[日本語] English
万見
- PDB-8d9g: gRAMP-TPR-CHAT Non match PFS target RNA(Craspase) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d9g
タイトルgRAMP-TPR-CHAT Non match PFS target RNA(Craspase)
要素
  • CHAT domain protein
  • RAMP superfamily protein
  • RNA (36-MER)
  • RNA (5'-R(P*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*U)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / CRISPR / GRAMP / RNA BINDING PROTEIN / Craspase / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus
類似検索 - 分子機能
CHAT domain / CHAT domain / : / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RAMP superfamily protein / CHAT domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Hu, C. / Nam, K.H. / Schuler, G. / Ke, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118174 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Craspase is a CRISPR RNA-guided, RNA-activated protease.
著者: Chunyi Hu / Sam P B van Beljouw / Ki Hyun Nam / Gabriel Schuler / Fran Ding / Yanru Cui / Alicia Rodríguez-Molina / Anna C Haagsma / Menno Valk / Martin Pabst / Stan J J Brouns / Ailong Ke /
要旨: The CRISPR-Cas type III-E RNA-targeting effector complex gRAMP/Cas7-11 is associated with a caspase-like protein (TPR-CHAT/Csx29) to form Craspase (CRISPR-guided caspase). Here, we use cryo-electron ...The CRISPR-Cas type III-E RNA-targeting effector complex gRAMP/Cas7-11 is associated with a caspase-like protein (TPR-CHAT/Csx29) to form Craspase (CRISPR-guided caspase). Here, we use cryo-electron microscopy snapshots of Craspase to explain its target RNA cleavage and protease activation mechanisms. Target-guide pairing extending into the 5' region of the guide RNA displaces a gating loop in gRAMP, which triggers an extensive conformational relay that allosterically aligns the protease catalytic dyad and opens an amino acid side-chain-binding pocket. We further define Csx30 as the endogenous protein substrate that is site-specifically proteolyzed by RNA-activated Craspase. This protease activity is switched off by target RNA cleavage by gRAMP and is not activated by RNA targets containing a matching protospacer flanking sequence. We thus conclude that Craspase is a target RNA-activated protease with self-regulatory capacity.
履歴
登録2022年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22025年5月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CHAT domain protein
B: RAMP superfamily protein
C: RNA (36-MER)
D: RNA (5'-R(P*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,7078
ポリマ－244,4464
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 CHAT domain protein


分子量: 78403.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
遺伝子: SCABRO_02601
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0B0EKL4
#2: タンパク質 RAMP superfamily protein / gRAMP


分子量: 147151.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
遺伝子: SCABRO_02597
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0B0EGF3
#3: RNA鎖 RNA (36-MER)


分子量: 11423.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*U)-3')


分子量: 7466.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: gRAMP-TPR-CHAT with Non match PFS target RNA Craspase
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 340526 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0117652
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.80624085
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.982834
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0532620
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052884

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る