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- EMDB-27095: Cryo-EM structure of BCL10 R58Q filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27095
タイトルCryo-EM structure of BCL10 R58Q filament
マップデータCryoEM structure of BCL10 R58Q
試料
  • 複合体: filament
    • タンパク質・ペプチド: B-cell lymphoma/leukemia 10
キーワードfilament / CBM complex / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lymphotoxin A production / polkadots / CBM complex / protein kinase B binding / antifungal innate immune response / positive regulation of mast cell cytokine production / CARD domain binding / T cell apoptotic process / negative regulation of mature B cell apoptotic process / B cell apoptotic process ...positive regulation of lymphotoxin A production / polkadots / CBM complex / protein kinase B binding / antifungal innate immune response / positive regulation of mast cell cytokine production / CARD domain binding / T cell apoptotic process / negative regulation of mature B cell apoptotic process / B cell apoptotic process / programmed cell death / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-canonical NF-kappaB signal transduction / response to food / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / immunoglobulin mediated immune response / immunological synapse / general transcription initiation factor binding / NF-kappaB binding / cellular defense response / positive regulation of phosphorylation / cytoplasmic microtubule / signaling adaptor activity / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interleukin-8 production / neural tube closure / apoptotic signaling pathway / Activation of NF-kappaB in B cells / protein homooligomerization / positive regulation of interleukin-6 production / CLEC7A (Dectin-1) signaling / positive regulation of T cell activation / FCERI mediated NF-kB activation / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Downstream TCR signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / protein-macromolecule adaptor activity / adaptive immune response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription coactivator activity / lysosome / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
B-cell lymphoma/leukemia 10/E10 / BCL10, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell lymphoma/leukemia 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者David L / Wu H
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cancer Discov / 年: 2022
タイトル: BCL10 Mutations Define Distinct Dependencies Guiding Precision Therapy for DLBCL.
著者: Min Xia / Liron David / Matt Teater / Johana Gutierrez / Xiang Wang / Cem Meydan / Andrew Lytle / Graham W Slack / David W Scott / Ryan D Morin / Ozlem Onder / Kojo S J Elenitoba-Johnson / ...著者: Min Xia / Liron David / Matt Teater / Johana Gutierrez / Xiang Wang / Cem Meydan / Andrew Lytle / Graham W Slack / David W Scott / Ryan D Morin / Ozlem Onder / Kojo S J Elenitoba-Johnson / Nahuel Zamponi / Leandro Cerchietti / Tianbao Lu / Ulrike Philippar / Lorena Fontan / Hao Wu / Ari M Melnick /
要旨: Activated B cell-like diffuse large B-cell lymphomas (ABC-DLBCL) have unfavorable outcomes and chronic activation of CARD11-BCL10-MALT1 (CBM) signal amplification complexes that form due to ...Activated B cell-like diffuse large B-cell lymphomas (ABC-DLBCL) have unfavorable outcomes and chronic activation of CARD11-BCL10-MALT1 (CBM) signal amplification complexes that form due to polymerization of BCL10 subunits, which is affected by recurrent somatic mutations in ABC-DLBCLs. Herein, we show that BCL10 mutants fall into at least two functionally distinct classes: missense mutations of the BCL10 CARD domain and truncation of its C-terminal tail. Truncating mutations abrogated a motif through which MALT1 inhibits BCL10 polymerization, trapping MALT1 in its activated filament-bound state. CARD missense mutations enhanced BCL10 filament formation, forming glutamine network structures that stabilize BCL10 filaments. Mutant forms of BCL10 were less dependent on upstream CARD11 activation and thus manifested resistance to BTK inhibitors, whereas BCL10 truncating but not CARD mutants were hypersensitive to MALT1 inhibitors. Therefore, BCL10 mutations are potential biomarkers for BTK inhibitor resistance in ABC-DLBCL, and further precision can be achieved by selecting therapy based on specific biochemical effects of distinct mutation classes.
SIGNIFICANCE: ABC-DLBCLs feature frequent mutations of signaling mediators that converge on the CBM complex. We use structure-function approaches to reveal that BCL10 mutations fall into two distinct ...SIGNIFICANCE: ABC-DLBCLs feature frequent mutations of signaling mediators that converge on the CBM complex. We use structure-function approaches to reveal that BCL10 mutations fall into two distinct biochemical classes. Both classes confer resistance to BTK inhibitors, whereas BCL10 truncations confer hyperresponsiveness to MALT1 inhibitors, providing a road map for precision therapies in ABC-DLBCLs. See related commentary by Phelan and Oellerich, p. 1844. This article is highlighted in the In This Issue feature, p. 1825.
履歴
登録2022年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27095.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27095.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 76.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM structure of BCL10 R58Q
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 272 pix.
= 236.64 Å		0.87 Å/pix.
x 272 pix.
= 236.64 Å		0.87 Å/pix.
x 272 pix.
= 236.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.87 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.027134407 - 0.045484565
平均 (標準偏差)0.00017374504 (±0.003422924)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ272272272
Spacing272272272
セルA=B=C: 236.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map1

ファイルemd_27095_half_map_1.map
注釈half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_27095_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : filament

全体名称: filament
要素
  • 複合体: filament
    • タンパク質・ペプチド: B-cell lymphoma/leukemia 10

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超分子 #1: filament

超分子名称: filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: B-cell lymphoma/leukemia 10

分子名称: B-cell lymphoma/leukemia 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.585502 KDa
組換発現生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
配列文字列:
EEDLTEVKKD ALENLRVYLC EKIIAERHFD HLRAKKILSR EDTEEISCQT SSRKRAGKLL DYLQENPKGL DTLVESIRRE KTQNFLIQK ITDEVLKLRN IKLEHLK

UniProtKB: B-cell lymphoma/leukemia 10

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMTristrizma base
150.0 mMNaClSodium Chloride
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3439 / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 2.7 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -100.8 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 30000
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

7314

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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