superfamily protein
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP*A)-3')
    • RNA: RNA (35-MER)
  • リガンド: ZINC ION
キーワードCRISPR / GRAMP / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性: / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / defense response to virus / RNA binding / RAMP superfamily protein
機能・相同性情報
生物種Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Hu C / Nam KH / Schuler G / Ke A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118174 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Craspase is a CRISPR RNA-guided, RNA-activated protease.
著者: Chunyi Hu / Sam P B van Beljouw / Ki Hyun Nam / Gabriel Schuler / Fran Ding / Yanru Cui / Alicia Rodríguez-Molina / Anna C Haagsma / Menno Valk / Martin Pabst / Stan J J Brouns / Ailong Ke /
要旨: The CRISPR-Cas type III-E RNA-targeting effector complex gRAMP/Cas7-11 is associated with a caspase-like protein (TPR-CHAT/Csx29) to form Craspase (CRISPR-guided caspase). Here, we use cryo-electron ...The CRISPR-Cas type III-E RNA-targeting effector complex gRAMP/Cas7-11 is associated with a caspase-like protein (TPR-CHAT/Csx29) to form Craspase (CRISPR-guided caspase). Here, we use cryo-electron microscopy snapshots of Craspase to explain its target RNA cleavage and protease activation mechanisms. Target-guide pairing extending into the 5' region of the guide RNA displaces a gating loop in gRAMP, which triggers an extensive conformational relay that allosterically aligns the protease catalytic dyad and opens an amino acid side-chain-binding pocket. We further define Csx30 as the endogenous protein substrate that is site-specifically proteolyzed by RNA-activated Craspase. This protease activity is switched off by target RNA cleavage by gRAMP and is not activated by RNA targets containing a matching protospacer flanking sequence. We thus conclude that Craspase is a target RNA-activated protease with self-regulatory capacity.
履歴
登録2022年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27263.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27263.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.28 Å/pix.
x 250 pix.
= 321. Å		1.28 Å/pix.
x 250 pix.
= 321. Å		1.28 Å/pix.
x 250 pix.
= 321. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.284 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.86571276 - 1.4844296
平均 (標準偏差)0.0011315373 (±0.026031883)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 321.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27263_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27263_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : gRAMP-non matching PFS-with Mg

全体名称: gRAMP-non matching PFS-with Mg
要素
  • 複合体: gRAMP-non matching PFS-with Mg
    • タンパク質・ペプチド: RAMP superfamily protein
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP*A)-3')
    • RNA: RNA (35-MER)
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: gRAMP-non matching PFS-with Mg

超分子名称: gRAMP-non matching PFS-with Mg / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)

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分子 #1: RAMP superfamily protein

分子名称: RAMP superfamily protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
分子量理論値: 143.1015 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MNITVELTFF EPYRLVEWFD WDARKKSHSA MRGQAFAQWT WKGKGRTAGK SFITGTLVRS AVIKAVEELL SLNNGKWEGV PCCNGSFQT DESKGKKPSF LRKRHTLQWQ ANNKNICDKE EACPFCILLG RFDNAGKVHE RNKDYDIHFS NFDLDHKQEK N DLRLVDIA ...文字列:
MNITVELTFF EPYRLVEWFD WDARKKSHSA MRGQAFAQWT WKGKGRTAGK SFITGTLVRS AVIKAVEELL SLNNGKWEGV PCCNGSFQT DESKGKKPSF LRKRHTLQWQ ANNKNICDKE EACPFCILLG RFDNAGKVHE RNKDYDIHFS NFDLDHKQEK N DLRLVDIA SGRILNRVDF DTGKAKDYFR TWEADYETYG TYTGRITLRN EHAKKLLLAS LGFVDKLCGA LCRIEVIKKE VL SEDHNDE LRKQAEVIVE AFKQNDKLEK IRILADAIRT LRLHGEGVIE KDELPDGKEE RDKGHHLWDI KVQGTALRTK LKE LWQSNK DIGWRKFTEM LGSNLYLIYK KETGIETKEW IIVGRLKAAT PFYFGVQQPS DSIPGVINEH TSFNILLDKE NRYR IPRSA LRGALRRDLR TAFGSGCNVS LGGQILCNCK VCIEMRRITL KDSVSDFSEP PEIRYRIAKN PGTATVEDGS LFDIE VGPE GLTFPFVLRY RGHKFPEQLS SVIRYWEEND GKNGMAWLGG LDSTGKGRFA LKDIKIFEWD LNQKINEYIK ERGMRG KEK ELLEMGESSL PDGLIPYKFF EERECLFPYK ENLKPQWSEV QYTIEVGSPL LTADTISALT EPGNRDAIAY KKRVYND GN NAIEPEPRFA VKSETHRGIF RTAVGRRTGD LGKEDHEDCT CDMCIIFGNE HESSKIRFED LELINGNEFE KLEKHIDH V AIDRFTGGAL DKAKFDTYPL AGSPKKPLKL KGRFWIKKGF SGDHKLLITT ALSDIRDGLY PLGSKGGVGY GWVAGISID DNVPDDFKEM INKTEAAAAA AAAAAAAAAA AAAAKNKNIY YPHYFLDSGS KVYREKDIIT HEEFTEELLS GKINCKLETL TPLIIPDTS DENGLKLQGN KPGHKNYKFF NINGELMIPG SELRGMLRTH FEALTKSCFA IFGEDSTLSW RRKCASKTLG G KLDKALHP CTGLSDGLCP GCHLFGTTDY KGRVKFGFAK YENGPEWLIT RGNNPERSLT LGVLESPRPA FSIPDDESEI PG RKFYLHH NGWRIIRQKQ LEIRETVQPE RNVTTEVMDK GNVFSFDVKF ENLREWELGL LLQSLDPGKN IAHKLGKGKP YGF GSVKIK IDSLHTFKIN SNNDKIKRVP QSDIREYINK GYQKLIEWSG NNSIQKGNVL PQWHVIPHID KLYKLLWVPF LNDS KLEPD VRYPVLNEES KGYIEGSDYT YKKLGDKDNL PYKTRVKGLT TPWSPWNPFQ V

UniProtKB: RAMP superfamily protein, RAMP superfamily protein

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分子 #2: RNA (5'-R(P*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP...

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP*A)-3')
タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
分子量理論値: 6.180762 KDa
配列文字列:
UCCGGGGCAG AAAAUUGGA

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分子 #3: RNA (35-MER)

分子名称: RNA (35-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
分子量理論値: 11.078582 KDa
配列文字列:
ACUUAAUGUC ACGGUACCCA AUUUUCUGCC CCGGA

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 79785
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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