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- EMDB-2684: Density map of GluA2em in complex with LY451646 and glutamate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2684
タイトルDensity map of GluA2em in complex with LY451646 and glutamate
マップデータReconstruction of GluA2em activated state
試料
  • 試料: GluA2em with LY451646 and glutamate
  • タンパク質・ペプチド: GluA2
  • リガンド: glutamate
キーワードGluA2em activated state
機能・相同性
機能・相同性情報


spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / cellular response to glycine / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of synaptic transmission / glutamate receptor binding / glutamate-gated receptor activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to fungicide / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor binding / presynaptic active zone membrane / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / somatodendritic compartment / glutamate-gated calcium ion channel activity / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendrite membrane / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / protein tetramerization / establishment of protein localization / synaptic membrane / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / terminal bouton / Schaffer collateral - CA1 synapse / cerebral cortex development / receptor internalization / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / presynaptic membrane / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / dendritic spine / perikaryon / postsynaptic membrane / neuron projection / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.8 Å
データ登録者Meyerson JR / Kumar J / Chittori S / Rao P / Pierson J / Bartesaghi A / Mayer ML / Subramaniam S
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structural mechanism of glutamate receptor activation and desensitization.
著者: Joel R Meyerson / Janesh Kumar / Sagar Chittori / Prashant Rao / Jason Pierson / Alberto Bartesaghi / Mark L Mayer / Sriram Subramaniam /
要旨: Ionotropic glutamate receptors are ligand-gated ion channels that mediate excitatory synaptic transmission in the vertebrate brain. To gain a better understanding of how structural changes gate ion ...Ionotropic glutamate receptors are ligand-gated ion channels that mediate excitatory synaptic transmission in the vertebrate brain. To gain a better understanding of how structural changes gate ion flux across the membrane, we trapped rat AMPA (α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazole propionic acid) and kainate receptor subtypes in their major functional states and analysed the resulting structures using cryo-electron microscopy. We show that transition to the active state involves a 'corkscrew' motion of the receptor assembly, driven by closure of the ligand-binding domain. Desensitization is accompanied by disruption of the amino-terminal domain tetramer in AMPA, but not kainate, receptors with a two-fold to four-fold symmetry transition in the ligand-binding domains in both subtypes. The 7.6 Å structure of a desensitized kainate receptor shows how these changes accommodate channel closing. These findings integrate previous physiological, biochemical and structural analyses of glutamate receptors and provide a molecular explanation for key steps in receptor gating.
履歴
登録2014年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年7月30日-
マップ公開2014年8月13日-
更新2014年10月29日-
現状2014年10月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0416
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0416
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4uq6
  • 表面レベル: 0.0416
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4uq6
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2684-Glu...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2684.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of GluA2em activated state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.41 Å/pix.
x 200 pix.
= 281.2 Å		1.41 Å/pix.
x 200 pix.
= 281.2 Å		1.41 Å/pix.
x 200 pix.
= 281.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.406 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0416 / ムービー #1: 0.0416
最小 - 最大-0.03786158 - 0.1665912
平均 (標準偏差)0.00493509 (±0.02094759)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin100100100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 281.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.4061.4061.406
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z281.200281.200281.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-180-180-179
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS100100100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0380.1670.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GluA2em with LY451646 and glutamate

全体名称: GluA2em with LY451646 and glutamate
要素
  • 試料: GluA2em with LY451646 and glutamate
  • タンパク質・ペプチド: GluA2
  • リガンド: glutamate

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超分子 #1000: GluA2em with LY451646 and glutamate

超分子名称: GluA2em with LY451646 and glutamate / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量実験値: 370 KDa / 理論値: 370 KDa

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分子 #1: GluA2

分子名称: GluA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: GluR2 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 別称: Rat
分子量実験値: 370 KDa / 理論値: 370 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: Sf9 / 組換プラスミド: pFastBac1
配列UniProtKB: Glutamate receptor 2

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分子 #2: glutamate

分子名称: glutamate / タイプ: ligand / ID: 2 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 8.0, 0.75 mM DDM, 0.12 mM CHS, 0.5 mM LY451646, 100 mM NaGlutamate
グリッド詳細: Vitrified specimens were prepared by adding 2.5 uL of liganded protein at 1.8 mg/ml to R2/2 holey carbon grids (Quantifoil, Jena, Germany) rendered hydrophilic by chemical treatment to enable ...詳細: Vitrified specimens were prepared by adding 2.5 uL of liganded protein at 1.8 mg/ml to R2/2 holey carbon grids (Quantifoil, Jena, Germany) rendered hydrophilic by chemical treatment to enable particle distribution into the holes (Meyerson JR, Rao P, Kumar K, Chittori S, Banerjee S, Pierson J, Mayer ML, and Subramaniam S, manuscript in preparation).
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
Timed resolved state: Protein incubated with LY451646 for 30 minutes prior to addition of glutamate, with 15 seconds elapsing before vitrification
手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2013年8月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 1566 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 47000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected interactively at the computer terminal
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 16050

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3kg2


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Two copies of a 3KG2 ATD dimer assembly were fit to the EM map
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4uq6:
Electron density map of GluA2em in complex with LY451646 and glutamate

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1ftj


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: C
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Two copies of a 1FTJ LBD dimer assembly were fit to the EM map
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4uq6:
Electron density map of GluA2em in complex with LY451646 and glutamate

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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