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- EMDB-27107: Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex boun... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27107
タイトルHuman CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template - PRIM2C advanced PIC
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Human CST-DNA polymerase alpha/primase advanced preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback DNA template
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit CTC1
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit STN1
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit TEN1
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase small subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase large subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha subunit B
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*A)-3')
キーワードtelomere / C-strand / complex / 4xTEL-foldback DNA template / PRIM2C / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CST complex / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / telomerase inhibitor activity / DNA replication initiation / telomere maintenance via telomere lengthening / Telomere C-strand synthesis initiation / DNA/RNA hybrid binding / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / regulation of type I interferon production ...CST complex / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / telomerase inhibitor activity / DNA replication initiation / telomere maintenance via telomere lengthening / Telomere C-strand synthesis initiation / DNA/RNA hybrid binding / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / regulation of type I interferon production / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / single-stranded telomeric DNA binding / Processive synthesis on the lagging strand / G-rich strand telomeric DNA binding / intermediate filament cytoskeleton / telomere capping / lagging strand elongation / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / mitotic DNA replication initiation / DNA replication, synthesis of primer / bone marrow development / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA synthesis involved in DNA repair / telomeric DNA binding / hematopoietic stem cell proliferation / leading strand elongation / G1/S-Specific Transcription / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / DNA replication origin binding / replicative senescence / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / spleen development / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / telomere maintenance / thymus development / positive regulation of DNA replication / Defective pyroptosis / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear matrix / multicellular organism growth / fibrillar center / positive regulation of fibroblast proliferation / protein import into nucleus / DNA-directed RNA polymerase activity / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / chromosome, telomeric region / DNA replication / ciliary basal body / DNA repair / nucleotide binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA damage response / chromatin binding / protein kinase binding / chromatin / nucleolus / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CST complex subunit Ten1, animal and plant type / CST complex subunit CTC1 / CST complex subunit CTC1-like / CST, telomere maintenance, complex subunit CTC1 / Telomere-capping, CST complex subunit / CST complex subunit Stn1 / Stn1, C-terminal / CST complex subunit Stn1, wHTH1 motif superfamily / CST, complex subunit STN1, C terminal / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal domain superfamily ...CST complex subunit Ten1, animal and plant type / CST complex subunit CTC1 / CST complex subunit CTC1-like / CST, telomere maintenance, complex subunit CTC1 / Telomere-capping, CST complex subunit / CST complex subunit Stn1 / Stn1, C-terminal / CST complex subunit Stn1, wHTH1 motif superfamily / CST, complex subunit STN1, C terminal / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal domain superfamily / Replication factor A protein-like / : / DNA polymerase alpha subunit B, OB domain / DNA polymerase alpha subunit B N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / DNA polymerase alpha catalytic subunit, N-terminal domain / DNA polymerase alpha, zinc finger domain superfamily / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit / DNA Polymerase alpha zinc finger / DNA polymerase alpha subunit p180 N terminal / Zinc finger, DNA-directed DNA polymerase, family B, alpha / DNA polymerase alpha catalytic subunit, catalytic domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase alpha catalytic subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit / DNA polymerase alpha subunit B / CST complex subunit CTC1 / CST complex subunit TEN1 / CST complex subunit STN1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.27 Å
データ登録者He Q / Lin X / Chavez BL / Agrawal S / Lusk BL / Lim C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM131023 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structures of the human CST-Polα-primase complex bound to telomere templates.
著者: Qixiang He / Xiuhua Lin / Bianca L Chavez / Sourav Agrawal / Benjamin L Lusk / Ci Ji Lim /
要旨: The mammalian DNA polymerase-α-primase (Polα-primase) complex is essential for DNA metabolism, providing the de novo RNA-DNA primer for several DNA replication pathways such as lagging-strand ...The mammalian DNA polymerase-α-primase (Polα-primase) complex is essential for DNA metabolism, providing the de novo RNA-DNA primer for several DNA replication pathways such as lagging-strand synthesis and telomere C-strand fill-in. The physical mechanism underlying how Polα-primase, alone or in partnership with accessory proteins, performs its complicated multistep primer synthesis function is unknown. Here we show that CST, a single-stranded DNA-binding accessory protein complex for Polα-primase, physically organizes the enzyme for efficient primer synthesis. Cryogenic electron microscopy structures of the CST-Polα-primase preinitiation complex (PIC) bound to various types of telomere overhang reveal that template-bound CST partitions the DNA and RNA catalytic centres of Polα-primase into two separate domains and effectively arranges them in RNA-DNA synthesis order. The architecture of the PIC provides a single solution for the multiple structural requirements for the synthesis of RNA-DNA primers by Polα-primase. Several insights into the template-binding specificity of CST, template requirement for assembly of the CST-Polα-primase PIC and activation are also revealed in this study.
履歴
登録2022年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27107.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27107.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
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= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å

表面

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断面 (1/2)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.81352377 - 1.7242358
平均 (標準偏差)0.001783855 (±0.040166818)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_27107_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_27107_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_27107_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human CST-DNA polymerase alpha/primase advanced preinitiation com...

全体名称: Human CST-DNA polymerase alpha/primase advanced preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback DNA template
要素
  • 複合体: Human CST-DNA polymerase alpha/primase advanced preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback DNA template
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit CTC1
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit STN1
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit TEN1
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase small subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase large subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha subunit B
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*A)-3')

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超分子 #1: Human CST-DNA polymerase alpha/primase advanced preinitiation com...

超分子名称: Human CST-DNA polymerase alpha/primase advanced preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback DNA template
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Fold-back double-stranded DNA region of the DNA template is not modeled due to structural flexibility.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 540 KDa

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分子 #1: CST complex subunit CTC1

分子名称: CST complex subunit CTC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 138.03025 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGDYKDHDGD YKDHDIDYKD DDDKSGGSLE AAGRAQVPSS EQAWLEDAQV FIQKTLCPAV KEPNVQLTPL VIDCVKTVWL SQGRNQGST LPLSYSFVSV QDLKTHQRLP CCSHLSWSSS AYQAWAQEAG PNGNPLPREQ LLLLGTLTDL SADLEQECRN G SLYVRDNT ...文字列:
MGDYKDHDGD YKDHDIDYKD DDDKSGGSLE AAGRAQVPSS EQAWLEDAQV FIQKTLCPAV KEPNVQLTPL VIDCVKTVWL SQGRNQGST LPLSYSFVSV QDLKTHQRLP CCSHLSWSSS AYQAWAQEAG PNGNPLPREQ LLLLGTLTDL SADLEQECRN G SLYVRDNT GVLSCELIDL DLSWLGHLFL FPRWSYLPPA RWNSSGEGHL ELWDAPVPVF PLTISPGPVT PIPVLYPESA SC LLRLRNK LRGVQRNLAG SLVRLSALVK SKQKAYFILS LGRSHPAVTH VSIIVQVPAQ LVWHRALRPG TAYVLTELRV SKI RGQRQH VWMTSQSSRL LLLKPECVQE LELELEGPLL EADPKPLPMP SNSEDKKDPE SLVRYSRLLS YSGAVTGVLN EPAG LYELD GQLGLCLAYQ QFRGLRRVMR PGVCLQLQDV HLLQSVGGGT RRPVLAPCLR GAVLLQSFSR QKPGAHSSRQ AYGAS LYEQ LVWERQLGLP LYLWATKALE ELACKLCPHV LRHHQFLQHS SPGSPSLGLQ LLAPTLDLLA PPGSPVRNAH NEILEE PHH CPLQKYTRLQ TPSSFPTLAT LKEEGQRKAW ASFDPKALLP LPEASYLPSC QLNRRLAWSW LCLLPSAFCP AQVLLGV LV ASSHKGCLQL RDQSGSLPCL LLAKHSQPLS DPRLIGCLVR AERFQLIVER DVRSSFPSWK ELSMPGFIQK QQARVYVQ F FLADALILPV PRPCLHSATP STPQTDPTGP EGPHLGQSRL FLLCHKEALM KRNFCVPPGA SPEVPKPALS FYVLGSWLG GTQRKEGTGW GLPEPQGNDD NDQKVHLIFF GSSVRWFEFL HPGQVYRLVA PGPATPMLFE KDGSSCISRR PLELAGCASC LTVQDNWTL ELESSQDIQD VLDANKSLPE SSLTDLLSDN FTDSLVSFSA EILSRTLCEP LVASLWMKLG NTGAMRRCVK L TVALETAE CEFPPHLDVY IEDPHLPPSL GLLPGARVHF SQLEKRVSRS HNVYCCFRSS TYVQVLSFPP ETTISVPLPH IY LAELLQG GQSPFQATAS CHIVSVFSLQ LFWVCAYCTS ICRQGKCTRL GSTCPTQTAI SQAIIRLLVE DGTAEAVVTC RNH HVAAAL GLCPREWASL LDFVQVPGRV VLQFAGPGAQ LESSARVDEP MTMFLWTLCT SPSVLRPIVL SFELERKPSK IVPL EPPRL QRFQCGELPF LTHVNPRLRL SCLSIRESEY SSSLGILASS C

UniProtKB: CST complex subunit CTC1

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分子 #2: CST complex subunit STN1

分子名称: CST complex subunit STN1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.001824 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHQPG SSRCEEETPS LLWGLDPVFL AFAKLYIRDI LDMKESRQVP GVFLYNGHPI KQVDVLGTVI GVRERDAFYS YGVDDSTGV INCICWKKLN TESVSAAPSA ARELSLTSQL KKLQETIEQK TKIEIGDTIR VRGSIRTYRE EREIHATTYY K VDDPVWNI ...文字列:
MHHHHHHQPG SSRCEEETPS LLWGLDPVFL AFAKLYIRDI LDMKESRQVP GVFLYNGHPI KQVDVLGTVI GVRERDAFYS YGVDDSTGV INCICWKKLN TESVSAAPSA ARELSLTSQL KKLQETIEQK TKIEIGDTIR VRGSIRTYRE EREIHATTYY K VDDPVWNI QIARMLELPT IYRKVYDQPF HSSALEKEEA LSNPGALDLP SLTSLLSEKA KEFLMENRVQ SFYQQELEMV ES LLSLANQ PVIHSASSDQ VNFKKDTTSK AIHSIFKNAI QLLQEKGLVF QKDDGFDNLY YVTREDKDLH RKIHRIIQQD CQK PNHMEK GCHFLHILAC ARLSIRPGLS EAVLQQVLEL LEDQSDIVST MEHYYTAF

UniProtKB: CST complex subunit STN1

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分子 #3: CST complex subunit TEN1

分子名称: CST complex subunit TEN1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.285604 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSGI QLPKPGTYYL PWEVSAGQVP DGSTLRTFGR LCLYDMIQSR VTLMAQHGSD QHQVLVCTK LVEPFHAQVG SLYIVLGELQ HQQDRGSVVK ARVLTCVEGM NLPLLEQAIR EQRLYKQERG GSQ

UniProtKB: CST complex subunit TEN1

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分子 #4: DNA primase small subunit

分子名称: DNA primase small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA primase AEP
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.356379 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGHHHHHHGS GSGSGETFDP TELPELLKLY YRRLFPYSQY YRWLNYGGVI KNYFQHREFS FTLKDDIYIR YQSFNNQSDL EKEMQKMNP YKIDIGAVYS HRPNQHNTVK LGAFQAQEKE LVFDIDMTDY DDVRRCCSSA DICPKCWTLM TMAIRIIDRA L KEDFGFKH ...文字列:
MGHHHHHHGS GSGSGETFDP TELPELLKLY YRRLFPYSQY YRWLNYGGVI KNYFQHREFS FTLKDDIYIR YQSFNNQSDL EKEMQKMNP YKIDIGAVYS HRPNQHNTVK LGAFQAQEKE LVFDIDMTDY DDVRRCCSSA DICPKCWTLM TMAIRIIDRA L KEDFGFKH RLWVYSGRRG VHCWVCDESV RKLSSAVRSG IVEYLSLVKG GQDVKKKVHL SEKIHPFIRK SINIIKKYFE EY ALVNQDI LENKESWDKI LALVPETIHD ELQQSFQKSH NSLQRWEHLK KVASRYQNNI KNDKYGPWLE WEIMLQYCFP RLD INVSKG INHLLKSPFS VHPKTGRISV PIDLQKVDQF DPFTVPTISF ICRELDAIST NEEEKEENEA ESDVKHRTRD YKKT SLAPY VKVFEHFLEN LDKSRKGELL KKSDLQKDF

UniProtKB: DNA primase small subunit

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分子 #5: DNA primase large subunit

分子名称: DNA primase large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.266293 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGHHHHHHGS GSGSGEFSGR KWRKLRLAGD QRNASYPHCL QFYLQPPSEN ISLIEFENLA IDRVKLLKSV ENLGVSYVKG TEQYQSKLE SELRKLKFSY RENLEDEYEP RRRDHISHFI LRLAYCQSEE LRRWFIQQEM DLLRFRFSIL PKDKIQDFLK D SQLQFEAI ...文字列:
MGHHHHHHGS GSGSGEFSGR KWRKLRLAGD QRNASYPHCL QFYLQPPSEN ISLIEFENLA IDRVKLLKSV ENLGVSYVKG TEQYQSKLE SELRKLKFSY RENLEDEYEP RRRDHISHFI LRLAYCQSEE LRRWFIQQEM DLLRFRFSIL PKDKIQDFLK D SQLQFEAI SDEEKTLREQ EIVASSPSLS GLKLGFESIY KIPFADALDL FRGRKVYLED GFAYVPLKDI VAIILNEFRA KL SKALALT ARSLPAVQSD ERLQPLLNHL SHSYTGQDYS TQGNVGKISL DQIDLLSTKS FPPCMRQLHK ALRENHHLRH GGR MQYGLF LKGIGLTLEQ ALQFWKQEFI KGKMDPDKFD KGYSYNIRHS FGKEGKRTDY TPFSCLKIIL SNPPSQGDYH GCPF RHSDP ELLKQKLQSY KISPGGISQI LDLVKGTHYQ VACQKYFEMI HNVDDCGFSL NHPNQFFCES QRILNGGKDI KKEPI QPET PQPKPSVQKT KDASSALASL NSSLEMDMEG LEDYFSEDS

UniProtKB: DNA primase large subunit

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分子 #6: DNA polymerase alpha catalytic subunit

分子名称: DNA polymerase alpha catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 172.796859 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGGSAGDYKD HDGDYKDHDI DYKDDDDKGA SSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KGAGSAPVHG DDSLSDSGSF VSSRARREK KSKKGRQEAL ERLKKAKAGE KYKYEVEDFT GVYEEVDEEQ YSKLVQARQD DDWIVDDDGI GYVEDGREIF D DDLEDDAL ...文字列:
MGGSAGDYKD HDGDYKDHDI DYKDDDDKGA SSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KGAGSAPVHG DDSLSDSGSF VSSRARREK KSKKGRQEAL ERLKKAKAGE KYKYEVEDFT GVYEEVDEEQ YSKLVQARQD DDWIVDDDGI GYVEDGREIF D DDLEDDAL DADEKGKDGK ARNKDKRNVK KLAVTKPNNI KSMFIACAGK KTADKAVDLS KDGLLGDILQ DLNTETPQIT PP PVMILKK KRSIGASPNP FSVHTATAVP SGKIASPVSR KEPPLTPVPL KRAEFAGDDV QVESTEEEQE SGAMEFEDGD FDE PMEVEE VDLEPMAAKA WDKESEPAEE VKQEADSGKG TVSYLGSFLP DVSCWDIDQE GDSSFSVQEV QVDSSHLPLV KGAD EEQVF HFYWLDAYED QYNQPGVVFL FGKVWIESAE THVSCCVMVK NIERTLYFLP REMKIDLNTG KETGTPISMK DVYEE FDEK IATKYKIMKF KSKPVEKNYA FEIPDVPEKS EYLEVKYSAE MPQLPQDLKG ETFSHVFGTN TSSLELFLMN RKIKGP CWL EVKSPQLLNQ PVSWCKVEAM ALKPDLVNVI KDVSPPPLVV MAFSMKTMQN AKNHQNEIIA MAALVHHSFA LDKAAPK PP FQSHFCVVSK PKDCIFPYAF KEVIEKKNVK VEVAATERTL LGFFLAKVHK IDPDIIVGHN IYGFELEVLL QRINVCKA P HWSKIGRLKR SNMPKLGGRS GFGERNATCG RMICDVEISA KELIRCKSYH LSELVQQILK TERVVIPMEN IQNMYSESS QLLYLLEHTW KDAKFILQIM CELNVLPLAL QITNIAGNIM SRTLMGGRSE RNEFLLLHAF YENNYIVPDK QIFRKPQQKL GDEDEEIDG DTNKYKKGRK KAAYAGGLVL DPKVGFYDKF ILLLDFNSLY PSIIQEFNIC FTTVQRVASE AQKVTEDGEQ E QIPELPDP SLEMGILPRE IRKLVERRKQ VKQLMKQQDL NPDLILQYDI RQKALKLTAN SMYGCLGFSY SRFYAKPLAA LV TYKGREI LMHTKEMVQK MNLEVIYGDT DSIMINTNST NLEEVFKLGN KVKSEVNKLY KLLEIDIDGV FKSLLLLKKK KYA ALVVEP TSDGNYVTKQ ELKGLDIVRR DWCDLAKDTG NFVIGQILSD QSRDTIVENI QKRLIEIGEN VLNGSVPVSQ FEIN KALTK DPQDYPDKKS LPHVHVALWI NSQGGRKVKA GDTVSYVICQ DGSNLTASQR AYAPEQLQKQ DNLTIDTQYY LAQQI HPVV ARICEPIDGI DAVLIATWLG LDPTQFRVHH YHKDEENDAL LGGPAQLTDE EKYRDCERFK CPCPTCGTEN IYDNVF DGS GTDMEPSLYR CSNIDCKASP LTFTVQLSNK LIMDIRRFIK KYYDGWLICE EPTCRNRTRH LPLQFSRTGP LCPACMK AT LQPEYSDKSL YTQLCFYRYI FDAECALEKL TTDHEKDKLK KQFFTPKVLQ DYRKLKNTAE QFLSRSGYSE VNLSKLFA G CAVKSV

UniProtKB: DNA polymerase alpha catalytic subunit

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分子 #7: DNA polymerase alpha subunit B

分子名称: DNA polymerase alpha subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 67.390898 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGHHHHHHGS GSGSGSASAQ QLAEELQIFG LDCEEALIEK LVELCVQYGQ NEEGMVGELI AFCTSTHKVG LTSEILNSFE HEFLSKRLS KARHSTCKDS GHAGARDIVS IQELIEVEEE EEILLNSYTT PSKGSQKRAI STPETPLTKR SVSTRSPHQL L SPSSFSPS ...文字列:
MGHHHHHHGS GSGSGSASAQ QLAEELQIFG LDCEEALIEK LVELCVQYGQ NEEGMVGELI AFCTSTHKVG LTSEILNSFE HEFLSKRLS KARHSTCKDS GHAGARDIVS IQELIEVEEE EEILLNSYTT PSKGSQKRAI STPETPLTKR SVSTRSPHQL L SPSSFSPS ATPSQKYNSR SNRGEVVTSF GLAQGVSWSG RGGAGNISLK VLGCPEALTG SYKSMFQKLP DIREVLTCKI EE LGSELKE HYKIEAFTPL LAPAQEPVTL LGQIGCDSNG KLNNKSVILE GDREHSSGAQ IPVDLSELKE YSLFPGQVVI MEG INTTGR KLVATKLYEG VPLPFYQPTE EDADFEQSMV LVACGPYTTS DSITYDPLLD LIAVINHDRP DVCILFGPFL DAKH EQVEN CLLTSPFEDI FKQCLRTIIE GTRSSGSHLV FVPSLRDVHH EPVYPQPPFS YSDLSREDKK QVQFVSEPCS LSING VIFG LTSTDLLFHL GAEEISSSSG TSDRFSRILK HILTQRSYYP LYPPQEDMAI DYESFYVYAQ LPVTPDVLII PSELRY FVK DVLGCVCVNP GRLTKGQVGG TFARLYLRRP AADGAERQSP CIAVQVVRI

UniProtKB: DNA polymerase alpha subunit B

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分子 #8: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP...

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*A)-3')
タイプ: dna / ID: 8
詳細: Residue 1-35 forms a double-stranded DNA hairpin stem at the 5' end of the single-stranded DNA telomeric template.
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.67092 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA) ...文字列:
(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)

GENBANK: GENBANK: LR877228.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
50.0 mMHEPES-Na
150.0 mMNaCl
2.0 mMMgCl2
1.0 mMTCEP
4.0 mMCHAPSO

詳細: CHAPSO is only added just before sample vitrification.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7794 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 32550
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Alphafold models were used to dock into the map before coot adjustments and phenix refinement.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross coefficient
得られたモデル

PDB-8d0k:
Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template - PRIM2C advanced PIC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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